RnoINT0112561 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000008129 | Pla2r1
Description
phospholipase A2 receptor 1 [Source:RGD Symbol;Acc:1309777]
Coordinates
chr3:46583363-46597439:-
Coord C1 exon
chr3:46597266-46597439
Coord A exon
chr3:46583537-46597265
Coord C2 exon
chr3:46583363-46583536
Length
13729 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTAGTAAGA
5' ss Score
5.2
3' ss Seq
TTAACAAACTTTGTTTTCAGCCT
3' ss Score
6.95
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000008129:ENSRNOT00000011003:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0004014=fn2=WD(100=71.2)
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]