RnoINT0129327 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000015701 | Rreb1
Description
ras responsive element binding protein 1 [Source:RGD Symbol;Acc:1310904]
Coordinates
chr17:27602837-27665039:-
Coord C1 exon
chr17:27664888-27665039
Coord A exon
chr17:27602937-27664887
Coord C2 exon
chr17:27602837-27602936
Length
61951 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCCGTAAGT
5' ss Score
10.11
3' ss Seq
ATCTTCTTTTATTTTTTCAGGTT
3' ss Score
11.82
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTTGTTCCAACTCTGCTCCAGAAGTGGTGGCTTTGAAGTGTGACCCTGCCCACATTTGGGCCCAGTCCTTGTCAGCTTCTCAGTAGAACGAAGAAAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000015701:ENSRNOT00000060218:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]