RnoINT0067131 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000012149 | Gpsm2
Description
G-protein signaling modulator 2 [Source:RGD Symbol;Acc:1560967]
Coordinates
chr2:211483113-211493090:-
Coord C1 exon
chr2:211492911-211493090
Coord A exon
chr2:211483264-211492910
Coord C2 exon
chr2:211483113-211483263
Length
9647 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAGGC
5' ss Score
10.08
3' ss Seq
CTAGGCTTCCTTTGTTGTAGAAA
3' ss Score
6.55
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCCCGAATTGGAACAGTGAAATTCTCGCTAAACAGAAACCTTGCATTGCCAAATCGTCTGCAAAGCTCCTATTTGTCAACAGACTGAAGGGGAAAAAGTCCAAAAGCGGCAGCGCCTCCACTAAGGCTCTCCACCACGCCAGCAACCCCATCGACCACCGCGCTCCACATGCCCAGAAG
Seq A exon
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GTTCTGTTGATTCTTTCTATGGTCCTTTTTGTTTCTACTTGGTTGATTTCCGCTCTGAGTTTGATTATTTCCTGCCTTCTACTCCTCCTGGGTGTATTTGCTTCTTTTTGCTCTAGAGCTTTTAGGTGTGCTGTCAAGCTGCTGACATATGCTCTTTCCTGTTTCTTTCTGCAGGCACTCAGCGCTATGAGTTTTCCTCTTAGCACAGCTTTCATTGTGTCCCATAAGTTTGGGTATGTTGTACCTTCATTTTCATTAAATTCTAAAAAGTTTTTAATTTCTTTCTTTATTTCTTCCTTGACCAGGTTATCATTGAGTAGAGCATTGTTCAATTTCCAAGTATATGTGGGCATTCTTCCTTGATTGTTATTGAAGACCAGTTTTAGGCCGTGGTGGTCCGATAGCACGCATGGGATTATTTCTATCTTTCTGTACCTGTTGAGGCCCGTTTTTTGACCAATTATATGGTCAATTTTGGAGAAAGTACCATGAGGAGCTGAGAAGAAGGTATATCCTTTTGCTTTAGGATAGAATGTTCTATAAATATCCGTTAAGTCCATTTGGCTCATGACTTCTCTTAGTCTGTCTACATCTCTGTTTAATTTCTCTTTCCATGATCTGTCCATTGATGAGAGTGGGGTGTTGAAATCTCCCACTATTATTGTGTGAGGTGCAATGTGTGTTTTGAGCTTTAGTAAGGTTTCTTTTACATATGTAGGTGCCCTTGTATTTGGGGCATAGATATTTAGGATTGAGAGTTCATCTTGGTTGATTTTTCCTTTGATGAATATGAAGTGTCCTTCCTTATCTTTTTTGATGACTTTTAGTTGAAAATTGATTTTATTTGATATTAGAATGGCTACTCCAGCTTGCTTCTTCTGACCATTTGCTTGGAAAATTGTTTTCCAGCCTTTCACTCTGAGGTAATGTCTGTCTTTGTCTTTGAGGTGTGTTTCCTGTAGGCAGCAGAATGCAGGGTCCTCATTGCGTATCCAGTTTGTTAATCTATGTCTTTTTATTGGGGAGTTGAGGCCATTGATGTTGAGAGATATTAAGGAATAGCGATTATTGCTTCCCGTTATATTCATATTTGGATATGAGGTTATGTTTGTGTGCTTTCATTCTCTTTGTTTTGTTGCCAAGATGATTAGTTTCTTGCTTCTTCTAGGGTATAGCTTGCCTCCTTATGTTGGGCTTTACCATTTATTATCCTTTGTAGTGCTGGATTTGTAGAAAGATATTGTGTAAATTTGGTTTTGTCATGGAATATCTTGGTTTCTCCATCTATGTTAATTGAGAGTTTTGCAGGATACAGTAACCTGGGCTGGCATTTGTGTTCTCTTAGGGTCTGTATGACATCAGTCCAGGATCTTCTGGCCTTCATAGTTTCTGGCGAGAAGTCTGGTGTGATTCTGATAGGTCTGCCTTTATATGTTACTTGACCTTTTTCCCTTACTGCTTTTAATATTCTTTCTTTATTTTGTGCGTTTGGTGTTTTGACTATTATGTGACGGGAGGTGTTTCTTTTCTGGTCCAATCTATTTGGAGTTCTGTAGGCTTCTTGTATGTCTATGGGTATCTCTTTTTTTTAGGTTAGGGAAGTTTTCTTCTATGATTTTGCTGAAGATATTTACTGGTCCTTTGAGCTGGGAGTCTTCACTCTCTTCTATACCTATTATCCTTAGGTTCGATCTTCTCATTGAGTCCTGGATTTCCTGTATGTTTTGGACCAGTAGCTTTTTCTGCTTTACATTATCTTTGACAGTTGAGTCAATGATTTCTATGGAATCTTCTGCTCCTGAGATTCTCTCTTCCATCTCTTGTATTCTGTTGGTGAAGCTTGTATCTACAGCTCCTTGTCTCTTCTTTTGGTTTTCTATATCCAGGGTTGTTTCCATGTGTTCTTTCTTGATTGCTTCTATTTCCATTTTTAATTCCTTCAACTGTTTGATTGTGTTTTCCTGGAATTCTTTCAGGGATTTTTGTGACTCCTCTCTATGGGCTTCTACTTGTTTATTTATGATTTCCTGATATTCTTTCAGGGATTTTTGTGTCTCCTCTCTATGGGCTTCTACTTGTTTATTTATGTTTTCCTGGAATTCTTTCAGGCATTTTTGCGATTCTTTCAGGCATTTTTGCGATTCCTCTCTGTAGGCTTCTACTTGTTTAATTTAATGGGTTTTCCCCTTGTGTTTCTCTAAGGGAGTTCTTTATGTCTTTCTTGAAGTCCTCCAGCGTCATGATCAAATATGATTTTGAAACTAGATCTTGCTTTTCTGGTGTGTTTGGACATTCCATGTTTGTTTTGGTGGGAGAATTGGGCTCCGATGATGCCATGTAGTCTTGGTTTCTGTTGCTTGGGTTCCTGCGCTTGCCTCTCGCCATCAGATTATCTCTAGTGTTACTTTGTTCTGCTATTTCTGACAGTGGCTAGACTGTCCCTATAAGCCTGTGTGTCAGGAGTGCTGTAGACCTGTTTTCCTGTTTTCTTTCAGCCAGTTATGGGGACAGAGTGTTCTGCTTTCGGGCGTGTAGTTTTTCCTCTGTACAGGTCTTCAGCTGTTCCTGTGGGCCTGTGTCTTGAGTTCACCAGGCAGGTCACTTGCAGCAGACAAGTTGGTCTTACCTGTGGTCCCGAGGCTCAAGTTTGCTCCACGGGCTCTCTGCGGCGGCAGCAACCAGGAAGACCTGTGCCGCCCCTTCCGGGAGCTTCAGTGCACCAGGGTTCCAGATGGCCTTTGGTGTTTTCCTCTGGCGTCCGAGATGTATGTACAGAGAGCAGTCTCTTCTGGTTTCCCAGGCTTGTCTGCCTCTCTGAAGGTTTAGCTCTCCCTCCCACGGGATTTGGGTGCAGAGAACTGTTTATCCGGTCTCACCACCAGTTTATTGAATTTAACTTACTCAGAAATAAAAACACCATTGACTTTTTGATTAAAAAGACAAAACAGAAGGTCTTTGTTTTTTTGAAAGGCCTTCTTTGACTGAAAATGGTACTTGGTGAAGAATGTTCTTTTCCACTTACTTTGATCCTGTTTATCAGTACAGAGAAGAGCTAGGTAACCTTAAAGAGTTCTGTAATCATGATCAATATTTCACTAATGACCATATACCCCTTGACATGTCTTTTCAATGCTTTTTGGCTAATAAAACAGCTGGGTATAGATGGTCCGGGATGCAGAACTGGGGCTCAAAGCTGTCTACTCATGAAACCTCCTGTGGGTTTGTCATTTGGGGGCTGTTTTGAGACAAGGTCTTACTGCGGACCAGGCTGGAGCACAGGTAGGGTCATCATGGCATCGCACTGTGCTTTTGATGTTCAGAATTGTACATTACAGGCTTTTTGTACCAAAAACCAGGTCTTGGTGATACCGTGTTTGACTATAGCTTACACACTTCATTTCCAGCATCAGGTTCAGCTTAAATCTGCAGTCAGCTTCTCTCCCCCTGTCTCATTTGTGGGATGCCCTGCCCTGTCTCCACCTAGAAAGCTAGGTGTCACTAGATTGTCCTTCCTGTGTTAGCCACAGTTGATCGTTTTGTTCTTTAGATTTGAATTTCTCACATTCTCTCTACCAAGTCTTCATCTAATACCTAATCCCTCATCTAGACCTGTGCATTAGAGGCTTGAATTGACCTCCTCTTTTGTTTCTCTTTCTCGGATCCACTGGAGGGGCCAGCAGTGTTTAGAACTAGTTGTACGGCCACCAGAGTTCAAAAAGATCATCGGTATTTTGCCTGTAAAGACTGATGCTTTCTTTTTTGTTGTTTTTATTTTTGGTTTTGTTGGGTTTTTTGTTTGGTTTTTTGAAACAGTTTCTCTGTGTAGCCTTGGCTGTTCTGGAACTCACTCTGTTGACCATATTGGCCTCAAACTCAGAAATCCACCTGGCTCTAGCCCCCCAAGTACTGGGATATTAAATGCACACCACCATTAGGCTTTTTTTTTTTTAAAGATGTTTATTTCATGTATATGAATACACTGCAGCTGTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCGGATCCCTGTTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGCAGTCTGTGCTCTTAACCGCTGAGCCATCTCTCCAGCCCCACCATTAGGCTTTTAAGATTTATTGATTTATTTATTATGTATATGGGCGTTATGCCTGCGTGTACATTTGCACACTAGAAGAGGTCATCGGATCACATGGGCTACAGTTAGACAGTTGTGAGCCACCATGTAGGTGCTGGGAATTGAACTCAGGACCTCTTGAGAAACAGCCACTGCTCTTAACTATTGAGCCATCTCTCCAGCCCTGCAATTCTCCATTTTTCACTCTAGAAGCTGAGGTATACTTACGAGCATCCCAGCCATGCCTCACATATATTTCTTTGGCCTAAAAAATACAGAAATTAACAGTTAAATAAATAAAAGTGGCTTTCATGGAGTCGACATGGGAGCATTTTATTACCAATATTGCCACTTAAATTCTTTCTTAAAATAAAAAGCCAATGTTTTAAATCCGTATCCTTTGCCTTTTATTACCTCGTGTGCTGATCACGTCGTGGAGGTCACTGATGTCCTAAGGACAAAGGGGAACAGCTCAGCTCACTAGGCTTCCTTTGTTGTAG
Seq C2 exon
AAAGTCGGCTCGGACGCGGTCGGAGATGAGGGATTCTTTGACTTACTGAGGCGACTTCAGAGCAGCAGGATGGAGGACCAGAGGTGCCACTTACAGGAGAACCGGACAGCGTCCGTGGCCGCTTCCTCTGCTACCCCCAAGATGGTGAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000012149:ENSRNOT00000066178:12
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.467 A=NA C2=0.627
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0218812=GoLoco=WD(100=45.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]