GgaINT0045796 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009602 | MYO3B
Description
NA
Coordinates
chr7:19792647-19801841:-
Coord C1 exon
chr7:19801636-19801841
Coord A exon
chr7:19792759-19801635
Coord C2 exon
chr7:19792647-19792758
Length
8877 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGG
5' ss Score
10.51
3' ss Seq
TTTGTCATTTTGTTTTGCAGGTA
3' ss Score
12.04
Exon sequences
Seq C1 exon
TATTCCCTCATGGATCTTCTATCCAAAATGGTTGTTGGACAGCCTCACTTTATCCGCTGCATTAAACCTAATGATGATCGAGAAGCACTAACATTTTCTCATGAGAGAGTTCTACTGCAGCTACGATACACTGGAATTCTGGAAACTGTCAAAATACGTCAAAAAGGATATTCTCATCGCATACTTTTTGAAGAGTTTGTGAAAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTATTACTACCTTGCTTTCAAGGCACATGAGTCTCCCCTTGGCAGCAGAGAGAACTGTCTCACCATTTTGGAGAAAGCTAAACTAGAAAACTGGATTCTTGGAAAAACCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009602:ENSGALT00000015648:27
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006316=Myosin_head=FE(9.7=100)
A:
NA
C2:
PF0006316=Myosin_head=FE(5.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]