HsaINT0005646 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000018510 | AGPS
Description
alkylglycerone phosphate synthase [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:327]
Coordinates
chr2:177482059-177493199:+
Coord C1 exon
chr2:177482059-177482186
Coord A exon
chr2:177482187-177493147
Coord C2 exon
chr2:177493148-177493199
Length
10961 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAA
5' ss Score
8.59
3' ss Seq
TTTTTTTCTTTTTAAAACAGAGA
3' ss Score
7.47
Exon sequences
Seq C1 exon
GAACTCTTGGTGTAATAACAGAAGCTACAATAAAAATCAGACCAGTCCCTGAATACCAAAAGTATGGCTCAGTAGCTTTCCCTAATTTTGAACAAGGAGTAGCCTGTTTAAGAGAAATTGCAAAACAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
AGATGTGCTCCGGCATCTATTCGCCTCATGGACAACAAGCAGTTTCAGTTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000018510:ENST00000264167:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0291314=FAD-oxidase_C=PU(11.2=62.8)
A:
NA
C2:
PF0291314=FAD-oxidase_C=FE(6.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development