HsaINT0108732 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000071909 | MYO3B
Description
myosin IIIB [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:15576]
Coordinates
chr2:170466506-170498703:+
Coord C1 exon
chr2:170466506-170466711
Coord A exon
chr2:170466712-170498591
Coord C2 exon
chr2:170498592-170498703
Length
31880 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTCAGA
5' ss Score
6.8
3' ss Seq
TTAATTCTTTTATTTTGCAGGTA
3' ss Score
11.09
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTATTATTACTTGGCATTCACAGCACATCAAACACCTCTTGCTAGCAAAGAGAGCTGTGTGGCTATCTTGGAAAAGTCCAGATTAGATCACTGGGTACTGGGAAAAACAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000071909:ENST00000409044:25
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006316=Myosin_head=FE(9.7=100)
A:
NA
C2:
PF0006316=Myosin_head=FE(5.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development