RnoINT0015270 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000001547 | Agps
Description
alkylglycerone phosphate synthase [Source:RGD Symbol;Acc:620364]
Coordinates
chr3:62696762-62703827:+
Coord C1 exon
chr3:62696762-62696889
Coord A exon
chr3:62696890-62703798
Coord C2 exon
chr3:62703799-62703827
Length
6909 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAA
5' ss Score
8.59
3' ss Seq
CCTGAGAGCTGGAATTAAAGGCA
3' ss Score
-6.06
Exon sequences
Seq C1 exon
GAACTCTTGGTGTAATAACAGAAGCTACAATAAAAATCAGACCAACTCCTGAATACCAAAAGTATGGTTCAGTGGCTTTCCCTAATTTTGAACAAGGTGTAGCCTGTTTAAGAGAAATTGCAAAGCAG
Seq A exon
GTAAAAACAAAGTAGAAAATACATATGCAATTGTACTTTAAATTCTGCTGTAATTGTGATGCTTCAAGTACTCTTTATATTTAGTTGTGTTATATTTGCAATTTTTTAAAATTAGATTTTACATAGAAAATGACTCCCTAAGCACACTTATTTCATTCAGTAGTTACATTGCTCTCATACCTATCTCCTGTTTGAAGAGGCCCGTGTGATTTGGGCCCCAGGTAAGATACGTGCTTTGATCCTGGCTTGAAATGATTCTGCTTTGTGTTGAATGCTATATTTTAAATTATTTTGGAATAATATACTTTGTGATGAATTGAAATGATATTTAACTTATCTTAAATAAAACATTTATTGAAATTAGAAGTAGCCTCATGTGGTGGTGCACACTTTTTAACCCAGGGCTTGGAAGGCAGAAGCAGGCAGATCTCTGTGAGCTGGCTACACAGTGAGCCCCAGGATAGCCAGGGCTATGTAGATAGACCCTGTCTCAACAAACAAGGACACCGCCACTTAAAAAAAGAAAGAAAGAAAGAAAAAAAGAAACCAGAGGTAGTGACTGAGCATCACTAACCCCCAAATTTAGAAGTTTAAAATGTAGATAAATGTTTTTAATACATAGAGTGCACTGGTAGGTGCTACTTGTTTTTATAATTTTTTTATCTATTGTTTAAGTAATATTTTTTTTACTTAATGTTTTCCAAGACTTTTTTTTTTAATAATTTTATTTCACGTGCATTGGTGTCCGATCCCCTGGATAGTTACAGACAGTTGTTAGCTACCATGTGTGTGCTAGGGATTGAACCCAGGTCCTCTGGAAGAGCAGCCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCATGTCTCCAGCCCCTTATTTGTAATCTTAAAAAAAGAAAAGGAAAAAACAAAAACAAAAATCCCCATCCCTTCTTCATTTTTCCTTTTTCCTTTTTTTTTAAAGGATTAAATCATGCCAAATAATTTTTTTATTTCCTTCTATGTTTTAGTGTGGAAATATCTCACTGTACTCATTGTTTGTCTGCAATAGTTTAGAATAGTTTCCACCCTTCTTAGACGGAGGTTAGGGCAGTGTACTTCTCCTTCTTGCTTTCTCTAAGCACATTGAGTTCCTTAGTACTCTCCATCAGGTACATGAAAGGCGAATCTTTTTCTTTATCCTTTCTTTTTGTTAGAGTCTCACTGAATAGCTTTGGAAAGCCTGGGAATTGCTCTGTAGATCAGTCTGGCTTCAGACTCAAAAGCGATCCATCTGAGTGCTGGGATTAGAGTCTGGACTACACTAGCCCTGGAAGGAAACTCTCTGATGTCACCTGTGTAGGTCAGCTTCCTAGTTAGCACTCAAAGTAGTCTGGGAGGGGACTCTACTAAAGGCAAGGAAACATCTAACCAGTTATCCATATTCGTGTTGGACTCTAAGAGAGTGAAATGCACAGGTATTTGAAGTTTTTGTCTTTTTAATTTAAAGAAAGTAATTGGAAGTTCACTAATAAAGTATAAAGCAAAAATTTAAAATACATGTTAATTTGATTTTGTTTAAACATCTCTCAAAATATAGTTCAGGCTGTATTAAAGACTTAGTCCCTGCTGTCTCTAGGTCATGTTTTGAACATGGTATTTCTAGTTAATCAATATTATTGCATGTGGGTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTTGTTTTATTTTTTAGCAAAAGAAACATGAATGCCAAAGTAGTTTTTTATTTGTTTTTAGTTGGCCATTTATTTATTCATTCATCTATATTTAAAAGAGTAGAAAGTGTTCTGTTACCTGTATCAGGCAGAGAGAACAAAGACGTTCTTTCCAAAGTGGTGGCTCCTTCAACAAAGGAGGCATTTCAGATTTTTTGTTAGCACCAACACTTATGTATGCAGGAACTTTAGAGGTAGGGTTATTTGCATGTGTAGTTTAAGGTCATAGTTCAAGAAGGGAAGATGGATAGATTTAGGGATATCCTTCACTTAAAGGATGAAGCACTTATTGGAAAGGTTAAAATGGTAGATGAGAACATTTGGGCATGATCAGAAAGCTTATGTTTTAAAGATGACAGACAAGAATTCCTCTGGACATGCTTAACCCCTCCCCCCAAGAAAGATTTAGCAGCTCAAAACCAGGGTACCCTTCCTCATTGCCTCTTCTTTCAGCTCAAATCAGATTAAAAAATAGTAATCATAAACATTGAACAAGTATTTTAAATTTGTATATTTTCTTGACAGTAGATCTCAGGGTCATGTTCAGTTGTGTCAGCTACTGCTGTATTTCCTAGTCTCTCCTCAGGTTAGTGAATTCATCAGTAAGGATTGTTAATTGGTCTTTAGAATTCAGGTATACATATTTTATGCTTCCCTGAATGGCCATCCATTTTCCCACATTGCACATACTCACTTAAAAATGCCTTTTCTGGAGCTGGAGAGATGGCTCAGCGGTTGGGAGCACTGACTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAAGTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAGTGAGGTCTGATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTCCTATATAATAAATAAAATATAAAAAAAAATGCCTTTTCTTTCATCATTGAGAAATGATATGTAACTCTATAAAAATCCTGTTCATATTACATTATAGAGCCATTCAGTTTCAATAAGACTAATCATACAGTCTGGTGCAATTTTTATTATAGTTTGATGTTCTCATATTAGAAGGTGACAGAGAAGAGCCTCTTGTGCTTTGAAGAGACTCCTCCTCCTTCCTTGCATAAAGCAGCACAACTTGCCCCTTCACTCAGGTTTAAGAATCTTAGATACTCAACTGATGACTGTAGTGTGATCACTGTACCGAGTATATGTTTGGAATGGAGGGAATAATGATCGATAGTGCCACCATGTGGTTACAGAGCAGATCAGCCAGAAAGTACCTGTCTAGACTGGAGTTTGGAGTAGTTTGTTTACTTAGTAATAAATACTTTTGCAGATAAAATGTATAGACTAGGAAGCTTGTCTTATTTAAAGCCGATTTAAAAGTCTGAGTAGATAATAGTTTATCTCAAACATTGTTCCTCAATGGGTAAGAGTGCAGTTCAGGGGTGTCACATTCTTTGGGGACCCACATTTCATGCCTTATAATGCAAATGTTCAGACATCCTTTGGGCATGGATACAAACAGTTTCTTAATGGTTTAAGAGGTAATTGGCCTTATTGGCTTACTAAACAGAAACCTCATGACAGCAGTAGGTACTGTGTTTGCTCTCCTTCTCTAACAGCATTCTCACATAGAAAGGCTTAAGTCATCATAGGTCGGCACTGTTGCTTAGTTTGAGATTTAGAATTTCAGTTGATAGAGGGGAACTTAAGATTAAAATAGATAGCATATGCTTTATGGTTGTGCCCAGATCTTGATTGAATAATGTGTTGGCCACTTGTAATTTTACACTTTTGTTTTGTTCACTCAAGCTTCTTTCAAAACTGCAAACTGGGTAGTAGATGAGTGTCTTTGGAAAGGAGCATGTGTGCTTGTTCACAGTAGCCAAGTGGGTGCTGTAGGGTTTTGTTAGCTGTTCTTACTGAGAAGGACAAGATAAACAGCCTCGAATGGTAGTGGGGGGCTCCTCAGGTCTCAGGTGGTCTTGTCCACATGAGGAATTGTCCTCTTTTACTACCTTCTGAGGGGCTAGAGAGGAAGAGATAGTGGATGGTTAATGTAGCTCCGTCTCCTAAGAGGCAGGCATTGCAGTCTCCACCTTGGCTCAGTAGATGGATAAGTGAGAGAGCCTTTAGAACTTCTTAGAACAGGTTTCCCACGGCCGCTTAAGACGTGAGGACGCACTGTCAGTGTCAGACACAGCATTTTACTATTCTTGCTAGTCCACAACCAACAGTGATGTTTTTACAGGGTTTGAACAAGCTCAGTAGCATAGACCTGGGTATTTTTTGGGTTGTTTTCGATAAGAATTTAGCATTCTGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGCGGTCAAGAGCACTGACTGCTCTTCCAGCGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACTACATGGTGGCCACAACCTTCTGTAAAGAGATCCGATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACAGTGACAGTGTACTTATATATAATAAATAAATAAATCTTAAAAAAAAAGAGAATTTATGATTCTGTCTTCCATGTTGAAAGAAAGGCATCTCTTGCCATTAGAAGAAAACTGACTAGTATAAATTAGTCAGTTCCTTGAAAACTGCCCCTTTGGATGTCAGAAGTAGGTATTTGGGCACAGCCTGTCTGACAGTGTACTTATATATAATAAATAAATAAATCTTAAAAAAAAAGAGAATTTATGATTCTGTCTTCCATGTTGAAAGAAAGGCATCTCTTGCCATTAGAAGAAAACTGACTAGTATAAATTAGTCAGTTCCTTGAAAACTGCCCCTTTGGATGTCAGAAGTAGGTATTTGGGCACAGCCTGTCTTTCACCAGTCACAAAGGTTGCTCTTTTCTGTTTCTCTCACCTTTGTCCTCAATATTTTAAGTAATTTTAAATTAATAGACATTTCCTTATGTTAATTTAGATCACAGTAGGGAAGAAGTAGTTTGTGAATTCTGTAAATTCTGCAGGAGTTCAGATAAGCTGAAAAATTTAGTTTTGATGTGTACTTTATAAAAACATCTTTTGTATATTCAGCAGTAATTTTTTTGTGTACTTGCTACTTAGAAAATGCAATTGTCGTAAGTTAATATTTTCATATGTGTCATTTTTTCCCTCTCTAAAGAGAGTAACTTTGGTCAGTTACATGAGCTTTTTACAGTCCACTAAAATGAAGGCCATTCACTGTATGGCACACCCTTTGCCAGAAGTTACTTAGAAGTAGATATTAACTGAAAATAAAAGTGAAGTTATGATTTGGATACTTGTTATGATTAGGATACTTGTCTGTTTTTGTGGCTCT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Seq C2 exon
GCATGTGCCACCACCACTACCAGGCTGTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000001547:ENSRNOT00000002111:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0291314=FAD-oxidase_C=PU(14.5=62.8)
A:
NA
C2:
PF0291314=FAD-oxidase_C=FE(3.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]