RnoINT0104357 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000023393 | Nup214
Description
nucleoporin 214 [Source:RGD Symbol;Acc:1304977]
Coordinates
chr3:11028764-11036019:+
Coord C1 exon
chr3:11028764-11028863
Coord A exon
chr3:11028864-11035943
Coord C2 exon
chr3:11035944-11036019
Length
7080 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGGGTATGT
5' ss Score
7.48
3' ss Seq
AAATGCTTTCTGTCTTTCAGTTC
3' ss Score
9.54
Exon sequences
Seq C1 exon
CTGTGAGCACTCTGACCGAATCCACTTTGAAGAATGTCCCTCAAGTGGTGAATGTACAGGAACTGAAGAGTAACCCCTCACCCCCTTCTGCGGCCATGGG
Seq A exon
GTATGTTCTGACTCTGCTGTGTAGCATCCCACAGTTTGCTATGGAGGCAGTCTGTCACAGCTTTTATAGAGCTCCGCACTATGAAGGATGGGGCAGCCACTACTAAATTTTTAGGAAGGTGGACTTTTCACCTCGCTAGGGCACCCCCTAAAAGCTGTAAGCCAGGTGTAAAGTCTGATAGACCCAGTTTTTTGTTTTTTGTTTTTTAAGATTTATTCATTTATTATATATAAGTACACTGTAGCTGTCGTCAGATACACCAGAAGAGGGCATCGGATCACTTTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGAATTGAACTGAGGACCTCTGGAAGAGCAGCCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCCCCAGACCCAGTTTTTTAATGTCCTCCGGTTTCCAAATTGGCCTTCAGGTCCTGCTGACCACCATGTAAAGACGTGGGCCATGGAGAATGACAGTGCCCTCCCTGACCTCTCTCCCAGCATTTCACCTCCTTACATTTCTCCTGAAGAAACAGTGTTTAGAGAAGCAAGCAGAACCTCCACTTCTCTTCTGTGCTGATTTAGGCAAGATCCGTGCCACAGCCCACTTGCCTTTGGCCTCCCATCCCGGGGCTGGTGTTGTGTGGTGCCAGCCCCTGTCCTACCAGGGCTTTGTTTAGTTGTTCCTCCTCCATACACACAAGTGCATTTCCTTTAGAAACACTTCATGTCCTACTCACTGTGTATAAATTTTGAATCCACATTTCCTATAGAGTGGCTCACCTCCCTGTGCTGTCTGGAAGGTTGGGGGACATTCCTTTGGCTTGGATGAGAGATCATCAGGGACTAGTAGTATCTTTAGGGGACCCAATGTCTGGTGCCCATGGATAGTCAGTCAGTGGCAAAGTGAGGAACTCTAGGCCTGTGTTTTTGCACCGTATTCTTATTCTCTGTTAGCACTACCTACCCTAGGCTCATTTTCTTGAGTGGTCTTGCCATGGAGATGCTAGGCTTTGCCTGTCTGCATGTTGATCTATTTACCTGTTGTAAAAATTTCTAATTATCTTAGAGTCAAACCAAGTTTGCCCTCTTTACTGTCGTGGAATAACTTGAAGCCTTCCTTGGAATGCCATTTGGACCAAGGCTGGTATTTGTGGTTGCTGTGAACTCTTCAGAGAACTATAGCAGATTCCCACTGTACAGAGGGCGAGAGGCCACTGAAAGGCAGAATGTTTTGTACCTGGCGTGTGGGTGCGGTGTGGAATGGTGCTTCTCAGTCACGGACCACTGACCACAGGAGAACAGCAGCTTTGTCTGTGCGCAGCTCACCTCCCTCAGCTGCTCAGTCTGCGGCAGGGCTTCCCTAGCTTTGCTCTTCAACAGAACACAAATGGTGGAGGGAGAAGCTTCTGGGTATTATCTTCTGTATGCATGTGTGTGCTCACATGAGTGTGTGTGCACTGTGTACATGCAGGAGCCTGTGGAGGCCAGAAGAGGGTGTTAGAACCCCTGGAACTGGAGTTACCACTGTCGTTGTGAGCCACCCTACATGGGTGCTCCAACTGAACCCAGGTTTTCTGTAGGAGCTCCTAACACTGAGCTATCGGAGTCTACAAACTTTTTCTCTTCCTTTCTCCGCTGAGTTGGACTCTGATACAGTTATCGAGCTTAAGCACTGAACACCTAAAGCAGTTTCTTATTTCATTTTCTAACTTTAAAATTATTTTTTTCAAAGATTTGGTTGTTTATGTATATGAGTGCTCTATCTGCATGTACACCTGCAGACTAGACGAGGGCATTCCATTACAGATGGTTATGAGCCACCATGTGGTTGCTGGAATTGAACTCAGGACCTCCAGAAAAGCAGACGGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCCCCTTAAAATTGTTTTTAATTACAATTAATTTTGTTCATGTGCACCCTTGTGCCAAGGCACATACAGAGATCAGAAGATAACGCAGGGGAATTGGCTCTCCTTCCACCCTGTGGGTTCCAGCAGTCAAGCGCAGGTCATCAGGCTTGGCTTCTCACTAGCCCTTTTCAATAGTCGTGTATTGAATAACTGATGATCCTGAAAACAGTTGATAAGTGAAAACTGATGTATTTCACCACCCTCCCCAGGGTAAGTCCATTGCACAATGACTGACTTTTAGGGTCTGGTCAGCAGCTGTCTCTAAGGTGGGTTAATTTTGCACTTAACTAACCTGGAGTGACACCACACATATTCATCGGAGGATGAGCCTGCATATCTTTGCTCCCTGTATCTTGTATGGTTGTGAGGCTGTCCCTTCTCTTTACCTGGATCAAATCCATAGCTGTTCACACTCCTGTATCGCTCCCTGCAGAGCATCTGCTGTGAGTTTGGTGCTTCCCTGGGGTGAGGGAGAAGTAGTCGAGGAGAAGGCCTTCATCCCTGTTGTCACCGCAGGGACCTTAGCCACGAGGCCACCAGGCAACCAGTTGCACAGTTGTTTTGTTGCAGTGTTGTGTGGGGAGTGCAGGAGAGGTTCCAGACACTAGGAAGAGAGCACAGAGTCCTGGCAGGAAGTGAGACCAAGTGGGTTTCCAGACAGGGATCCCCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAGCTCTCTCTGTAGACCAGGCTGGCCTTGACCTCAAAGATCCACGTGCCTCTGCCTCCTGAGTACCAGGTTTAAAGGTGTGCGCCACCACTGCCAGGCCAGAAACAACACACTTATTAAGACTGATCCTGGTCATGTTTTATTAACTTTGCCTTGGTCATGGAGACAACACACTAAATATGTAATATAGGATATATATAATTATGGTGCATGTATGTACACATGTAATATCTATCTGTATATGATGGTAGGTGTGGTGCAGAAAAAAACAACCTAGGAAAGGCTTTAGGGGACCTGACTAACCATTATAAACAGCCAAGGAGCGGATCTTGTGAGTGGACATATGTAATAGACAGGAGTGTGTCTGGCTTGTGTCTGTGATACCAGGAGGTCTCTGCTCACAAAAATAAGGGGAAGCGGAGAGGAATGGGAGCCAGTAGGGTATCAGCTCAAGGAGCCATGATGGCAGACAATTTTAGCGTGCTTTGGCAGTCTATTTGGAAACCAGAGGACAGACTTGACATCTACCTCCCTTGGGATAGGATGCCGAATCCTGGGTCATAAAGTGAATGCTTGTACTTTCTTTGAGGGACTTTTGTTTGTTTTGTGGCTCTTAAGTCATTTTATTACAAAAATTGTTTCTAATACATAGAGACAAATGGACCTCAGATTCACATCCAGTTACTCCACTGTTTAGCTTGACCTTCTAGTAAGTTTTACACTGACTTTCGCTGCTCTACAAGGAGACCCATCCTCCATTTTCTGGGGTGGATTAAGAGCATCATTCGTCAGGCATCTTTGTCTTCCTGGAGTAGCTCACACCCAGTTTTACTACCTCTGGTTCATCATTCTGGATTCAAGCCTAGCTCTGCAGTACACACGACTGAAGGCAGGTTTTGGTAGACTTAAGGAAACTGTGGGTGGGTGGGTATGTATGTATGTATGTATGTAATGTACATGAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCAGATCCCATTACAGATGGGATCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCAGGACTTCTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAGCTACTGAGCCATCTCACGAGCCCAAGGAAACTTTTTATTTGAGGTTCCTCATGATTCATAGCTTGTAAAGCATAGTGGCCTGCAAGTCCTGGAGCAGCAGTGGTCAGGTCCAACAGCTACTGCTGTGCTAGACATGCCTGCGCTCTAAGGGGCCAGCACCGAGTGCCCATCCCACCCCCAGCTCTCTGCCACACAGTGGCAGTGGGCACATCCAACCCTTAAAGGGTTTTGAGGTGTAACGTATGTTTTCATCTTTGATCACTTTTGAGTTTACTCCTGTCGATGGTATGAGGTAGGACCCATTTCACTCTGTTCATTCCAGTCTCCTTTGTTGAAAGACTGTTTCCAGTTATCTTGATGTTCTTACAGTTGTTCTTCTTTGAATGTTCGTGACCCATTGCCCTTTATCCGATTCTAATCAGTGTGCTAACATTATAAGACTTTCTACAGCTGTCTTAATGAATAATATTAATCTAGGGGCTAGAGAGATGGCTTAGCGCTCATGCTGAGTGGCTTACAACTACTTGCAACATTTTCTGACCTCTGAGGGTGCCCACATGTATACACACAAAATGAAAGTAATCTTCCAGACTAAAAATATTAAATCTGCAATTTACCTTTTATTAGTAGTAAAATAATCTGCCCCCCCGCAAGTCTCAGCCCAGGTTGGCCTTGAACTCAGTATATAGCTGAGGATGACCCTATATTTCATGATATTCCTGCTTCCCAAGTATTCTTTTGTCTTTCTTCACTGTTAACATGGTATGTTATTTTACTTTTTAAATTTAAATTATCTTTATTGATAAAAATTCATTAACAGAAAGAGTCACTATTCAACTATTGACCCATGTTAATAGATAAAGGGGTCATCGTCATATAAACCTGGGTTCTACTCTACTCTAAAGACATGCATCTTGGCTGACATAATCAAGTCATGTTCTCTAGGGTCATAGTCTTTCACAGAGACGTCTAAACACTATGGATTCAGGAGACCATCAAGTACTTGCTGAATCTTGCTGTTGCTGCTGCTCATAACAGCTATTAGCCTCTAAAAAACTCCAATAAGTAAATAAAGTTACATTTTCATTCGTTTCTCCTTTTCCTTCTAGGTTTGTTTTTTGTTGTTTATCTTGATAAACTGTCCTCTCGTTACATAATTCAAGGTCTACTTGGTTCTGCCCTGTCATATATGCATTTATTAAAAGATACTTGCTAATAATTAAGGTTTTCCAAAAGAAGACCTGTGTATCTCTTGTTGTAGACCACTGGGGCAAGCTGTTGAGTTAGGAGAAGG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Seq C2 exon
TTCTTCTGGGCCGCACTCAGCAGCCAAAGCCCCCCATGCAGTGTTAACCCCAGTGGCTGCCAGCCAAGCCAAGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000023393:ENSRNOT00000037164:17
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.838
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]