RnoINT0167753 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000031459 | Zfp128
Description
zinc finger protein 128 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2389445]
Coordinates
chr1:65691947-65701867:-
Coord C1 exon
chr1:65701472-65701867
Coord A exon
chr1:65694804-65701471
Coord C2 exon
chr1:65691947-65694803
Length
6668 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAA
5' ss Score
8.59
3' ss Seq
GCTCTTTGTTTTTCTTTCAGGTT
3' ss Score
11.84
Exon sequences
Seq C1 exon
GACTCTGTATCGTGATGTGATGCTGGAGACCTTTGGGCACCTTCTCTCTGTGGGTAAGCTCTGCTTCCCTCACTGTAGTGGTGGAATCTTCCTGAGTTATGATTGTGGGCCTCTTATATGGGGCTCTAACGTAACCCTGAGTCCTCATTCCCTGTAGGACACTCTTGTGTCCTTCTGCCACAGAGCAAAACCTTCACATGACTGTGAGATGCCCATATGTCCCTATGGTCAAGAGCCTGCAGCCAGGGCTTGTTTTTCCCAGAGCAGCTTCCGACTTCCTGTGCCTTTTCCTATTTCCAGGTCCTGATCTTCCCAAACCTGCAGTTATCTCCCAGCTGGAACAAGGTGCTGAGCTGTGGGTGGCAGACAGAGGAGGCTCCCAGGCCTGCCATCCAG
Seq A exon
GTAAAAAACCCCACCAAGTGGGTGCCCCAGTTGTGGGGGATTCTAGGAGACCACTGGAGATGCACTTAAGGGAAGAATATTGTTTCAGGGCCCTCAAAACCATTTCTCTCTTAGGAGGTTCACAGGGCGTAGCATCAGATTCAGAGCTATGACTGGTTATAGCCAAAGACGCAGAGAAAAATCTGTGAAAGGAAAGTTTAGAAGGGAAAGTTTAGAGGAGTGATTCTCAACCTTCCTAACACTGTGACCCTTTATACAGTTCCTCATGTTGTGGTGACCCCCAACCATAACATTATTTTCATTGTTGCTTCATAACTGATTTTGCTACTGGTATGATTTGTAATGTAAATATCTGATATACAGGCTATCTGATATGTGACCCTGGAGGGATCACGATCCACCAGTTGAGAACCACTGATCTAGAAGCAGCAGACATGAGTTTACAGATCTTCAGAATGTGCTCAGTTCCCCCAGCAGTGAGCTGTGATAGTACGTGATGACTGTGATCTCCAGGAAATACGGGATTCTGTCCTAGGGACACCTTTTGCCTAGTGCATTCCATGATTCTGGGGCTTGAAATAAAAACAGAGCAGTGAACTTTTAGGATTGTGGGAACCCACCCCAAGTCCAAGTTCCCTAACACTCCCAAAGGCCAGCCTGTGAGCAAACTTCCCCTAGCCTGTCAGCTTGGCCAGTTGTCTTATATTTCTGGAGGGTCCACTGGCCCATCCTCCTGTGCTCACAAGAGCCATTTCCTTCCTCTCCAGCAGTGATCGTGTTTCTGCTGCATCTTACTTTTCAGGCTATGCCCTTTCTCATTAGCCTTCCCAGCATCCTCTTCCTGACTTTCATCCTGGCCTTCCATTCAGTTCTTGCATGTTAGAGTCTGCAAACCTGTTCCCCAGACCCTTCTGTTAGTCTATTATCAGAACAAATTCTATTTAAGTATTAAAAACTTGTCCTAGGGCTGAAAAGTTGGCTCAGTGGTTAAGAACCCTTGTTGTTCTTGCCCAGGACCCAAGTTCAATTCCCAGCACCCACAAGAAGACTCATTCAGGTGGTACACAGACATATGTGCAGGCAAAGCACTCACATGAATAAAATAAATCTAAAAATTTAAAAATTTAAAAAAAAAAAAAAACAACTTTGGCCTGATGTGGTGACGCATGTTCTTATCCCAGCACTCAGGAGGCAGATACAGGTGGATCTCTGTGAGTTCAAAGTCAGCCTAGTCTAAATATTGAGATCCAGGCAAGCTAGGGATATATATTGTAAGATCCTGTCTGAAAAACAAATCAAAAAGCCTTAAATCTACGTTAAGAGAAACTCAGAAGGAGAAGGAAATATTGCTTTTAAAAAGCAGGACCCCCGACTTAGCTGGCACTGGTGCTAGCTTGGCATTTTAGAGATGTGCCAGGGCTGTTGGTTCCGTGTTACTCAGGATTACTGTGTGACTACAGTAGCTCTGGCCATCATATCCATTGTTCCTGATGAGAAGGAAGGGAGGCAATGGGAACAGTGCCCGACATGTGTTCCCTTGTCCCAACACTCTGATCGGGACTGGATTACTTGCTCTTATCCAGACACTGTTTACTAGGGACGGTGGAAAGGAAAGGTCTAATAGATAATTAAATAGGACTGGTACCCTGGGACCCTTGACAGCTGGAGTGGATACAGTATGGCTTTGGTGACATATAACCAGCAGCCTGCAGTCAACCCACCCAAATGCTTCTAAGTGCTACCCAGGGCTGCAACGAGGCAAGCTGACCTCTATGAAGAGGTGTGACACTCTCTCTCAGGTTCATGAGTCTGCAGCAGATCCATTTCTTCCTTCTTTGTCGGTTGTTGCCAATGCTGCTTCCAACTTTGTTGTCAGGAGCAAATCCGACTCATCTAGACACATCCTTTCCACTGACAGCGTATGCCCTGATTGAATCTAGGTTCTAAAATAACTAAGCCTTGACTGGCTTGCACAGTAGGTGTGGCATCAGAATTGTTGCAGAAACTATTAAGTCATATGTGTTCTAGAAACAAAGGCCTCTGGAGAGCCCTGTTAAAATGGAAACATATTTTGCATTAATACTTGTGTAGATGCCCTACTGCTACTGAAGCAAAGTACTGTGGCAAAGTGGTTGGGAAAAATACAGATTTGGCTGATTATGATAGTGAACTCCTGTAATCCCAATCACCCTGCAGGAAAAGCCTCTGTAAAACCCTGTCCCAAAAAAAGGCCCACAATTCAATTATGTATTTTCTCGAATGTGTGGAAGTTAGTTGGAGTAGAAAGTGGTTCATCAGGGCCAACTGCTCTGGCAGTACCGGGAGAGGTTCCATTGCCTTGTTCCTCCTAATGTGCAGAAGTTGCCCGTGTACCATGGCTCGTGGGGCCTTCTGCATAACATATCACTCAGCTATGTATCCACTGCCTCACTTTCCTCTCAGACTCTGGCTCATGGAGCCATAGAATCTCCAGAGAACTGCACACTTTCAGTAGTCTTAATTTGGACCCAGAGAGGTAGCTCATCAGTTAAGAGCACTTTCTCGGGCTGGAGAGATGGCTCAGCGGTTAAGAGCACCTGACTGCTCTTCCAGAGGTCATGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAAAGAGATCTGGTGCCCTCTTCTGGTGTATCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTATATATAATAAATGAATAAATCTTTAAAAGAAAAAAAAGAGCGCTTTCTCTTCTTGCAAAAAAAAAAAAACAAAAAACAAAAAAACCTGACTTTGGTTCCAGCACCCCTGTCAGGTGGCTCACAACTATCTCTAACTGTAGTTCTGGGAGATCTGATGCCCTCTTTTGATCTCAGGCCCCCTCACACATGTGCTGTGCTTCACATACATGCACATAAATAAAAAATTAAATTTCAATTAAAAATGTTTTAAATTTACAATATCCTCTTTGCCGTGTAACAGGGTCCAATGACTAGAATGTGGTTATCTTTGAGGGGCTATCTTTCAGTTTAGCACACTCTTTATCCAATGAGAGTAATTGTTTTGTTTTAAAGAGTGCTTATCTAGGTAGACCCCCTCCCAGTACAGCCATGTGATTTGGTGGGCCTGTTGCATCTTGCTTTGTTTCTTAGGTTCCCTCTTATAGTTTCCTGGTGTACTGTAGTCTCAACCCTACCCTTGATTCCTCTTACCACAGTCTCACTCTGGAGAACTATGACTTTCTAAACACTATGGCTCAAAAATCTGGTGCCAGGTCGACTGGAGCTGTGAAAGCCCCAGGTGAATTCAACAGCATTGATACCTTCAACTATTCCTGGCCTGACCTGGTTACACCAGCTCAACCCTCAGTAGTGGCTTGGAGAGCCCTGTTAAAATAGAAACATACTTTGCATTAATACTTGTGTAGATGCCCTACTGCTAGCAGTAGGCCACTACTCCCTACTCTGGGTCCTCTTCACCCCTCTTCCCTTTGGCAACATTGGTCTGGACCAGGGTTTGCCCTGAGGCTATATTTTAATAGCTCAGCTCAGAAGTTCATTCAGCAAGCATTCCTGAGGACTCACCTATATCATGCTTTTGATGCTAGGAGTGTAGCAGAAAATAAGACTTCCAGACTGAGATGAGCCTTCATTCAGCCAGGGTTTTGAAGTAAAAATATCAGGAGGTGATGGTTCAAACAAACAAACAAACAGAAAGCCTGCCTGAGAAACAGGGTAGAGGATACATACCTCCAGGACACACAGAATTGCCTCTTTTCAGAGATAACACTGAAGCAGGCAGGTGGCTGGAGATGCATGCTCCAGGCAGAGAAAGCAGCACGGGATGTGGTGGGAGGGACAGTAAGGAGGCCTGCAGGGAACCGTGTAAAAGAAGAAGTGAGGTCAGAGTGAATGGTGGACAAAAGGAGAGAGCACAGTCTATCATCAGAAGTGATCTGCATGGTGAGCAGAGGGGTAAGCAGGGTGGAAAGAAGAGAAGGTCTATTTGGGCTTTTGGCAACAACTGCATTAGGATTCATATACCATATGATATTCCCATTTAAAATTGGAGGTAAAGATTGAGTTGTGTGCATGAAGCCCTGGACCTGATACACAGTTCAGCAAAACAAAAACAAATCAAAAAAGACAAAAAAAGAAGAAAAAAACCCCACCTATTATATAATCCAGTGGTGATGGAGTGTATTCACAGATTGTCCATCACCAGTGTCTACTTCTGTGTCTCATCACTGTTTAGGTGATTGTAAAAAGCAGGTTCTTATTTCTTACAGTTCTAGAGGCTGAAAGTTGATTTGGTTCATGATAGAGGCCCCTTTCTCATCTATGGATGAATGGCTGCTCCTTCCTCAGAAGAAAAGGGGAGGTGGGTAGGGAGTAAGACTCCAATGTCCCCTTTTAGAAGGGCACTAGTCTATCACAAGGACTTCGTGACCTCATATTCTCCAAAGCCCCATTTGTAAATACTATCAAAACAGGGATTAGGATTTACATATACAAATTTTAAGAGAATACAAACATTTAGACCTTATCCACCACCAGAAAAGTTGCCTGTTAGCAGTCCCCATCTATCTTCCCTTCCTCTTGACAGTCACTCATTTGGACTGCCTATGGATTTGCCTGTTTGGGACCTTTCTCAATCAGTGGACCTTCAGTTTGCGACATTCGTGTCTGACTTCTTTTCCTCAAAGTCCCTCCATGTAACAGTGTCTATTCACATATCCGTCCTTTTTATGACTGAATATTTCATTGACTGGGTAGATCATCATTAGCTGGTTTGTTTGTTGTTATTCAGGGAATAGAACCTTAGGGCCTCATACATGCTGGGCAACTACTCCACCACTGAGCTGTGTTCCCTACACTCATGTTTTATTTTCCATTTACTAGTTGATGGGCATTTGGGTTCTTTGCACTCTGGGCTGTTAAGAGTAGTGCTACTGTGGACATACGGGTATAAATAAGTTGTTTTTTTTTTAAGATTTATTCATGTA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Seq C2 exon
GTTGGATTCTTGAACCTGAAGACCACACACTGCTCAAGGACCAGGACCTCCCAAAAATGAAACCATCCCCCATTACAGAAAAGGATGGGTTTGCAAAGGCTGTTTCTTGTCATTCTATGACAGGGATATATCGGGAAAATGATGGCCAGAGGCAGGCACTCAAGAAGGACCAGAGTAACTTAAGGCAGTTGAATGGCCCCAAAGAGATACCAGTTCAAAGTCAAAGCTATAAAAGCCTTGGACTTGTAGAAACCTGTGTTCTTGGCTTAAACACAGATCTATTACCAGATATTTCTAGAATAGAGTATGGCTATACTTATGGCTCACAAGTTAAAAATTCAGAACATAACCCAAGCTTAGTCAGTCAACAGACAGACTCCCCAGCATCACAGCCTTTTGATGACAATGGCAGTCAAAAAGCCTTTGATCAGATTATGCCCATTACAGAACTCACAAAAAGTCAAGTGCAAGATAAACCCTATAAGTGTACTGACTGTGGGAAGTCATTTAACCATAATGCACATCTTACAGTGCACAAGAGAATCCATACGGGAGAAAGACCTTACATGTGCAAAGAGTGTGGGAAAGCCTTCAGCCAAAACTCTTCCCTTGTTCAACATGAGCGAATCCACACCGGAGACAAACCTTATAAGTGTGATGAATGTGGAAAATCTTTTTGCCACAGTACACACCTTACAGTCCATAGGAGAATTCACACTGGAGAGAAACCCTATGAGTGTCAGGACTGTGGAAGGGCCTTCAATCAGAATTCATCCCTGGGTCGACACAAGAGGACACACACTGGGGAGAAGCCTTATACCTGCAGCGTTTGTGGGAAATCCTTCTCCCGGACCACTTGCCTCTTCCTGCACCTGAGGACTCACACTGAGGAAAGGCCATATGAGTGTAATCACTGTGGAAAGGGCTTCAGGCACAGTTCTTCCCTGGCCCAGCATCAGCGGAAGCATGCTGGTGAGAAACCCTATGAGTGCCGACAGAGGCTGATCTTTGAGCAGGCACCAGCTTTAACAAAGCTCGAGTGGACAGAACCCCTCAGCTGTGACCCACCATTAAGTCAAAGTGAAAGGACTCAACAGAGCGATAGGCCCTTTAAATGTAATCAGTGTGGAAAGTGTTTCATTCAGAGTTCTCACCTCATCCGACATCAGATAACCCACAACAGAGAGGAAGAACCAGTACGTGGACGTAGCCGAAGACGGGAACAACACTGTAGACCAGGCTCAAAACTCATCCGGAATCCACACTCAAATTCAAAAGAGGTTCCAATAGCCCAGGCAAAGGCAGGACAAGCAAGCAGAGCCCTGGCCTTGTTTGACCTTCATGAAATTATGCAGGAGAAAAACTCTGTGCATGTTATTGGGGTAGAAGAACCTTCAGTGGGCAATTCCATGCTGTTTGACATCAGAGAATCTAGATAGAGAGATGATTTTTTAGATAACTTTTGAGTTACCAGGCACAAACATTACATCCACAGTGTATGGGTGGCAAGAGAAGATGGCTTAATGTCAGTAGTGACCTCTGACTTTGTAAGGAAGTGGTGCCTCCCACACAGTTGAGGTTGGTGTTTCTCAAATGTATCAAACTCAGTTCCTGTTTAAGGACAGCCTCTTTGTTTGTTTTCTGAGACAAGGTCTCATGTGGCCCAAGCTGGCCTCAAACTCACTATATATCCAAGGATGACCCTGAATTTTCTGATCCTTCTGTCTTCATTCACCTCCCTAATTCTGGGATTGTGGCTAAATGCCACTAAACCCAGCAACAACAGACACCTTGAGATATCTTCTCCATTATCCCAAAATGAGTTTACCAGTAATAAAAACCTCTGCACAGGCATAGTTTGGAAATAACACATGACCCCTGTTGTGTGTTATTTTAAAAAGCAAGCTTCTGCCTTTGCCCGGGACTGTGGCCCTTGATCCTGGTTTAGCTCCAAGATCGGCTGCTCCCAGTCCCACTCCCCATTTGTCTGTTCCTCCCAGCTTAGCTTCACCAATGGCCAGCTACTGCCTTTCCTGGGAGCTGCAATCGTTCCCCCAAGTTCTTTGTAAAGGATAGTTAAAGTAATTTATGGTGTACTGTGTTAGTGTGGTATCTTACCATGTCCCGTGTGGGCCCATTTGACCAGGAGATCATGGTCTGAAACTTTCAGACTGGTTCAAGGTATACTGCTGTCTACAAATAATACCATAAAGGACTTTATCATGCCAAAGTGATATTGCAAAATAGTAATGAATTCTTATAAAAGTTTGAACAAATCAAAATACTATTGTATTTGTGGGAAACTCTGCCCAAATTCCAAATGTACACAAAGTAGTGTTTGTTTCTGTGTGGCTCAGTTCTGCACTTGACAGTCATTGCAGCATGCTTGACTCTTGTCCTGTTTCAGTACATCATCTGACAGAGAAGCACCCACATAATTCTACAGCATCCTCTAAAGGAGTCACAGCTCCTATGGAAACCACTATCTTGAAATATCTAGAGTTGTTGTTAATCAGAGGTATCCACTTGCAATAATTTGTCCTCAGAGGACATTTGGTAATGTATGGAGTCATTTTTGTCCCTGCAAGTTGAAAGATGCTACTGGTATCTGGGTAGAGGCCAAGGATACTACTCAACATACTTAAGTGTCCAGGGTAGCTCTTCAAAGAATTTTCTAGTCCAAATATATCAATAATATCAACATGGAAAAGCCCTGATATAAACTCAACCCAGGGGATTGGGGTGTGGCTCAGTAATAGAACATTAGCCTGGCATGTAAAAGGCCCTAAGTTCAGTCCCCAAATAACTCACCTTTTCTAAACTAAATTGATTGAACAATGCTTTATTAACAGTCATT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000031459:ENSRNOT00000006118:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.015 A=NA C2=0.326
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.0),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.2),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.0),PF0009621=zf-C2H2=WD(100=4.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
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F:
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R:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]