BtaINT0015909 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000009897 | AGPS
Description
Bos taurus alkylglycerone phosphate synthase (AGPS), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001206719]
Coordinates
chr2:19384961-19395609:-
Coord C1 exon
chr2:19395482-19395609
Coord A exon
chr2:19385013-19395481
Coord C2 exon
chr2:19384961-19385012
Length
10469 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAA
5' ss Score
8.59
3' ss Seq
TTTTTTTCTCTTTAAAACAGAGA
3' ss Score
8.02
Exon sequences
Seq C1 exon
GAACTCTTGGTGTGATAACAGAAGCTACAATAAAAATCAGACCAATTCCTGAATACCAAAAGTATGGCTCAGTAGCTTTCCCTAATTTTGAACAAGGAGTAGCCTGTTTAAGAGAAATTGCAAAACAG
Seq A exon
GTAAAAACAAAAACAAAACCCCACCCATATATTATATTTTAAAAATTCTATTGCATAATTGATTTTGCTATGTCACATATAATCTTCATATTTAGTTGTGTTATATTTGTGGTTTTTACCCAGTTCTGTATGGAAAGGTAATGTTGTAAAATCATTCCTTTCAGTTCAGTTGCTATTTCTTTCCGTAATTATACACCTATTTCTTGATTTAAAGAATGCTATTTGATTTTAAGCCAAGGTAAGGTATGTACCTGGGTTGACGGCTTCAAATGAATTCTGCCTTTTATTGAATGTTTTCTCAGGTTATTTTTGGGTAAGATATTTTGTGATTAATTGAAGTAATGTTGCATTTTTCTTAAATTAAGATATTTATTGAAATTAAAATAAATGGCTGAATATCAATGGCCCCCCAAAATAGAAATTAAATATATGTAATCAAACTTCATCAGTTCTTAGAATGTACTGCTACTAGGCCTTACTTGTTTATAATATTACCTAAGCTGTATCTTAAGTAACATAGTATAGTATATAGGAATATAACATATTTAGATATAAGCTAAGAAGAATTCCCACTTTCTCCTTTTTTGAAAAAAGGAATATATTGTCAAGGAATATATTGTTTTGAGTAAATGATGCCAAGTAATCTTATTTCTGTGTTTAGTTATATGTATTATTTTGGAAATTCTTGCATTTCTTTAGATATTTGGTCAATGGTTTGAGCTATAATGATTTGTGAAAAAATTTTATTTCAACATTTCCTAGCAGGGAGAAGGTCCAGCCTCTTCTTGCTTTCTCTGAACTCATAGAATTCTTTAATACTTGCCATCAGCTATACCCACTTGAATTTTGAGTGCAAGGGAGCTCTCTTATGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAGATATAGGTCAGCTTCCTGGTATCCAGAATAGGATGGAGGGAGGATCTGATGAGGAAAAGGAGTGGTATCTGGCAAGTGCTCCATATTCATTGTGGACTTCATAAGGTACTGGACCTTACCTTCCTATCATCCCAAGAGAACCAAACCACTATTAATGTTTTAAAGAAATAAAATAAGTTAAAAAAATGTTATATTTCCCCACATATTTACCATTGCCAGTGTTCTTTTTCCATTCACTCAATCTTGTCTTCTGAGACAGTCGTTCTTAGAATTTCCCACTTTAAAAAGTCCAACTGTGTGATCACCTAATCTAACAGTTGACAAGGGTAATTTTTATAATCCCTGGTAGCTTCAGTTGCTTGTCGTTGGATTTCTTCTTCTCTTCTCAAGATTTAGCCATAGGCTGCTTGATGTTGGTTGTCTTACCCTTAGGTGAAGGGAGAGTTTTAAAAGAAGCGTGTGTAGTCTTGGAGTGAACATTCTTGAACTCGTAGTGGGTTACTTTGGTGATGTTAACGCAGAGGTGAATGTTGTTGAAATGCTTACATAAGAGCTCCTAATTCATTCAGACTTCAAGGATATTATGTTATGGTCAGAGAGCTAAAATATATAAGTATTATGCTATGTTTACTAAAATAATGAGATGGCAATAATCTTTATTATAAGTGAAATTATCGAGTAGAGGAGTGGAAATAAGTTTAAGAATAAATATTTGAGCACGGAGCAGTAAAGTTCTGTGTTCTGATAACTTGTCGCTAAAACCTTCCATCACTTAAAGGCCAAGGCCATCTTTAAATTTAAGATACCCCAGGTATTAAGAAGCAAAAGCAGTGCTTGAAGAGCCTTATGGTTTTTTTGCTTGTGAATTCATACCTAGAAGAATGGGAAACTAGGGGGTTTTTGTTATTCTTTATTTTTAAGAAAATAACCATAAATTCACCATTTAAAATCAAAATCAAATAAAATGTTTTCCATAAATAGATTGTATTTTCTGATTAATTTCAAATCTTCCTTAGTGAGATTTTTTTTTTATTCTAATGTTTTTACTTTGTACTGTAGTTTATTCTTTGCATTAAGTACTTTAATTTATATTCACTTTTCATCTTACTCAAGCTTGACTATATCCCCTCCAAGAAGAGCTTTATTATTAAAGATACAGTCTATATTGTCTCTCTCATTCAGATTTTCAGTGGTATGTTTTTAACTGGCCATTGTTGCCTGTTGCCTCCATTTTTTTTTGGTAAAGTAACTATGGATGCCAAATTAGATTTTTAAAAATAATTATAGAATTTATGAAATTAGTCAAATTTGTTTGTATTTTCAATAAAAGATTTTAATGAGGTTACACTCTATGTTGGCCAGCTCCACCCCTCACAATGTCTCCACTCTGCAGAACACAGATTTAGTAGACTTGATCTTCGGAATAGAAGTAGACGTATTTTATGCTTGAGTGCTCTATTGCTTTTCCATATTACAAATACTCAAATGTAATTCTGTCTTAGGTTTCATTAATGAGAAATGGTGTACAAATTTGTCAAAATCCTGAACTTTTAATTTCACTAAAATTGGAAGTTAATTAAACATAAATAGTTGGTGGAATTTGATGCAGTTTTTGTTACAATTTAATATATTCCTGATAGAAAGTAACAGATAAAAGCCACTTGGGCTAATAAAAGGCAGGTGGTGAGGTTTTTCTTCATCATTGAGTAAGTCAATAAAAATTGCTCTTTAAAAAAAAAAAATTGCTTGGGTATTCACAATATGACCATAATCTAAATTCACTATAGAAAACTGTATTGGAGGTATCTCTCTCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGATAAATAAAGGTAATGGTTGATTGAAATGTTCTTTCCACTCTAAAGTTTTAATAATTTTGTTCTGTATAATTAGTAATAGCAATTTTTAGAGACAAAAGTACTATGTAACTGGAAAGCTTGCCTTACTTGAAACTGATTGAAAAGCCTAGATAGGTATTTCATTCTCAAATATTGCTCTTATGAATGAAACAACGGCTGAGAGTAGTCAATGGGATTTGGAGATATTCCACTATTTGGGGAACCTGCATTTTTACTCTTGTTATACTGCACATATAGAGGGACATTAATATCTATCTGCCTTTCCTGGAAATGAGTAAGTGTATTATGGTTTACACACATTTTATATTAGTTTATAGAGTATGCAAACTGCATGTGTCAAGAATAGTACTGTATGCTGCCCTGCCTTGTAACAGTATTTTCACACAGAAAAAGTGAGAAAATGATCAGGTTTTGGCACTAGTCGTTGTTCAATTTGTGATTGGAAAGTTCAGTTGATAGCAAGAGAACTAAGATCCATTAAAATAGATGGTACATGGTTTACGATTGTGCCAAATTCTTGATTGAATAATGAGTTGGCTGCTTGTAATTCCTCACTGTCATTTCATAGCATTTCCATTTTTGCACTATTTGCAGACTCAAGTTGCATTTGAAATGGGAAACTGTATGTTGGTTGAGTATCTTTTGGAAAGGAGTGGACGTGATTGTTCACAAATAGCCAAGTGCGCTCTGTGTATATTTTTTATCACTATTCTTACTGAAGGAAATGAATTAAGCAACTTTATACTGGCAGCAGCAGGATTCTATTAAGGTCGCTCATCTGATCTTTGTCCATGGGAGGAATTGCCCTCTTGCAGTACTTCAGTGCCTTGTGAGGAGCTAGAAAGGAAGATTTAGTGTAAGATTAATGTGATTCTGCCTCATAAGTGGCAGTCCAGTAGAATCTCCAGCTTTACTCAGTAGATGGGTAAAGTGGCTTTTACGATTTTCTCAGAGAATAGATTTCCTACAGTAGCCTCTCAAGGGGGGAAAGTTGTGTTTTTTAATCAGAATATTAGTGTCATGTGATATTTTTCTGTTTTGTTTTAAAATGACAAGTATCTTTTTACAAGATGTGAAGGGAACACTGAGTGTTGAAACAAGTTCAAAAGCAGTTTTTAAAGTTTGGGATCTTCCCCCCATCCCCTGCCAATAAAAACTTAAGCATACCTCATGATATTGAGAGAGGACCAGTTTGTTTCATTATGAGGAAACATTGTGTATGTGTGCATGGATTAGTACGAATTCCTCCAAAAACTATTTCTCAGTATCAGAACTAGGTTTTTAGAATTACAGATTAAAAGATAGCTTTTTTTTTTTCCTTTTGAGGATGGTGGCATTTTCTACCTGCCATCACTTTTATTTTAAACAATTTTACCCTGATAGTATTTTTTTCTAGTGAATTTATACTGTAATTTCATAAGATATACATCATTCTTTTCTAACACTTCAGACTGTTAAATTCTGAATTGTTCTGTTTTCAACTTGATTTATCCTGTAGGGGTTCAAATAAATTGAAAGGAGTTAGGTTCAGCACTTAACACTGTAAAACATTTAAAGCTTATTTATATTCAGTGATAATTCTTGGAAGATGGTTACATATAGAAAATGAGATTGTTATTTTAAATCGTTTTTTTGATGTCATGTTTTTGTCCTTCTGAAGCAGAGAGAATAACCTAGCAAAATGCTTGGTTAACTGGAGTCTTTATTATGTCATCCAGCAAAATGTATCAAACTTGAGGATAGTTAGGAGACATGCTGTAATCACTTCACTGTTGCTAAACTGCAGATGTAAAGTTACCACCAGGAGACTGTTTGGCATTAACATTTGGCCTTTCCCTTAAGTAACTGGAAGGAGATATCTATCTTGCATTATGTATTTGTTTCATTCTTTAAAACCAAGAGATAATTCTTTTGTTAAAAGAGTTCTTGTTTACAATGTAGACCCCTAGCTGTAAGCCTGTATATCATTTCCAACAGGACTAACCAGTTTACCAGTAGCCTTAAATATTGCATGGTTTCATCTGTGGTGTCAGTTCTGATACATTAGTCAGAGGAAGAAATAATTTTGTCTACATTTTAAGCTTTTATACCTAGGAATTTGTATTTAAGAGAATTCTCTTCTTTATATATCCTTGTTTGAACTTATAAAAATTAACGTATTGATTATGTGCATGCAAAGTCACTTCAGTCGTATCTGACTTTGTGACCTGTGGACTGTAGCCTGCCA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Seq C2 exon
AGATGTGCTCCTGCATCTATTCGCCTAATGGACAACGAGCAGTTTCATTTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000009897:ENSBTAT00000061434:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0291314=FAD-oxidase_C=PU(41.5=62.8)
A:
NA
C2:
PF0291314=FAD-oxidase_C=FE(26.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]