RnoINT0125447 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000002750 | Rc3h1
Description
ring finger and CCCH-type domains 1 [Source:RGD Symbol;Acc:1563512]
Coordinates
chr13:78752330-78758246:+
Coord C1 exon
chr13:78752330-78752706
Coord A exon
chr13:78752707-78758125
Coord C2 exon
chr13:78758126-78758246
Length
5419 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAATA
5' ss Score
8.55
3' ss Seq
ACTTTTCCTTTTATCTCCAGATC
3' ss Score
11.39
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTATATTTCACACTATGTGCTGACTGTATCTACAGAAGATATTTAAAAAAAGATAAACTTTTTTCCAAGATTTTGATTCCAGTGGAATCTTTGCTTTAGATTTGTGTGTGTGTGTGCGTGTTAGTGAATTGTAACTCCAGAAGCAATGCCTGTACAAGCTCCACAATGGACGGATTTCCTTTCCTGCCCAATTTGCACTCAGACTTTCGACGAAACAATTCGAAAGCCCATCAGTTTGGGCTGTGGCCATACTGTCTGCAAAATGTGCCTGAATAAACTCCACCGTAAGGCTTGCCCATTTGACCAGACCACTATCAATACGGACATTGAGCTCCTTCCTGTGAACTCAGCATTACTGCAGCTAGTGGGTGCTCAG
Seq A exon
GTAATACAGTAACTTAATCCTGGTCATTGTCTCTAATTGACTGCTTTAGTTATGTGTGTCTTTGTGTGGGCATGTTTATTTGAGTATAGATACAGATGGTTGTTGCACAGATAGCAATATTTATAAATATGTATATACTTGGGTTATTATATTTGCATATTTCCTTGCCTCATTAGCCAAGATAATCTTAAGGACATCATAGTCCCAATAGGAGTGAGTGTACATGCCTTTTGTTTAGATATTGTTTAGATTTGTTTAGATAATACAATATTCCAATAAAGGAACCAGAACTCTGGGGAGGGATGGTCAAATCAAGTGCTAGGACAACAAGTCCTTAAAATGAGCATGGAGTATCTTGTGCAAGCATTCAAACAAAGTGGAACTATGTCAAAGGCATACCAGAGCTGCTTGAAAGAGCTCCCAGTGGGCAAAGCTGGGAGGGTTTGAGCAAAATAAATAGGTATGTATTGAATTATAACAGTAGAAAAAGTCAAAGGCTCTATGCAGATAAAATGGAAATGGAGAACAATAACAAAGATACAGCTGTAGGTTTTAAGTTTTCATAGTTCTATTTTATTTCTTGTGCCTCTGATTTTATTTAATTTAGAAAATTTAAAGTCATTGTCTTAGAACACTTGATGTTTATGCTAGTCTTTGAACCCAGGTCTTTTCTAAGTTTGAGTCAGTTTGCACAGCATATAGAAAAAGAAAGGTGAAGAACACTTTGTTTTATCTGAGGAGAGTCGTTACTTACTGATTTTTTTTTCCCTTTCCTGGCTTTTAAAAGGTTTTATTTTCACTGGTGTTGTGTTGTTTGCCTTTATTACAGCACGGGGTAGAAGACAGGCAGGCAAACCCCTTGAGTTGGAAGCCTGCAATGTTACAATAGTGAGACTTGGTCTCAAAAAGAAAGAAAAGAAAAAAAGGGCATTTGTTTTTTTGTTTGTTTTTTGGTTTTTGGTTTTTTTTTTTCTTTTTTTTTTTTCGGAGCTGGGGACTGAACCCAGAGCCTTGCACTTGGTAGGCAAGCGCTCTATCACTGAGCTAAATCCCCAACCCCAGGGCATTTGTTTTTAATGTAACTGTGTGCCCCATATGTCAGGGTATCCTTGGAAGCCAAAGAGGGTATTGGATCATCTGAAGTTAGAGTTACATGCAGTTGTGAGCTACTTGATGTGGGTGCAGGGGAATTGAACTTGTGTCTTCCAGAAGAGCAGCAAGTGCTCTTAACTGCTGAACCATCTCCCTAACCCTTTAAGAAGTTATTAGATACATCTTAATGTATTTGGGAAGTGGATGCCCAAGTAACCACTATTTCGATATAACTACAGTAACCCTTATGTAGAGATAAGGGCTGCATAACATGTTCACACGTATAGTGATGTTTGAAAAAAAGGGGAAGGAAACAGGAAATAAAACATGGTAATAGTTGATGAAGGAGAACAAAGAAGGAAGAAGAGAAGAGGAGGAGAAGGAAGAGAAAAGAAGAGAAGAGGAAGAAGAAGAACAACATCAACAACTTTCTCCCAACTGCATGTACACAAGACTCAGGCCGTGATAAAGACTCAAAACCAGACCCTCAAGGAATAGCCATAACCAATAGAATTCTAAAATAGAAATTTTAAATCATATATTTTAAATTAAGAAAAGGAAAGAAAAAAGGCAAGGTTCTGTGCACGCTGGGCTGTGGCCCCGCCGGGCTGTGGTCATGGAACCCAGCACCGACTACCTCCGAGAGAAGCTGCGGCAGGACCTGGAAGCAGAGCATGTGGAGGTGGAGGACACGACTCTGAACCCTTGCACGACCAGCTTCCGAGTCCTGGTGGTGTCCGCTAAGTTCGAGGGGAAGCCACTGCTCCAGGGACACCGGCTGGTGAACGAGTGTTTAGCTGAAGAGTTCCCGCACATCCATGCCTTTGAGCAGAAAACTCTGACCCCAGAGCAGTGGACCCGACAGCGGCGGGAATGAGGGACCCAGGCCTGAACAAGCATTAAATTTTAAACCTGGAAAAAAATAATAAAAAAGAAAAGGAAAGAAAACTAATCATAAAAGAAGGAAGAATAAATTTAAGACTCTTCAGGTTTTCTGCAAGTGTAAAATTACATGCACGCACGCACGCACGCACGCCGTAAGATTTTCAATTAACTACTGTTGAATTAAACTCTGGAGTTATGTTTTTTACCTGTGTGATACTGTGGGGAATGATTCTTGTGGTTGTGTTGTTTTGTTATGAGTGTGTTTTCTTTCTGATTATACCTCTCTTCTTACTATTATATTTTTGTTTGTTTATTGATTGATTGTGGGTGAGGGGGACACATAGAGGACAGGCAAAGAATGGCTTCTTCCTTCCACCATGTAGATCGTGGGAATTGTGCTCAGGTCTTCAGACTTGATGGGTGGCAAGCACTTTCACCCTTTGGGCCATCCCACTGGTCCCTTTCAGATTATATCTTTGAACTTTCAGTATCGTCTGAAAAAATATATAATCTCTGGCTTCATCACTTGTTCATTTAAGTACCACATGTGTTCATTTATACGATTGAAGAGTGGTTTTGATGGATAACCCTACACCAAATACACATATTTATGTTAGAGAAATTCAGGAAATGTTACCTTAGCCAGGTGAACTGGATTAATGTAAGCAGAAATAAGTCATGTTGATGGTGAATCTTTCGCATGCTGTGATGAAAAGGGCATTTTTTTTCTCTCTGGACTTACTGCCAAAAATATCCAACTCAGGTCTCCTTGTGAGAAAATTGAGATTCCATCAAAAGTCAGTATACAACATGTATCACCAGTTTTCCTTAAAACTGCAAACCATCAAAACACAGGAAGAATCTTGCAAAAAGTAATACATAAATCAAGTATTCTGGATGAGATTTTGGAACACAGGAAGGCTGTTAGGCAAAAGTAAGGAGTTCTGAGTAAAATCACAATTTCTAGCCATAAGGAGCTAAATTATCATTATAGTCATATTGGCATATTAATATCAGTAAATGTATCCTATCAAGAGAACATTATGGGAATGAGGTGTGGGGTGATAGGAATTCTCTGAACTGTCCATTTTTCTGTAAATTTAAAGTGCTTTTATAAAACTGCTTCCTTCCTTCTTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTTGTTTCTTTCTTTGTTTGTTTATTTTGTTTTTAACCAGGAAAAAATGGTTAATCTTACTGCTAATCAGGAAAATGCAGGTTTAGCTAATAGCAGGGTTTGTTTTTGTTTAGCTCTTCCTATAAACCAGTGGTTGAATGGTGGTGGTCCCATGTGGAAATGCAGAGCTCTTGCATGTGCTAGGGAGAGTGCAAACTGTCAGGCTGTGGAAAATATAAAATGGAAAATGCAGCCCTGTGATGAGCTTCACTTACAGATTACCAAACCAGGTGCTTTTAACACATACATACAAAGGAGACCTGCAGAGGTCACTACAGTCTATAAAAACAAGTTAAAAATAGCCTAGCCATCAGAACTGATTCACTGTGTAGTCTATACCACAGAGTTACAGGGTTACATTTACAGAAGTTTCCTAAATCTGCACAAATGTATTGCAATAACAAAGAAAACATTATCGCATGTATTTCAAGCCAGTCTCAAACTCACCGTGTACTGAGGAGGACCCTGAACTTCTGATCCTCTTGCTTTTACCTCTTGGTTATAGGCATGTGCCACCATACCTGGTTTATGTGGTGCTAAGAATTAAATCTGTGTCTTTGTGCATATGAGGAAAACACTCTCAACTGAGCCATCCATCCCAGCCAATGACAATTTGGGAGGCAGAGTCTGTTTGCTTGAGGCTAGCATGGTCTACATAGTTCCAAAACAACCAGAATTACATAGTGAAACTTTGTCTCAAAATCAAATCAAAATAACTAAAAAAAAATCCAGTGACAAAAGTCTATCGTACCAGTAATTTCTGTAAATTAACACACACGATTGAATATTCAAGGAAATGTTAATATGTATACAGGAAATGGGAAGAATCAAGGGGAACTCACAGTATCACATCAAGAAACCACTTAGCTTGGGTCTGGGGATTTAGCTCAGTGGTAGAGCGCTTACCTAGGAAGCGCAAGGCCCGGGGTTCCGTCCCCAGCTCCGAAAAAAAGAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAACCACTTAGCAAGAAACACATAGACAGGGGTTGGGGATTTAGCTCAGTAGGCAAGCGCAAGGTCCTGGGTTTGGTCCCCAGCTCCAAAAAAAAGAAAAAAAGAAAAAAAAAACCACATAGACAAAATGACATCCTTCCACCAAAGCTGCTGAATCTTTTATATGAAAATATTGTAAGTTCATACTGATGTGTTTTCATTAGAACGTCCTCCCACAGGGCATTGTAGTTGTGGAGGAGCACATTTCCTAGGCCTCCACCTTTTCTAAAAATATCTTTTTAGGTGTAAACACTGTAACTCAAGCTACTGAATCTTGAGTTTACCTTTATATTTTAATAATATATTAGCCTCTGAAAACAAGGTTTTCCTTAGAAAAATCCTGATTTAGTTGACAGATTGAGGTTCTGTTGGCTGTTCCATTTCTATGTTCATGCTCCCTCTAGTGGTACAAAAGAATCCCTACCCCTTAAATTAGTAAATTCCTTTCTTCTACTTGGTAACGCGCGCGCGCGCGCGCACACACACACACACACACATACACACACACACACGCATGCACGTGCTTCTTGCAAAACAAAGACTTGCAGGCAATCCATTAGGTTTTACAGATTAGGGAATGGAGAAATAGTTTAGTAATATAGAGTAAGTGCTTGCTGCTGAACTGATTTCCTAGCTCCTACACCAGGCAGCTCTTTTCACAGTCACCAGTAACTCTAGCTGCAAGGGATCCAGTTCCCTCATGTGGCATGCATACTCACATGCAGTCACACACACATAAGGAAAAACAAAATTTAAGTCTTTAAAAAATTAACTTGTTAATTTCAGTGTGTAATGCTGTTTGCAAGTTC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Seq C2 exon
ATCCCTGAGCAACAACCCATTACTTTGTGTAGTGGGGTTGAAGATACAAAGCATTATGAGGAAGCCAAGAAATGTGTAGAAGAATTAGCATTGTACCTGAAACCACTCAGCAGTGCGAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000002750:ENSRNOT00000003689:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
NonCoding
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]