DreINT0100806 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000006892 | myo3b
Description
myosin IIIB [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070706-2]
Coordinates
chr9:3789188-3798357:-
Coord C1 exon
chr9:3798152-3798357
Coord A exon
chr9:3789300-3798151
Coord C2 exon
chr9:3789188-3789299
Length
8852 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGA
5' ss Score
9.46
3' ss Seq
GTTATTTTGTTTTCCTGTAGGTA
3' ss Score
10.81
Exon sequences
Seq C1 exon
TACTCTCTTATGGACTTGCTGTCCAAGATGGTGGTCGGGACACCTCATTTCGTGCGCTGTATCAAACCTAATGACGACCGACAGGCTCTGCGCTTCAATAAAGAGCGTGTGATGGTTCAGCTGCGCTACACCGGCATCCTGGAGACCGTCAACATCCGCAGACAGGGCTATTCCCACCGCATCCTCATCCAGGAGTTCGTAAACAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTATTACTATCTGGCCTTTCGAGCTCATCAGATGCCAGAGGGAAGTAAAGAGAACGCCATTATTATATTGCAGAAGGCCAAACTAGACTACTGGGTAGTGGGCAACACAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000006892:ENSDART00000141492:18
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006316=Myosin_head=FE(9.7=100)
A:
NA
C2:
PF0006316=Myosin_head=FE(5.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]