RnoINT0131100 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000025278 | Scai
Description
suppressor of cancer cell invasion [Source:RGD Symbol;Acc:1594720]
Coordinates
chr3:23370610-23380439:-
Coord C1 exon
chr3:23380358-23380439
Coord A exon
chr3:23370683-23380357
Coord C2 exon
chr3:23370610-23370682
Length
9675 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
TAAATTCTTATATATTGCAGAAT
3' ss Score
7.04
Exon sequences
Seq C1 exon
CCTTCATCCTGGAGATCTGTATCCATTCACAAGGAAACCCCTGTTCATCATTGTGGACTCCTCCAATAGTGTTGCCTACAAG
Seq A exon
GTGAGTCCCTAGAGAGCTATTGTACACTCTGGGAATATAGCAGTGACCTCAGGGTCCCCACTTCTAACATATGCCCTTTTATTTTGCTTTGTTTTGCTTCTTTAATTTTACAGTTTGTATTTAGTGTTTCTTTTCTTTTGAGGTTGTGCATGCTAGTCAGGATCTGATGCTATGAATAGAAACAAGAAGAAACGCATGAATGGACTCTCAGTGGAAAATAATAAATCCTCCTGCAGGAAAAAAATTTTCAAGATTTCCAAGATCTCTGGTGGGAGGTTTATTTTTGTTATATAACCCAGTCTGTTTTTCTTTACAGAGCTAGACATAATATGGGTGGCTTGTTTTCTAGTTTTAAACACTTTCCTTTTCTGCATACCTAATTTAATGCACATATAGTTTAAATGAAACCCCATCTCATGTTATACAGTAATGATCTTAACTATTAACAATTTTACATATGCTTTGTTTTTCCACGACTAAGCCTAAATGGGGTTTAACCTGGAAGTACTTTTGCAATGTTTTGCTTTTGAAACAAACCCTAAATGACTCTAAAAGCAGTATTAGCAAAACACTTTGAAGTCATCAGAATTCAAGCTGTAATAATTTATAGTAAAGCAAAATAGGCTTAAATTAGAGGAACACATGTCCATACTGGACTGGGTGCTTGCTTCTGCTCCTGAAAGCTTCTTCTGTTGTGGGTTTCAACATGAATGGAGAAGCAAGCATTACTCAATTTATCTAGCATGGCAGTGGAAATGACTTGAGTAGCCAAGAATGGCGACCCCACATGTATGGTTTTCATTCTCATGTTTACTTCCGTTTTAAAAATTAAACCTGTCCAAGTATGATGGCACACACCTTTAATCCTAGTATTCAGGAGGCAATGGCCAGTAGATCTCTGTGAGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTGCAAAATAAGTTCCAGAACAGCCAGGGCTACACAGAGACCCTGTCTTTAAAAACCCAGTGAATTAATAATAAGGAAGGAAGCAAGCAAGCCTGAATTCTAAGAGCATTTAAACAGAGAAACCCTGTCTTGAAAACAACAAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAAATAGCCTAAATTCTAATAGCATCTAACCCACCCTAATTTTTTTTATTTTGTAGCATGTTTCTTGCTGCGCATTTTGTTAAGTTCAGTGTTCGAATTTTTGATTTTTAGGAAATTTGATCTGTGTACTTTCTTAGTTTGTTTATGTGTATGTATCTGTTGGGATGTGAGAGGGGTGGGAAGGCCCTAAAGGAAGGCCAGAACAGGATTGTGAGAGTTTAGGGCAGCTTGGGTTGTACTTCTCAAACTTAAAACCTAGACAAGAAGGTCCATCATATAAATACATAAATTACATATACATAAAAGTTCTTTAAGAGTAGTACAGAAAACAGAAAAATCAATAAAATAATTCAAGAAAATGGCCACTTTCCATACTGAAAGAATTCATCAACCAAAGAAGTTGAAAGTGCACCCAGATCAGGACCCTGTCTTTTTTCCTTGATACAGATACAGCTAGAGAATTAGATGTATGTTTGCATATAATAAATATATGCACACATAATAGACATATAATTGCCTTTTTCTCATGTTTGAAATGTCTTCTCATACCCTTGGGAACATGTGATTATTTCACTTGCGTATGTTATTTTACTGTGTGTGTGTTGTAAGTTAGGGCCTCACATCCTGCTAGGTGAATGCTTTACCTAGCTACACATCAGCCACAGAAATCTATCTTATATTCCTTTGTTCCGAGTTATGTTTCTTTTTGCCTCTTTTATATGAAACTTCTTTCAGAGTATCATAATCCTCACTTTTCTGGTTCTGTTTTAGAATGGAGGCAGAAACTCGCTGAGTGGATAGGACTTTATAATTGAGAAAGGCCATGTAGCTCGGTGGTAAACTCTGTATCAGGTCTTTAGGTCTTCCTTTATGCTTATATCATAGTTATCAGATACAACTCATTATTCTTCCCAGAATTTCAAGTTCTAGCTATCAGCATATGTATGCTTTCCTGGATGTGTGCACTGTGGCTGTTCACTACATATATTCTTGTCTTCCCCTGCCTCGCATTTAAATTCTTAATAAGGACATGTTGAATGATAAGGTGACAATACTGTATCCTTCTCCGTATGGAATCTTTATTTAGTATTAATGTCCTGTGTAATTCTTGTTTCTCACTCCAAATTCCTGTTTTATTCTGCTCTTGAAAGAAAAGGGGCTTTGCATGTTGGTATAAGTTTCCTGGCAGAAGAAGGAAGTGACTGATAGATCAATTTCTGCGTGACAGCTAGGACCCGTAGTTTGCCTAGCATGTTTCCTTTAGGGTTAAAGTGGAAGTTCCCAATAACTTTGGCAAATTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTCTTTTTTTTTTCGGAACCGAACCCAGGGCCTTGCGCTTCCTAGGCAAGCGCTCTACCACTGAGCTAAATCCCCAACCCGGCAAATTCTTTTTAGTCGTACTTTCTTTCCTTTGGAGGAAAAAATGATTCATTGTGAACATTGAAAATTTTAAGTGTTGGGTCTCTGCCAGTGCAAATGATTTACCTGTCAAAATCAGGTTATCACGAAACAGGCTGGGACTAATGTGTTTCATGTGTGCATATTGCTTTACTCTAGTATGACTTTTTAACTACATAGTCAGTTATACCTGGTCTCCTGCCAGCACCCCTCAAATCCTAGAATTCTTTTTTTCTCTTTTAAAATTACTTCTCTTAGTTTTTAGTAATCTGGACTTAATCTGTGGTGAGGAAACATTTGGTTGAACATGTCAGGGTCTCTTAAATGATTTGAATTGTTAGGTTGGAGTTTCCATTCATGGTAATGACAGTTATCAGCCATTATCTCTTTACTTACTGACTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTTTTTCTTTTTTTCAGAGCTGGGGACTGAACCCAGGGCCTTGCGTTTGCTAGGCAAGCACTCTACCACTGAGCTAAATCCCCAACTCCTACTCACTGATTCTTGACCTCCCTCTTCTCTTCTCCTGGGACCCTTTCAGGCTTTCCACATTTCTTAGTTCCCTTAGTATTGTCCATCACTGTGTTCCCGCCTGCTTTTGTTCTCTGTCTCTTTAGCAGTGTCTAACACATTATTAATCCATCTTGAGTTTCATGAGTTTCATCTTGGTGTAAGTATTCTTTATATATTACATTGCTCATTATAGTTTACTATTTTTAGTTTTTGCTTTTACTTCTTTGAGCTCAATAAGCAGTTATTGGTCTTGTCTATCACGTAGTTCCTATACTTGAGTCTACTTTTGCTATTTAAGATGACATTTTCAGTGTTTGTGTATGTTTGATTATTTTTAAATTTTTATTTTGTTTTTGTGTATACAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCTTTATTATCATTAAAATTGGAAGAACTTCATGGGGCCCGTTACAGGAGGGTTGTGTTTGCTTATACAGAACATCTAGAAGAACCACCAGCTTAGGACCCTTTTGGGGGTGTTATCTGGGTAGTAGATACTTGGGCTGAAGATTTATAGGAGAGCTGACCTGCAGGAACTAGTTTAGGGAAACAGTGTGTCCCAAACTTAATACCAGGACACATTACCCTACTGCTCTGTGAGAAATGGTTCTAATGGGAGAACATGTGAGTGTTGATTTTACTTCATTCTTCATTTAATGGTGTAGCCCTGTAGGATTCTTCTCTAATGTGGGCACATATGAATCCCTTGCCATCTCTGCCTTTTCTAGGTGTGGCATTTAAACCTAAATTCAAGTTACATAGTTTGTCTTAAGCTAGCCAAGGTCAGGCCTTAGCTTATTTTCCCAGTCTCTTCTAGTTGTTTTTCTTCTTATCTCTAACCGTCTTTGGAATGTCCCAGGGTTGCATCCTGTCCCTCTTACTTTGCAGCCATAGCTGACCCTCTTATGCTCATACTTAGTTTCATGACTTTATTACTGTTTCCTTACTGGCTTCTTCCAAGTGTGATACCTCCAGGTCAGACCTCTGTCTCTACAATTCTCTATATATTATATCTACCCACTCTGTGTATCCAGTTGAAAATTCTTCAAGCAATTGCAAACTAAAAGAAACAATCATGCCAAAGACAATTGTACCCGACTTCTACCTCTAGACTCCTTATCTTGGTTAGTGCCTGTTTTGCTTTTTATACTTGTTCCCTCCCTCTGAAAAGTCTTGCCTTTATTCTTGATGTTTGTCTCCTTCCCTCCTATATTATAAAACCTGATAAGATCTAAGTAAATGTCCAAAATCTCATGGACTCCACTATCAACCCAGACCATGATACAACTCACTTATCTGAGTTGTTGCAGCAGCTTCCCTCCGAGACGCGCCTGCTCTTCCTCCTGGGCCTCACCTTCTTTCTGTGCCCAGACTCTTCTCTGACTTCTCACCTCACTCCTTCAGAAGACAGATCATACAGGCATCTTTATCTCCTTTCTTTCCAGTCTCTGCAGCTGCACTGATTCCCTTCCTAGTTCTTAATATTCCAGGCAATCTTCTGCTCGGCTTTTTGCATTCTCTTCTTTCTACCTTAAATGCACTTTCAAAGGTACCTCATAAATTTCAGGTGTTTGAACAAATGAAATTGCTTGGGTGCTCGCTCGTTGCCATGTTTCAGGTTGCATGCCTTCTTCACCTTGTGACTTTACTGTTCTTCATAACCATAATAGTTAATAGTGTATAATGACAGCTGGTACTGTGTCTTCTCCTAAATATTTGATGTACTTGTACACATTTAATTATCACACAGATCATCTCTCACTTTCTTTTCTGTACTGTTTGAATGTATTAGGCAAGCTCTCTGCCACTGAGCTTTATCCCCAGCCCTCTCTTTCTGTTCTATTTGGACATTGCGGTCTCACTTAAGTTGCTTAGGTTGGCTTTGAACTTA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Seq C2 exon
AATTTTACAAATTTGTTTGGACAGCCACTCGTCTGCCTTCTTTCTCCCACGGCATATCCAAAAGCTTTGCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000025278:ENSRNOT00000039410:14
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF120703=DUF3550=FE(5.4=100)
A:
NA
C2:
PF120703=DUF3550=FE(4.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
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Suggestions for RT-PCR validation
F:
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R:
No suggested primer sequences
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INCLUSION PATTERN[edit]