RnoINT0168025 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000006684 | Zfp317
Description
zinc finger protein 317 [Source:RGD Symbol;Acc:1565419]
Coordinates
chr8:19890682-19903544:+
Coord C1 exon
chr8:19890682-19890764
Coord A exon
chr8:19890765-19902191
Coord C2 exon
chr8:19902192-19903544
Length
11427 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTAAGA
5' ss Score
8.85
3' ss Seq
TCTCATCTCTTAACCAACAGGAA
3' ss Score
9.7
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTGGGAAACTACATCTAAGATCAAATGGTCCATTCTTATGGAAGATATTTTTGGGAAGGAAGCATCTGATGGTGTAAGATTG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000006684:ENSRNOT00000034254:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.069
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]