RnoINT0160924 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000005341 | Upp2
Description
uridine phosphorylase 2 [Source:RGD Symbol;Acc:1308188]
Coordinates
chr3:44806106-44814763:+
Coord C1 exon
chr3:44806106-44806586
Coord A exon
chr3:44806587-44814651
Coord C2 exon
chr3:44814652-44814763
Length
8065 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGT
5' ss Score
10.03
3' ss Seq
TTCATTGTGTTTTCCCTTAGAGA
3' ss Score
9.97
Exon sequences
Seq C1 exon
GACTGAAAGTGGAATTGCATCCGTGTACAGTTGTCTCAAAGCAAATAAGTCTGGGTGTCACACCAGCCTGATGCTGGGACCAAGGTCACGTGCCACGGACGGGTGCTGGGATCAAAGTTAACAAGCTAACAAACCTGCTCAAAGAGAAAGGATACCACACCTTCCAAGGGAGCCTAACTCCCTGGGGGATGATTCTCTGAGAGCAGGGCTGAGTATAAAAGGCTATCCAGGGATGGTGTTTTGACTTTGTCAGAGGGGTTCAAAATACTCACGGAAGATTTTAGAGAAAATTTCAGGAGGAAACCTCAGTTTGAAGGGGAGGTGGTATTCTGACTTGAGGCTGCATCACTGTGATTAGCTCTGTAATTTAACAGCAGGCTTTCACACTGCTTTTTCCTGCTATCTGCCCAGTGCAGAGTATGGCTTCCATTTTGCCTGCTTCTAATAGAACCATGAGACCTGACAAGAATCCGTATGAGAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
AGAACGGTCTGTGTATGTTAGGAATCCACACTTGGATGCCATGGACGAAGGCATTCTCTACCACTTGGATTTAGGGACCAAAACACACAACCTACCAGCCATGTTTGGGGAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000005341:ENSRNOT00000035158:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.667 A=NA C2=0.079
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0104815=PNP_UDP_1=PU(0.1=0.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]