RnoINT0095109 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000000075 | Mtf2
Description
metal response element binding transcription factor 2 [Source:RGD Symbol;Acc:1304727]
Coordinates
chr14:2667660-2675636:-
Coord C1 exon
chr14:2675513-2675636
Coord A exon
chr14:2667728-2675512
Coord C2 exon
chr14:2667660-2667727
Length
7785 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAGGT
5' ss Score
9.65
3' ss Seq
TGTTTTTCGATACTTCACAGCTG
3' ss Score
7.36
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTAGATATAGCACACCTATGCCTTTACAACCTAAGTGTTATTCACAAGAAGAAGTACTTTGACTCTGAACTTGAGCTTATGACATACATTAATGACAACTGGGACAGATTGCACCCTGGAGAG
Seq A exon
GTAGGTGGCTCACAGCTCCTTGATTTCTATGCTTTGTTTTTTATGAAAAACTGAGAAAACGTATGAACAAATCAGACAACTAAGGTTCAGTTTTTTATTTTTTTGTGCAGGAAATCACTTTGTTAAGGATATCAGAACTGTTGTCTTATTTACTTGTCTTGGGAAACTTGGCGGAAATAAATTACTTGATTCTTCCATATTCTGAAGTCAGAGGCATAGTTAAAGTTCTGCTAGAAAAAATTTTATTGGGTATATTATGTGTATTTTCTCTTTTTCAGTTTCCTATAGAAAGTCTTAGAGAAATAACCAGTATTATTCTTTTCCTCTTACATATCTTATATATCTTAAATATCTGTATCAATGAGTGCTGGGATAGGTCAGTATTAGAACACTCAGTACAGAGTGACTTCTGATGTCTCCTCTGTAATGGGTTATCTACCAGTGCTAGTTTTACGGAGAGCTTTTGGAGAAGGGATCTAGAACTGAAAGCTAGTTAGCAAGACTGCCGTGGGTGCAAGGCTAGCCTGTGCTATACAGCGAGTGTTTGTCTTAAGAAGAAAAAGTAAGATACAAAAAATATAAGGCCATTAAAAAGATTTTGGAACTATAAAACAATGCAAAGTGAAAGTTAAGTTTTCTTGTAGTTTTAATTTTTACTTAGAATTATTAAAATACAGATTATTGGGCTAGTAAGCTTACTCAGTGGGTAAGGTACTCAAGAAGAGTCTTATCTCTGTAACCATGTTAAGTATGGACAGAGAGAACTGATTACACACAATTACTTATGACTTTTATATGCATATCATGTACGCATACAAATACAATAAAATGTAAAGTATGGATTCTTAACTACTTGGGTGGAAATGTTTTTCTATAGTTTATGGGATTATATGTATTGTAGTTATACATGTATTCTTGTAAAATGTGTCTGCTAATTGGCTATTTACAGTGAATTTCTGTGTGTATGGCTTTGGTGCTAGAGATCATATTAAATAGGGTACCAAAGAAGTGGTGGGCTTTACAGTTTTATGGAGTACCAGGGACACAATAATATATGATACATATTTAGTTTGTACTCAGACCTACAGCATTGTGTTTGCTTTTTTTGAGAAAGTCTCTCTCTATGTAATCCTGTTCTGGAACTCAATTATATAGGCCATGGTGGTCTCAAACTCAAGAGTTCCTCCTGCTTTTGTCTTTGAGTGCTGAGATTAAAGATGTGTGTCTGTTTTTAGACTTTTTATAACCATAGGTTTATAACCATAGAAGATAACGATAGGTTTTAGATTTTTTTATTTATTTCATTTGGATACAGCCTCACTGTATAGCCCTAGCTTGCCTGGAACTTTGTGTGTAGACCAGGTTGGCCTGAAACTTAAGACAGTGATTTTCCTGCATCTGTCTCCTGAGTGCTGACCTACAGGTTGATACCCTCCTGCTTGATAATGGATAATAAGAACACTTAATATAATTATTAAGTTTGAGACCACAATAAACTGGGTCCACAATGGAGAATTTAGAGGAAAGATTGAAGGAGCTGAAGGGATTTGCAACCCCATAAGAACACAATATCAACCAACCAGATCTCCCAGGGACTAAACTACCATCCCAAGAAAATGCAGGGATGGACCTATGGCTCCATCTGCATATGTAGCAGAGGATAGCCTTGTTAGGCATCAATGAGAGGAGAAGCCCTTGGTCCTGCCAAGGCTTGATGCCCCAGTGTAGGGAAATGTCAGGGTTAGGAGGTGGAAGGGAGTGGATGGGTGGGTGAGGGGATACCCTCACAGAAGCCAGGGGGTGGGGTATAGGATAGCAGGAAACTGGGAAATGGGATAATGTTTAAAATTAAATTTAAAAAATGCAATTAAAAAGTTTATTTTAATGTTTTAGTTGAAGTGCTGCTATTAAATTAGATTGCCTTAGCATGTTCAACCTAAAATACTAATTGATATAGTCTGTACTCTTCTGCCTGATATCATTTGTTTTTTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTACTCCTACTATGATCNCATTTTAAATCTATAGGTTTTTCTTTTTTTTTTTCAAAATATATTTATTTATTATATGTAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCAGATCCCATTACAGATGGTTGCGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCAAGACCTCTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACCNCTGAGCCATCTCTCCNGCCCCAAATGTTTTAAANTCATTAACTCACAATTTTTATTGATTGTAGTCTTAAAACCTTAAGCCTAAGATTGACAGCAGCCTATACATAGTGCTGCCTTAATTTTTAGAAGAAAGGTGGAGGGAACTCAGTAGATGTGAGAGAGATGTCTGGAGTCTATGAAGTGTAATAGAATGTCTGAAGAAGTCTGAATGACAGCAATACTTAGGACTCTGTATGTTTTATATTAGTATTGAATAGATGGCAAGAACTCTAGTTGTTAAAGGGTATATTTTGTTAGAGGAATAATTATATTTCAAATTAATAACACATTTGTATATAGATATAAACCTGAAGCTAAGTGTATATGAACTGGGCATGTGCTTGCATACCTATGGTCTCTTCAGGCTGACGCAAGAGGGTCATCATTTCACAAGGCCAACCTGGGCTTACATAAATACAGTAACGCCTTGTCTCAAAAACAAGCCCTAAACACCAAAAAAGAGGTTGTGTGTTGGTGACATTACTCAGCTCTCCCTCACAGAGAGATAGCACACTTACTATATAACATGATTCTGACAGTCTAGTTTATCCTGTCACAGTTGATAGGTGGTGCACTTTAGAGTGTAACACAGGGAGAGCTTTCACCCTCTTCCATGAGGTCAAAGATAGCATCCTGCACAAATAGTGTTCTCCAGGGACTGGAGACAAAATTAGAGAAAAGGCATAAGGAGTAAGTACTGGACAATTCTTTCTGTGGCTTATGCTGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTAAAGACAGAGTTTCTTTGTGTAGTTCTGGCTGTCGTAGAATTTACAATGTGAACCAGACTGGCCTTCAATTCAGAGATTCCCCTGCCTCTGCCTCCTGAGTGCTGGGATCAAAGGAATATGCCACCTTGCCCAGATACTGTAATTTTCAAAAAGTAAAAAAGTAGGTTTCAGAAAAAGGAAATCAGTTTTGTTGTTGATTCTCAGCAAAATAGAAAGTTGATATTTCATATAAGTGAATTTTGAAGTTTTATAAATCAATTTAAAAAACCTTATAGGAATAAATACTGTAAATATTGTTGTTTCAGATGTGCAACCCTGTTTTATAGAATGCTGTGGACATGGTATACACAAATTATAAACTGACTTCAAATAAGATACTGAAATGCAAACAATTAAGCCAAAGTTAAATGGATTTATAGCTGACTTGAAAAACAGTAAGGAAACTTGTTTGGGAAATATTAATGGAGCTTGTAAAAGGGGCCAAAGTTCTGTTTTGTCTTTGGAAAGGATGCTGGGATCAAGAGAAAATACCTGAAAATATTTGAGCTGAAAACAAAAATTGGCACACACTTTTGATCAGAGCATTTGGAAGGCAGAGGCAGGGAGAACACTGAATTTCATTCCAGCCTAAACTATGTAGGGTGTTCTAGGCTGGCCAGGGCTACATAGTGAATATTTATCTTAACAATATAAAATAAAAATAAGGTCTATTAATGCTGTAATCCCAGCTACTCAGAAGGCAATTGCAGTAGGATCACAGGTTCAAAGCTCGCCTATGATTGAGTTAGCTACTCAGAAGGCAATTGCAGTAGGATCACAGGTTCAAAGCTAGCCTATGATTGAGTTAGGCACTGAGAGGTAATATGGCACAGACACCTATTGTTAGATGTTTGGGACTAACTGGGCTATAAAGCAAAATTTTGTCTTTCCCCACATTCCCCACATAAAATTTATAGGGGCGTGCAGACTAGCTCAGATGGTGCAGCTCTTGCCGAGCATGATGAGGCCTGCTTTAGTCCCTAACACCAGGTAAAACCAGGCATGTGCCAGAACTTAGGAGATGGACACAGAAAAATGGGAAGTTGGATGTCAGCTGGGAATACATGAATCTTCTGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTCTTTTTTTTTCGGAGCTGGGGACCGAACCCAGGGCCTTGCGCTTCCTAGGTAAGCGCTCTACCACTGAGCTAAATCCCCAGCCCCGAATCTTCTGCTTAAAAAAAGAAGAAAACAGTATAAAGAGGACCCAGGATGTAGTTCAGTGATAAAACATTATTTGCACAGTATATATGAGGCTTAGTTTAATCTATAGAGCAGTGGTGGAGGGGTAGACCGTCTATAAAGATCTTTGAAAAGTCTTGTTGCTGCTGTTCTTTTTGCACAGATACAAGGTCTCACTGATATCTCTGGCTATCCTGGAACTCACTATGTAGATCAGGCTGGGCTCAAACTCAGAGGTCTACTTGCTTCTGCCTCTGTCTCCCCAAGTGCTGGGATTAAAAGCATGTGCCACTATGACCTGCTTTTTTCTTTTAAACTTAAGTATAATAAACCAGATAATACAGTAGGGATTTTTGATTTGATTATAACTCATCTAATAAGACTTCAGATTTGAGGACTCAAGGGACAACAGGAAGATCAGNCAGTTTATGTGAAGTAATCACCATGATGTGGCCTATTAGAAACCTGAGCCCAGTTTCAGACTTATAAAAGCTGTTTTCAGATATTTGCCTGGTTGTTTTGTAAAATGGAAGAGAAGGCTTTAAGAGAGCTTTTGCTTGGGGTTGGGGATTTAGCTCAGTGGTAGAGTGCTTGCAAGCGCAAGGCCCTGGTTCGGTCCCCAGCTCCGAAAAAAAGGAAAGAAAAAAAAAAAGAGAGAGAGAGAGCTTTTGCTCAACTATAATGCTTATGAAGTGAGGTTCAGTAAGCGATTTAGTTTTTACCACTAGTAATA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Seq C2 exon
CTGGCAGACACGCCCAAATCTGAAAGATATGAGCATGTTCTGGAGGCATTAAATGATTACAAGACCAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000000075:ENSRNOT00000000086:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]