RnoINT0169180 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000012397 | Zmym4
Description
zinc finger MYM-type containing 4 [Source:RGD Symbol;Acc:1309545]
Coordinates
chr5:144932448-144939990:-
Coord C1 exon
chr5:144939820-144939990
Coord A exon
chr5:144932533-144939819
Coord C2 exon
chr5:144932448-144932532
Length
7287 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAAGTAAAC
5' ss Score
1.87
3' ss Seq
TTATTTTTCCTTTTTTAAAGGAG
3' ss Score
8.8
Exon sequences
Seq C1 exon
GACTCCAGCTACCCATTTGCCAATAAAGAATCCATTGGTTCGGAACTGGGGAATTCGTTTGCATCAAATATTAGAATTAAAGAAGAACCTTTGGATGATGAGTATGACAAAGCAGTGGCGCCTCAGCAGGGACTACTAGACAGAGTTAAAGACGAACCTGACAATGCTCAA
Seq A exon
GTAAACACCTCACCCCGCCTCCTTCTGTTCACAATGAGCTTACTCATTTGAGACAGGAAGTGCCTAAAGTGAAATAAATAGTTTGACAGGATGAAAAGAATCTCTGATAGAAGCAACTTGAATTGTTTTGCAAGGCTGTAGCAAGAATTACATGAAAATGTTTCTGAAGGGGAGTTAAGGCTTTTAATAGCAGTGTGGCTTTTGTGGGCTTTTTAGTACAGGATTGAGAGAGAGGCTGGTGAGTCTTTGAGGTTTCAGCAGATGAAGTTGAAGACCTAGTAAGAGGGTGGCCATGGGTTTGTGGAGCAACTTAAGCCTTTACAGGTACTACTACTGAAGTATGGGTTAGGTATGAATTTGTCTTTCAGGAGGGCTAATGGACATAATTATCTTTGAAAGGGCTAATTGATTGAAGAATCAGTTTATTGGAAAGGAGGCCTTGGTGAGTGATTGATTATTCCACGTTTGAGATATTTGGGTAGTAAGAGCAAGGGTATAGCTGTGCTGTTTCAGGACTGCTCTGGAAGTCAGTCAGGAATTCTGCCACAGAAGTCCTACACTCCGTTAAGTTCCCCATGCACTTGATGGCATTGCAGTATGTGGATTGGAAAAAAGAAGCTGCACCATGGGCTGGAGGTATTGTGAAATGTAGGAAGGGATTTAAACAGTGAATACATAATAGCAGTAATTTTTTGAAGGTAGTCTGTATTTTGTTCATATGTCATGAATTTAGAGAGTGAAAAATAAAGTTAACACAAATTATCCGTTTCTAGGAAATAATATCTAATCTTAGGAAGTTTATTATTAGTTTTTTTTAAATTGTAGGGAGTTTGTGAATGAGGGCATGTATGGAAGAGAAATTTTATTTCGGCGTCTTCAAGCAGGGTTTCTCAGCATTAGCACCACTGATATTTAAAGCAAGACCATTCTTTGTTATGGAGCCCTGTTCTGCTTATCACAGGCTCTCTAGCGTCCTTGGTTTCTACTTTCTGTACTCGGTACTGGGTGCAGCTCTCTCTTTCTCCATGATAACAGTCAAAAATATCTTCAAACACTACCAGGTCTTCCTGGGGAGCAAAATCATATACTAGAGAGAACTACTGTAGGCGACTATTGACTAGAGAGAGAGAGAGAGGAGAGAGAAAAGCTGGTGGTTTGTGAAAGGAGCTGATACCTAATTACCTTTCAGAAATGGTGTTTATTGGAAGAGAGCATTGTAACCACGGAGCCACGTAAGGTTGGAAGCCATTCAAAAGTAATAACACAGTGTATCAGAAACAGCATGACAGGGCCTTAAAGGAAAAGAAAGACTTCCTTTGAAATCCAGGGAGGAGCTTCATTAGGGAAGGATAATGTAAAAGTAGGAGTGACAGAAATAGCTGCTGTGGTATGATAAAGGAGAACTTAGGGAAAAGGACCTTCAGAGAAATACCCCAGCAAAGGGAAATCTGTGGGTTTATATCTTTAGTGGTGCGACAGGAAGTTTCATACTATAGGATTTAGTTCAGCATAGCATATATGTGGGGGGTGAGGGGGCAGAGAAGAGAAGAGAGAGAGAGAAAGATAGTCCTGTGAGGTATGTCCTATTTATTTCTTTGGCTATGGGATTTGACTCTGAGAGTGGAGAGTGACTGTTAAGTTAAAGGGTAGACCCACAGTCGCACATAGTTGACAATTCAAGCAAAAATTTGACAATACTAAGGAAAAGATAGATGAATTAGGGTGTTGGTAGACCTGCAGAAATTGGATAAATATGAGTGCAGTTGGTTCAACAAAGAAGGAATATGAAAATATGTCAAGAGATAATAGGTGTAGTTTGTAGAAAGAGGAGAAGTAGAAATCTTGTCTGTGTGAATTAAGGTAATGGCCTGATTACCAGGGAAGATTCATGTGGCCATGTGTTCCTATGAAGATTATATGTCTTTGTTCAGGGGAGATCTCTAATCTCTCTATACTCCCTCTATGAACATGGAAAATCCCGAAGAAACCATTTTGCTTGGAGAGCACTAAAGACTTCTCTTTCTTTTCTGTATAACCCATTGACCTTTCCTCATGATAAAGGACAAAGCTTGGTAAGTGGGGTTTAGAAAACATTGGGAAAGTTACTAGTGGTGTTGGTTTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTCTTTTTTTCGGAGCTGGGGACCGAACCCAGGGCCTTGCGCTTCCTAGGTAAGCGCTCTACCACTGAGCTGAATCCCCAGCCCCTGGTGTTGTTTTTAAAGCAGAGCTTTCAGTGCTAGAGGATCAATAGGATGGAACGGATTGGCCTGTGTTTTATACACTTCCTGAAAATTACAAAACATGTTATAAAATGCTAAATAGCAAGTTTGTAATGTTTATCATGAAGAACTTCCTTAGAAGCGTATGTTATGTTTGGTCTCCTGAGTAGACAGTGCTGTGGGTAGGTCCTGGTAAGTATAGGGTCACAGAGCAGCCTTCATCCTGTCCCCACAGTACAGCAATCTTAGCACATGAGTGGCTAGAGGCAGCGTTCTGTTGTCGGTCATACCGATCCTATTCTCTGCAGTATCAAACATTTGGTGGGTCTAGAAATCCTCGGAGGGAGGAGTCTGGTTCTTTCCCTTTCCCTTCTTTTTCCCCTTCCTTCCTACATTCTACTCCCTACTGTCTAGCTCCATGTTTTTTTGTACTTCTCCCTGATCACTGGAAATGTAGATTTCTTACTTTTTTAGTTCTGTGTAATACTTTATTAATTTTACTCTCTCTATAGACCAGAAGTAAGAGTTATAAAGTATTATTTATTTGATCTACCAAACTGTACTTATAAAGTACTGACACTTCATGACTTTTGTCATCAGTTAATGGTGACTTCTCTTTGTGCTTAACTTTGTAGTATTGCTTTCGGTGTGCTTTTACAGTTTAAGATGGTCTTCATCCAAAAGGCCAGGAAGCTGAATTGTCAGTGTCTGTGTCTCACTGCTGCTAATTTGTTGTTTTTAGTCACTTGTCTGTCACCTTCTGTTAACTGGCAGAATGTTCTCTGGCTTTTGAGTTTCATTCATTTTAATCCCATTGCACTTCACTACAGTGTTTCTACAGTTTAGTAAACAGTTGTTGCTGTTTTAATGTACCATGTGGTTTGGTTTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGCGCGCGTGCGTGTGTGCATGTATGTTTGTGTGGTCTAAAGTAATAAGCTAAATTTCATAGATTCAAGAGTATATGGCCAGGAAAGAATCAGTCTAGGTTTATAATCTAGCTATTATTTTTGTTAGATTGTCTTTCTGTAATTATTTGTTTTTTTTTTTTTGTTTTTGTTTTTTGTTTTTAAAAACTTGGGTAGAGTTTTCAAATTGAAACTCTTTAGGACAGCCAAAGTTCTTTTTTTCTATCTTTTCCATGGGATCTGAAAATTAGATGTCACTAATGTTGAAACCTTTGCTTTTTTTTTTCTTCTTTCTGCTCATCGTAGTAAAAAAAACTAATTCGTAGTCTTCTGTTGGAATAAATGAAAATGAAAGCAAATTGCCTACTTAGTCTAGTAATGATTCCTAGACTCTCTGAAGTAATGCCGCCCTGCGATGTTGGATTTAATTTTAGTTACAGTGTTTATTTGGCCATAGAAGATGTTTGTTTGCAACATTGTTGGCCTGTGGTGTTTATAAGACCTTCCTTTGTGTTCAGCAAGGGAAAAATGATGTACTTTCTATTTTTACCTCTGATTTTTAGTTAGTTTTATTTTGTTTTACTTTTGAAAGCTTTGGGGTCATCAGGTGTTTATTTCTCATAAATCATGATTTAATGGTCATTGTAGGAAATAGACAAACTAAGTAAGCATTTCTGTCTTGAAGATATTGTAAGCATCTTATACAGAATACTTAGAATCTTCTCTCCCTGCTACCATGAGTAATACATACCAGAGGCTTAAATAAGGCTCAAAAGTCTGGGAATTAGAAAAGTAGACTAGAGATCTGCCGGGTATGGTAGTGCATACTTTTAATCTCAACACTCAGGAACAGGCAGGCAGATCTCTGTGAGTTAGAGGGCAGCATGATTTGCATAATAAGACCCATCCAGGGCTATGCATTGAAATTCCGCCTTTAAAATAAATGTATGTATCACCAATGCTGTTACTGATTATGAGTATCATTATTAGATTCCACATGATATGTCACATAATCGATGATAGATTTCTTATATATATTCTGTTCATGTGTCAAGGAAATAACTATGCTGGACCAAATTCTGAATTTGAAAACAAAATTATGGGAACCTTGTGTAGTTGCTAACATACAGATTATTACATTATTTATTAATACAGCATTAGTACTTAACTATTGCTGGATTTTTGGCCCAAAACATGCTAATTTATTTTATAGGAAATAAAGAAGATAAGATAATAGAAATGGGAAATAATCACTTTATTAGAGAATTAATAAAACTTGTTATTGTTGAGTAGAAATATAGATAAAATAATATTTATAGAAATAATAGTACTAATTCTATGAGACAGTTTCCCATTTGAGAGCCACTATTCCCAGTAGCAACTAAAACGTAATTGTAAAATAAAAGATGGCTGGAATGAATGATGAGATCAGTGGTTTTTTAAAAATGTGAGAAGTGTTAATGTCAGTTATTCCTAAAGTACGATACAGGTTTGATAAACACAGTGGTGATTAGGTTCCGATATTTTGAGGAGTATACATAAACATACATGCATGCGTGCATGCATACATACATACATACATACATACATACATACATACATACTATACATACTTTTAAACGTATATGGAGAAGTTCTGCGGAAAACAATTTGGTTAAACATTGTATAGCTTCATCAGAATATTGTGATACAAGATTAATCAGGCTGATCATGATGTAGAGTAGATAACTCATGAGATATTTTCCCACAATTTGGTGTATTCATGGTAAGAAGAAAAAAACTTTGTATTTAGTGA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Seq C2 exon
GAGTATGGTCATGGCCAACAGCAAAAAACTCAAGAGGGGGAACTGAAAATTAGTGCTGTGTTTTCAGTCAGTGGCAGTCCTCTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000012397:ENSRNOT00000016992:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.667 A=NA C2=0.586
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]