RnoINT0105072 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000014059 | Odf2l
Description
outer dense fiber of sperm tails 2-like [Source:RGD Symbol;Acc:1593831]
Coordinates
chr2:251011200-251017825:+
Coord C1 exon
chr2:251011200-251011385
Coord A exon
chr2:251011386-251017715
Coord C2 exon
chr2:251017716-251017825
Length
6330 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
AATGCATTGTTTATTTTTAGGAA
3' ss Score
9.1
Exon sequences
Seq C1 exon
AGCTTGGAAACCCAAATAGCCAAGTGGAACTTGCAGGTAAAAATGAATAAGCAAGAGGCTGTGGCCGTCAAAGAAGCCAGCAGGCAGAAGGCTGAAGCTCTGAAGAAAGCGTCCAAAGTGTACAGACAGAGGCTGAGACACTTTACAGGGGACATCGAGCAGCTCACGTCCCAAATCAGAGATCAG
Seq A exon
GTGAGTGTGCATGTGCTTTTTTAAAAAATTAATTAATTTATTATATATATATATATACATACATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGAGTACACTGTCATCACTGTCCTCAGACACACCAGAAAGAAGAAGGCATCAGATCCCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGAGTTGAACTTAGGGACCTCTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCGTCTCTCCAGCCCCGAGTGTGCATGTTCTTACAGAATATCTTCATGTGCTTCAGTACCATTGTCAGTTAGAGTCAGAGAGCAGAGTTAGACAGTAGAGTTAGCATAGTTAGATAGACTGGTTAGATAACAGATAGCATGGTCAGTTAGACAACGTAGTTATTTGGTTATTTGGATAGCATAGTTACTGTAGTTAGGATATTTAGTTAGGTAGCATAGTTATTATAATTAATTAGCATACTTAGCATAGTTAATTAGCATAGTTGGCATTGGAAGCTTTAAATGATGATGTTCTTATCCATGTTACTATTAATATTACAAAATTTGTTCATCTTTTTTGCTTTGGATTTTTATTTTGAATTGTATGGCACTTTTTGGGGCCCGCTGAAAGGAGGTATGAGTATATGCCATACCCACTCCCCGACACACACACTGAAAGCTTCTAAGCTAAGGGTGAGCCTTCCTCCATCTGCCTACTGGAAAGTTACAGTGCGCACTAACATACTGAAGGCCCTGAGAAGGCTTTCAGGATGCTGTAATGAGGGCATGGAAGTAAGAATTTCCCACACTACCCACAGAACAGCTCTTGGAAATGGTTCTGAGAAGTATCAGTTTGGGAAATGCTGATTTGTGTTACTAGACCATATGACTTTATTCAGTAATTGACCTCTGTAATGCATCTGAAACCATATGCTGACGTAAACAAACCATGTGAAAGAGATCTCTGAGTGTAATACAGAGCTGAAGAATGGAGTTAGTGCTTTGTTCTTCTCGACAAGTCATTATTCAGTTGCCATCCAATAATACATTCTCTGTTTGTGTGTCTCATAGTATCCCACCTCTTTAGAACGCATGCTAAGGCTTATAGGTTCATTAGTAGCTTCTGGGAATGAAAACAGATTTGTATGAAAGCTTGGACAAACAAAACAAGTTAATATTTTATAAGCTCAAATGTTACCATTTTAAGGCTCTAATGTTTTAACTTACATTCACTTGGATATAAGTAGATATGAGAATTGAGGACTGGGCTCAACTTCTGTAAGGCTGTGACCTGGCCGCATACCTATAGATGCATAGAGTGGTGGACACTCATCCTGGCATTGATGCTTTTGAGGTTTTCCACTAAAGGACATCACCAGAGTCCTGTGCCAGTTTAGAAAGGCTGTGCACTGGTGAAACCTTGTGACTTTATATAGGACACTTAAGCTCTCTGACCCTCACTTCTTTATGAGCTAGGGGAGAGCACTGCTCACCTCAGATAGCTGGAGGAGCATGTGTAAGAAACAGACAGGGCTGCTACATGCTGTCTCCTTTACACCCTCAGGGCGAGCGAGGAGCTGGCTGCTCTGTGAACGTCCTGCTGCTCTGGCTGTCAGTGCTTCTTGCTCAGTGTCAACAGCCCTTTCCCTTTTACTCAGTGAGCTGCCTTCCAACGGCTTTTCCTCCAGAGATGGTCTCCCCTTGCTACTCTTTAAGTAGCAGACCTTTAACAATTAACCATATTGAAGTCTTAATTTTTTTTTATTAACTTGAGTATTTCTTATTTACATTTCGAATGTTATTCCCTTTCCCGGTTTCCGGGCAAACATTCCCCCTAATCTCTCCCCCTCCCCTTCTTTATGGGTGTTCCCCTCTCCACCCTCCCCCCATTGCCGCCCTCCCCCCAACAGTCTAGTTCACTGGGGGTTCAGTCTTAGCAGGACCCAGGGCTTCCCCTTCCACTGGTGCTCTTACTAGGATATTCATTGCTACCTATGAGGTCAGAGTCCAGGGTCAGTCCATGTATAGTCTTTAGGTAGTGGCTTAGTCCCTGGAAGCTCTAGTTGCTTGGCATTGTTGTTCATAAGGGGTCTCGAGCCCCTTCAAGCTCTTCCAGTTCTTTCTCTGATTCCTTCAACGGGGATCCTGTTCTCAGTTCAGTGGTTTGCTGCTGGCATTCGCCTCTGTATTTGCTGTATTCTGGCTGTGTCTCTCAGGAGAGATCTACATCCGGCTCCTGTCTGCCTGCACTTCTTTGCTTCATCCATCTTGTCTAATTGGTTGGCTATATATGTATGGGCCACATGTGGGGCAGGCTCTGAATGGGTGTTCCTTCTGTCTCTGTTTTAATCTTTGCCTCTCTATTCCCTGCCAAGGGTATTCTTGTTCTCCCTTTTAAAGAAGGAGTGAAGCATTCACATTTTGATCATCCGTCTTGAGTTTCATGTGTTCTATGCATCTAGGGTAATTCAAGCATTTGGGCTAATAGCCACTTATCAATGAGTGCATGCCATGTGTGTTTTTCTGTGATTGGGTTACCTCACTCAGGATGATATTTTCCAGTTCCAACATTTGTCTATGAATTTCATAAAGGCATTGTTTTTGATAGCTGAGTAATATTCCATTGTGTAGATGTACCACATTTTCTGTATCCATTCCTCTGTTGAAGGGCATCTGTGTTCTTTCCAGCTTCTGGCTATTATAAATAAGGCTGCTATGAACATAGTGGAGCACGTGTCTTTTTTATATGTTGGGGCATCTTGTGGGTATATCCCCAAGAGAGGTATAGCTGGATCCTCAGGTAGTTCAATGTCCAATATTCTGAGGAACCTCCAGACTGATTTCCAGAATGGTTTTACCAGTCTGCAATCCCACCAACAATGGAGGAGTGTTCCTCTTTCTCCACATCCTCGCCAGCATTTGTTATCACCTGAGTTTTTGATCTTAGCCATTCTCACTGGTGTGAGGTGAAATTTCAGGGTTGTTTTGATTTGCATTTCCCTTCTGACTAAAGATGTTGAACATTTCTTTAGGTGTTTCTCAGCCATTCGGCATTCCTCAGCTGTGAATTCTTTGTTTAGCTCTGAACCCCATTTTTTTTTTCTTTTTTGGTTCTTTTTTTCAGAGCTGGGGACAGAACCCAGGGCCTTGCGCTTCCTAGGCAAGCGCTCTACCGCTGAGCTATGAACCCCATTTTTTAATAGGGTTATTTGTCTCCCTGCGGTCTAACTTCTTGAGTTCTTTGTATATTTTGGATATAAGCCCTCTATCTGTTGTAGGATTGTTAAAGATCTTTTCCCAATCTGTTGGTTGCCATTTTGTCCTAACCACAGTGTCCTTTGCCTTACAGAAGCTTTGCAGTTTTATGAGATCCCATTTGTCGATTCTTGATCTTAGAGCATAAGCCATTGGTGTTTTGTTCAGGAATTTTTTTCCAGTGCCCATGTGTTCGAGATGCTGCCCTAGTTTTTCTTCTATTAGTTTGAGTGTATCTGGTTTGATGTGGAGGTCCTTGATCTACTTGGACTTAAGCTTTGTACAGGGTGATAAGCATGGATCGATTTGCATTCTTCTACATGCTGACCTCCAGTTGAACCAGCACCATTTGCTGAAAATGCTATCTTTTTTCAATTGGATGGTTTTGGCTCCTTTGTCGAAAATCAAGTGACCATAGGTGTGTGGGTTCATTTCTGGGTCTTCAATTCTGTTCCATTGGTCTATCTGTCTGTCTCTGTACCAATACCATGCAGTTTTTATCACTATTGCTCTGTAATACTGCTTGAGTTCAGGGATAGTGATTCCCCCTGAAGTCCTTTTATTGTTGAGAATAGTTTTAGCTATCCTGGGTTTTTTGTTATTCCAGATGAATTTGCAAATTGTTCTGTCTAACTCTTTGAAGAATTGGATTGGTATTTTGATGGGGATTGCATTGAATCTGTAGATCGCTTTTGGTAAAATGGCCATTTTTACTATATTAATCCTGCCAATCCATGAGCATGGGAGATCTTTCCATCTTCTGAGGTCCTCTTCAATTTCTTTCTTCAGAGTCTTGAAGTTCTTGTTGTACAGATCTTTTACTTGCTTGGTTAAAGTCACACCGAGGTACTTTATATTGTTTGGGTCTATTATGAAGGGTGTCGTTTCCCTAGTTTCTTTCTTGCCTTGTTTCTCTTTTGTGTAGAGGAAGGCTACTGATTTATTTGAGTTAATTTTATACCCAGCCACTTTGCTGAAGTTGTTTATCAGCTTTAGTAGTTCTCTGGTGGAACTTTTGGGATCACTTAAATATACTATCATATCATCTGCAAATAGTGATATTTTGACTTCTTTACCAATCTGTATCCCCTTGATTTCCTTTTGTTGTCTGATTGCTCTGGCTAGAACTTTAAGAACTATATTGAATAAGTAGGGAGAGAGTGGGCAGCCTTGTTTAGTCCCTGATTTTAGTGGGATTGCTTCAAGTTTCTCTACATTTAGTTTAATGTTAGCTATTGGTTTGCTGTATATGGCTTTTACTATGTTTAGGTATGGGCCTTGAATTCCTATTCTTTCCAGGACTTTTATCATGAAGGGGTGTTGAATTTTGTCAAATGCTTTCTCAGCATTTAATGAAATGATCATGTGGTTTTGTTCTTTCAGTTTGTTTATATAATGGATCACGTTGATGGTTTTCCGTATATTAAACCATCCCTGCATGCCTGGGATGAAGCCTACTTGATCATGGTGGATGATTGTTTTGATGTGCTCTTGAATTCGGTTTGCCAGAATTTTGTTGAATATTTTTGCGTCGATATTCATAAGGGAAATTGGTCTGAAGTTCTCTTTCTTTGTTGTGTCTTTGTGTGGTTTAGGTATAAGAGTAATTGTGGCTTCATAGAAGGAATTTGGTAGAGCTCCATCTGTTTCAATTTTGTGGAATAGTTTGGATAATATTGGTATGAGGTCTTCTATGAAGGTCTGATAGAATTCTGCACTGAACCCGTCTGGACCTGGGCTCTTTTTGGTTGGGAGACCTTTAATGACTGCTTCTATTTCCTTAGGAGTTATGGGGTTGTTTACCTGGTTTATGGCATGTGTTTGATTCTGTTTGGTTGATTCCTCCTCCTCCGCAACACAGATGAGTGCAACCCTGAGACGTTGCATTGAATCCCTGCTTGTTTCACTGCATGTCTGCACACATTACCATGAAGGCAGGGTTTGCAAGGAGGGGACTGTGAGGTCTGTGCTAATTAGGAAGTTGCAGCAGGACTAGTTCCAATGCCGTGCAGGGTGAGCGGCTCTTGCTTTGTCTTTTTATAAGGACAGGTTAAAAAAGAGATGAGGACTTTAAGTATCTAATATACACATCTCTTCCTCATTTTCAATTCCACACTGTCTCACAGTATATATTATGATAGGAACTAACTTTACAGTATATGTTAAACCTATCTCTTACTTTATAACTTACACTAAAATTGATTTTACACAAAATGAAATACGGTTCTAGTCTTTGGTATAACAAATATTGCTGTGAAAAACATAGACAATATCTTGTACATACAAGATGACCAATAAGCTCTCTTGTATGCATAGATGATAGGAGGACAGAGGAAATAGTATGTTAACTGCTGTCCAAACCATTTCTGGGTCCTCTGGTGTGTGGGTAACTGGCATTCTTAGAACCAGCCAGTCTGTTTTTCCGTGGAATGTGGACAAAGCCAGAGAAGCTAGAGCTCTGGGGTTAGCGCTGCAGAGAGCCACTGACATTTATTTACCAAGAGTGTGCTTACTTCCTGGCACCATTCAGACCCCTACAGACAGCGATGAACAAAACAGACAAGAGTGCTCCTTTGTGAGTCTCACAGTCACAGTGGCTTAGGCACTCCCTGTGCTGACAGCCGCAGTCTTGTCAGGCTGACGGGTAACCTCTGGAAAGACAGATGAGGATGATCCGAGATGTTGTGGGCTGGGGAGTTGCAAACGGTTTCTGTATATTACGGGAGGCTTTCTTCTCACATGTATGTGGTTCTTCTGTATAAAGAATGGAAAATGAAGATGCGTTCACACATAAAATAGAAATTAATTTTATTAATTGTGAAATATTGCTTATAACTAGTCACATCAACTTCTTAAAATGGTAAGTTGGAAGTTTACTGTGTGCGAATAACGTAATAGTCATGTACATATTTTATTAAAGCTTACTTTAAAGTTTTCCTATAGTAAAAGCTGCACACAAAGAAAAATTTAGAAGAGTGTTTTCATATTTATAATGCATTTGTATCTAAGACCTGAAAAAAATAAACAAGGTTTAAGCTACCAGCTGAATGCATTGTTTATTTTTAG
Seq C2 exon
GAAGCCAAGTTGTCTGAAGCAGTCTCAGCTTCCAATGACTGGAAAAGTCGTTATGAGAAAATCGCAATAGAAAAAACTGAACTGGAAGTTCAGATCGAAACAATGAAGAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000014059:ENSRNOT00000018905:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.097 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF104734=CENP-F_leu_zip=FE(61.0=100),PF0003816=Filament=PU(42.5=82.3)
A:
NA
C2:
PF104734=CENP-F_leu_zip=PD(11.0=29.7),PF0003816=Filament=FE(30.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
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INCLUSION PATTERN[edit]