BtaINT0098137 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000003626 | MYO3B
Description
myosin IIIB [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:15576]
Coordinates
chr2:25976290-26006274:-
Coord C1 exon
chr2:26006069-26006274
Coord A exon
chr2:25976402-26006068
Coord C2 exon
chr2:25976290-25976401
Length
29667 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTCAGG
5' ss Score
6.23
3' ss Seq
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3' ss Score
11.04
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
GTATTATTACTTGGCATTCAGAGCACATCAAACACCTCTTGCTAGCAAAGAGAGTTGCATCGCTATCTTGGAGAAGTCCAGATTAGATCACTGGCTGCTGGGAAAAACAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000003626:ENSBTAT00000061222:24
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006316=Myosin_head=FE(9.7=100)
A:
NA
C2:
PF0006316=Myosin_head=FE(5.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]