BtaINT0021370 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000002293 | ARL5A
Description
Bos taurus ADP-ribosylation factor-like 5A (ARL5A), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001046245]
Coordinates
chr2:44468905-44479697:+
Coord C1 exon
chr2:44468905-44469205
Coord A exon
chr2:44469206-44479636
Coord C2 exon
chr2:44479637-44479697
Length
10431 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTGAGG
5' ss Score
7.13
3' ss Seq
AGTTTTTTTTTTTTTTCCAGAGC
3' ss Score
9.19
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGGTTCGTCGCACACAACGCGGCGGCGATGTCCGCGAGCCAGGCGGGAGCCGCGGCGGCAGCGGCGGGGCCTCAAGCACGGCACGGCGGCCTGGGCTTCGGCCTCCCTCCGGTTCCTAAGAAGCGGGCCGACGGCCAGCGCGGCAGCAGCAGCGGCAGAGACGGAGGCTCCGGCGCGTCTCTCTCCTCCCCTTGAGCCTGAGCCGGGGGAGGCCAGGCGGCCCGGGTGGCTGGAGAGGGGTCCGCTGCCCGAGAATGGGAATTCTCTTCACCAGGATATGGAGACTGTTCAATCACCAGG
Seq A exon
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Seq C2 exon
AGCACAAAGTTATCATTGTTGGGCTGGATAATGCAGGGAAAACTACCATCCTTTACCAGTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000002293:ENSBTAT00000002959:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0002516=Arf=PU(6.4=68.8)
A:
NA
C2:
PF0002516=Arf=FE(11.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]