MmuINT0104374 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000042064 | Myo3b
Description
myosin IIIB [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2448580]
Coordinates
chr2:70127427-70151472:+
Coord C1 exon
chr2:70127427-70127632
Coord A exon
chr2:70127633-70151360
Coord C2 exon
chr2:70151361-70151472
Length
23728 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTCAGT
5' ss Score
8.68
3' ss Seq
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3' ss Score
11.52
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
PF0006316=Myosin_head=FE(5.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: