MmuINT0012788 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000042410 | Agps
Description
alkylglycerone phosphate synthase [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2443065]
Coordinates
chr2:75877471-75888167:+
Coord C1 exon
chr2:75877471-75877598
Coord A exon
chr2:75877599-75888115
Coord C2 exon
chr2:75888116-75888167
Length
10517 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAA
5' ss Score
8.59
3' ss Seq
ACCTTCTCTTTCTTAAACAGAGA
3' ss Score
10.15
Exon sequences
Seq C1 exon
GAACTCTTGGTGTAATAACAGAAGCTACAATAAAGATCAGACCAACCCCTGAGTACCAGAAGTACGGTTCGGTGGCTTTCCCTAACTTTGAACAAGGTGTAGCCTGTTTAAGAGAAATTGCAAAGCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
AGATGTGCTCCTGCATCTATCCGCCTCATGGACAACCAGCAGTTCCAGTTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000042410:ENSMUST00000047232:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0291314=FAD-oxidase_C=PU(24.1=62.8)
A:
NA
C2:
PF0291314=FAD-oxidase_C=FE(15.2=100)
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types