RnoINT0168446 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000019127 | Zfp606
Description
zinc finger protein 606 [Source:RGD Symbol;Acc:1309810]
Coordinates
chr1:66231763-66237102:-
Coord C1 exon
chr1:66237010-66237102
Coord A exon
chr1:66233745-66237009
Coord C2 exon
chr1:66231763-66233744
Length
3265 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGG
5' ss Score
10.07
3' ss Seq
TCCCCCTACTTCTGTTTCAGAGT
3' ss Score
10.89
Exon sequences
Seq C1 exon
GGAATCAGATTGCTAAGCCTGAAGTCATCTCCCTTTTGGAACAAGAAGAGCCATGGTCACTGGAGCAAGGATATCCTAAGAGCAGCTGTCCAG
Seq A exon
GTGAGGTATCCCAGGCATAAGTGAGGAACTTGGCCTCAAAGCTCTCCTTTTTGAGAAATGGGCTAACAGTAGAGGAGTTATTTTTCAATACATTCAGAATTCTTTCAAGGGCAGTTTTATCTTCATGTTTCTTTTCCATCTACTACTGATTGAGAGCAGAGCCTCTCTCATAAAACTGCAATTGTATCCTGAGCCCCAACACACACTTTTCTGTCTGCTTTGTGTTTGTTCCTATTTCCTGAACCTTCTCTAAGCTAAGGTCTCAATTATTCACCTATGTAAAAATTTATTTTTTAAATTTCTAAATTGTAGTCTATGGTTTTAAACATTTCTTTACAAAAAATACTTTTTCAATGTAGACTATCTTCTCATGGTTTAAAAAAGTCAAAGCGACATAAAATGTATGTTGCAATCTGACATACACTCACTGCTCTATACCACATTACCTCTTACTGGTGCTTCTCAGTGTACAGGTCACCACTTCTCTTTTACGTTGGAGTTGCTTGTTTTGTTACTGCCTTAGTGGTTGTACTGAGGATTATACTTAACATCCCTCTAATATTTTTATATGGATTAATACTAATTTAATCTTATTTGTATTCAAAAACTTTGCTTTTGTATAGCTTGTCCTCTTTTACACAGTTATGCATTGTATGTTACCAGGACACATTTGTAACTAATGACATTTTTTTAACCTTTGTAATTTTCAGTTGTTAGAATTCTTAAAATTTTAAATTATATTTATTTGTGTGGGGGTTGGGGGTAGGGTAGGTGTAGAGGTAGGTGGGTACCCATATGGAGGGCAGAAGATGTCTTGTAGGAGTCAGTTTTCTTCCTCCATCAAATGAATGTTTCAGGTTGTCAAGGTTGATGTAAATATCACCTACCCGGGTGGCCAGTGTTTTCTGGTCTCTAAAATCAGATAAAGCAATATTATAAAGAAAACACTGTAATTTTGCAGGCGTGGTGATGCATGCCTTTAATTCTGAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGTAAATCTCTGTGAGTTCAAGGCTGGCCTGGTCTACGGGACAGACAAAGGTACACAGAGATCTTGTCCCCAAAAACAGAAAAAAAGGGGGAAAATATGATTTCTTTAGTAGTGTTCTTTGAGTTGTTTAAAGGACTTCTTCTAGCATTTCTCTTTTTAAAAAAAATTTTTTTAATTTTTAATTGTGTGTGTGTGAGCACCCAAGTAGGTGAAGGTACCTAATATTATAGTTTTATGACATCTGCCTAAGAAACTGAACTCAGGTCCTTGGCAATATTTCCTTAACTACTGAGGCATTTCTTCAGCCTCTGTTAGCATTTCTTGCTTACTTACTTAAAAATATTTTAATTTTTCATGGGTATGTATATGTGCCTGATGTATGTACATTGCCAGAGCCCACAGAGGTCAGAAGAGAGCATTGGATTTTCTGGAACTGTAGTTATAGATAGTTGTGAGCTAGGAATTGAACTGAGGTCTTCTGCAAGAGGAGTAACATGCTCTCCTGTGAACCATCTCCCTATGAGCTGTTAGCATTTCTTGTGGAACAGGTTAGCAATACATTCCAAGGTTTTATCTGGGAATCATTGATAAATTTATGGGTATAAAGTTCATGGCTGGTGGAATTTTTTGTTTTAGCTTCCATAGTTTCTGATGAGTAATATTATTATTACTTGTAATGTTATTAAGGATTGTCTCTATAAAGAGTTGCTTGTCTTTTGTTGCCTCCTGGATTCTCTTTTTGGATTTCAGCAGTTTAATTAATTAATTATGTATATTCATGTGACTTTCTAGGTTGTCACTCTTAAAGCCTCTATGACCATGTTATAACTCAGTTTTTCCTTTTTCTCTTTTTGGTTATTGTTGGTCTCACTGGTATGTTGTTCTACCTCAGCTTCCTGCCAGAAATTGTTAGGACCTTGTATTTCCTTTATTTGTCAAGTCAATAACGAGCCTTTGTTGTGGGTCTTCAGAGAATCCCAGTTAGTTAATGGTTGTTCTGGATTGTTGACTTCGAGAACTACAAGATAATAAATCTGAGTTACTGTAAGTCACTAAGTATAAATACACTCGATTAACTTAAATTTGCATAATTATTTTACCATACTGTGCTGTTTTTCTAATCTAGCTCTTATACAGTACTCTAAAAATGATTTTGTAATGGTCACAGGAATTGTTTCTTTAGGAGAATCTTTAAACTGTGATGATATTTCCCTCTGAGCTGATAAGTCTTAGGTATTTAAATCTTGACTGGATTCTGGAACAAATAATATTGTAGTCAGAGTTTATTATAAATAACATCCTAGTTTGATATCTTCTGGTGCTACTTTACCATACTCCCTCACACACACATTATAATACAGAAGTAAATTATAACTCTAATTATTTAAACATTACTTGCCAAAGTCCTGCATGATTATTCATTAAGCCCTTTCTTTCTTTCCTCCCCTCCCTTTGTCCTATACTCTTCATTTGTTCATTTGTCTGTCCCTTCCTTCCTTCTTTCCTTTCTTCCTACTAGTATTCACTCTGTCTTTTTGTCAGAGGTATCCACTGCTACCCCATTGATAACACTAGGATGACTTATCAGACTCGAAATTCAGTACCATTAGGGTTATGGTTTATTATGTAAAAGAATATAAAGCAATATCAGCATGGTCCAGAAGAAGCCAAACAGAAGTTGTGATGATCTGTGAAATTGTCTGCTAGGAAACATGGTTGAGCTTAAGCCAGAGTCCGTTGTGCTTATTGGAGGTTGATCATGTAGGCAGCAACAACTGAGAGCCAGTATACTTGAGATCTTTAGAAAGAAAGCACATCTTCAGTAGAAATGTCATTACTTACAAGCTATCTAGAGAAATTGGTATAGTTTGCTTCAAGGCCATGAACATAAAAAGCTGTTATAATATTTACAGCATTTCATGTAATAGTCTTGATTCTTGGTGGTTAGCTAAGGCTGAGCCATGAAGCAAGGCAATTTAGTGATGTGCATGGTTTGAGTAACTCAGTCCTGCATAGGTAACTTTTTTTCTGTAAATCCTCCTTTTCATGTGAAAGTACTCATCAATGGTTTTAGTAGTGTCATGATACACTTTCTTTTGTAGTTAGCTATTGTTTACTTTCCACTATTTCTCTGGCTTTTATGTCTGGACTTGTAAATGAAATATACTGTAGCCTTTTCCAGAGTATAAATAATAAATTTCACCAGTGTATCCTGAGGTCTTTATGTACTCACAGTTCCCCCTACTTCTGTTTCAG
Seq C2 exon
AGTGGATGAGAAATGTTGAAAGCAAAGCATTGATTCCAGCACAGAGTGTTTTTGAGGAAGAACAATCCAGCAATGGAATGGTGTTAGAAAGATACATATGGGATAATCCATGGCTCTCCAGGTTAGGAGTTTTGGGATATGGAGACCAAATAGAAATGTATCACATGAATCAGAACGCAGGTATGAGGGAAATGGTCTTCATGCAAAAACAAGTACTTTCTCAACGAGGTTCTGAATTCTGTAAACTTGGCACAGAGTACAGCCAAAGCTTAAACTTAATTCCACCTCAAAGAGTTTCTCAATTAGAACATTTCTACAAATCTGATACACATCTTGAAACTTGGAGATGTAATTCAGCCATAATGTATGCAGACAAAGTTACCTGTGAAAATATTGATTATGAAAAAGCCTTCTGCCAGTCTGTTCAGCCTGTTTACCCTGCAAAATTGCAAACTAGAGATAATATGTTCAAATGTACTGATGCTGTGAAGTCTTTCAATCATATTATACAGTTTGGTGATCATAAAGCAGTACATACAGGAGAAAAACTCTATGGATATAAGGAATACCATCAAATCTTTAACCAGAGCCCATCACTTATTGAACATCCAAGATTTCAAATTGGAGGAAACCAGTATGAGAAATATAAAGAGTACGGGAATATCTTTTATTTCTCATCTTTTATGGAACATCAAAACATTGGTGGTGTAGAAAAGGCATATAAATATAATGAATGGGAGAAAGTCTTTGGTTATGACTCATTACTTGCTCAACATACAAGCACATACACTGCAGAGAAACCCTATGAATTCAACAAATGTGGTACATCTTTTATCTGGAGCTCTTACCTTATTCAACATAAGAAAACTCATCCTGGAGATAAACCCTATGAATGTGATAAATGCAGAAAAGTTTTTAGGAATCGTTCAGCCCTTACTAAGCATGAACGGACTCACACTGGAATAAAACCTTATGAATGTAACAAATGTGGGAAAGCCTTCAGTTGGAATTCTCATCTTATTGTACACACAAGAATCCATACAGGAGAAAAACCTTATGTATGTAATGAATGTGGGAAATCATTCAACTGGAATTCCCATCTTATTGGGCATCAGAGAACTCATACTGGAGAGAAACCTTTTGAGTGTACTGAATGTGGCAAGTCTTTTAGCTGGAGTTCCCATCTTATTGCCCATATGCGGATGCATACTGGAGAGAAACCCTTTAAATGTGATGAATGTGAAAAGGCTTTTAGAGATTATTCAGCCCTTAGTAAACATGAAAGAACTCACTCTGGAGCAAAACCATATAAATGTACTGAGTGTGGAAAGTCCTTCAGCTGGAGCTCCCATCTTATTGCTCACCAAAGAACTCACACGGGAGAGAAACCTTACAACTGTCAAGAATGTGGCAAAGCTTTCAGAGAGCGTTCAGCCCTTACAAAACATGAAATTATTCATTCTGGAATTAAGCCCTATGAATGTAATAAATGTGGAAAATCATGTAGCCAAATGGCCCATCTTGTTAGGCATCAAAGGACTCATACTGGAGAAAAGCCCTATGAATGCAATAAATGTGGAAAATCCTTCAGTCAGAGCTGTCACCTTGTTGCTCATCGGAGAATTCACACTGGTGAGAAACCCTATAAATGTAATCAATGTGAACGATCCTTTAATTGTAGCTCTCACCTAATTGCACACCGGAGAACTCATACTGGAGAAAAACCATACAGGTGCAATGAGTGTGGGAAGGCATTTAATGAGAGTTCTTCCCTGATTGTACACTTGAGAAACCATACTGGAGAGAAACCCTACAAATGTATTCATTGTGAAAAAGCTTTCTGTAAGAATTCTTCCCTGATTATTCATCAGAGAATGCATAGTGGAGAGAAACGCTTTATATGCAATCAATGTGGAAGAGCCTTTAGTGGTCATTCAGCCTTACTTCAACATCAGAAAAATCATAGTGAAGAGAAACTGTAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000019127:ENSRNOT00000025981:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.012
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.8),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.8),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.8),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.8),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.8),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.6),PF139121=zf-C2H2_6=WD(100=4.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]