RnoINT0097206 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000030022 | Myo3b
Description
myosin IIIB [Source:RGD Symbol;Acc:1560313]
Coordinates
chr3:56560274-56582167:+
Coord C1 exon
chr3:56560274-56560479
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr3:56582056-56582167
Length
21576 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTCAGT
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3' ss Seq
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
GTATTATTACTTGGCATTCCGAGCACATCAAACACCTCCAGCTAACAAAGAGAGCTGTGTTGCTATCTTGGAAAAGTCCAGATTAGATCACTGGGTCCTGGGAAAAACAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000030022:ENSRNOT00000037188:24
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006316=Myosin_head=FE(9.7=100)
A:
NA
C2:
PF0006316=Myosin_head=FE(5.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg19)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]