RnoINT0020982 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000006839 | Arl5a
Description
ADP-ribosylation factor like GTPase 5A [Source:RGD Symbol;Acc:621327]
Coordinates
chr3:37939135-37947283:-
Coord C1 exon
chr3:37947198-37947283
Coord A exon
chr3:37939196-37947197
Coord C2 exon
chr3:37939135-37939195
Length
8002 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTGAGG
5' ss Score
7.13
3' ss Seq
TCTGCTGGTTTTTATTTCAGAGC
3' ss Score
9.28
Exon sequences
Seq C1 exon
AGCCTGAGCCCGGGCGGCTGGAGGGCTCCGCTGCCCGAGGATGGGAATTCTCTTCACCCGGATCTGGAGACTGTTCAATCACCAGG
Seq A exon
GTGAGGCTGGGCCGGGCGAGGAGGTCCCGGCCCTTGTCGGGCGGAGGGGGTCGCCTTTGTCTCTCGGGAGCTGGGGAGAGCTTCCTCCCGCCATACACCCATTGCTCCGATTTGATCGCGAGCGCGAAAGGTGTCCTGCTCCACGCCGGGGGCCCAACGCGCGGCCTGGCCTGCCTCCATCCGCGTCGCCGGCCGGCAGTTGTGTTTGGGCCGCACTGACAACAGCTGGGGTTCTAGGGTGAAGACCGAGGGCCCTGGCCCTAGAGGCGCCACCGAGCCCACAGTTTGCAGAATGCGGAAAACTGGAACTAGTGCTGGACTCGTCTGGTTCGCTTCGGGAGGCTCTCTTGGGGGGAGGGGCGGGGAGACCCTCGCTGCGGAATAGTGGTGGGGTCTCTCCTTTGCGCCGTTTGTCTCTGTGGTAAAGGTCAAGCCTAAGGTCGTTTTCCTTCTTGGGTTATTAGAGGGTTTTTTTTGTTGTTGTTGTTGTTTTTTGGTTTTGGCCCTTGTTAAAATGTTTCGCTGAAAGCTTTTAAAAGCCTACCTCGGCTCTCTTTCGTTAGCATTAGGTAACTACCAGGTTACTCTTTAAGTTCGCCCAAAAGCAGACTTTGCCACGGCAGGCATAGGGGATTTATAAAAGAAATTACAGAATTGGGTGTGTGATACTGGAGAGAATATGGTTTTAACAGAACTACATAGTTACTAAAATGAAACGTCGTGCTTTTTTTTTTTTTTTAAGCTCTACTTGCGGTTCATTCCATCTGTCAACCACGTACTGTTTTTCTCTTCTATAAGCTGGTAGCATTGTTGCACCCCACTTTTTCCAGTTAAAACTTAATGAACGGTGGTGCCTACTGTTTAGACGGAGCTGTTTCCTGGTTTGCTCCTCCTCCGGGATAGAGCTGGCTTTATGGAATTACTTGTAATACCTAGTGGGTTATGCTTCTTTAATAATAATTTTTTTAAAAAAATTATACTTTAGATAACGGTACTAAATGAAGTGGAAGGCAATAAAGAGGATTATTTGCACTGTCTGGTCAGCAGAGTTCGAATGACGGGGTAGTGGTCTCCAGTGGCTTCATAATTCCGTGGGTCTACATACTCTTACCTAGCACAGGAGGAATTTGTGGGGATCTACAGTTTTTGAATATTAAAACTCTAGGTTTGAAGTACTAACGATTATATCGTTGTAGAACTGGTGATGTTTATGTGGGTAATAAGTATCTAGTTCTGTTCTATACAATCTGTGAATTTAGTGAAGCTAGTGTTTCAGTTCTGCTTTCCTTTAGAAAGACTTTGTGCTTTAAAGTGTCTCTGGTCCTGTCCTCACTTTCTTGTTTGACTTAATGGCAACTGTTGCTGTAACTTAAAAAGTGAATTAGAACTTTAAAAGAAACTCAGCTAATCGCAAGTGATAGCACGAATACATTGGTATCAGTACAGATCTTATACTCTGCATGTTGTAGTAGTGTTTGCCTGGACATTTACTCCTTGTTTAAAAATTAACAAGAGAATTAATAGAGTTCAGTTTCTAGAAAATTCCCAGTCAGTATAGTGAAACCGTGAAGAAACAGTTTGTTAAATGGTCTTTTCTCAGCACAGTAGCTTCATGGGATTCACTGTGGCAGACACTTGTTGGTATTTTTGGACCTGTGGAGAATGGGACACAGAAATTAGGCGTGTCTTCCATGCTTTGTTTTACAGAAGGTTCAGGACATGTTTCCGTACTCGTCACAGACGTGACGAAAGTGGCTTTGGATAATTGCAGAGTTTGATAGACTGATGAACGCAGAGACATAGCAGCTCTGTCTTCTCAAAAAGCAGCTGCTCAGTTAAAGCCGTGGTGGTGAGCTGCCTACCTAACCGAGGAAACCGGAGGTTATATTTAGGTGAAGCAGATTCTGCAGTGCTCCAACATTATTCTAGATATTGTCATTTATTGACACCGTTAAAAAAAATACTGAGGCTGGGGCTGGGGCTCAGTGGTTCCCACTTCACCACCCCTGTCCGAGAGAAAACAGGATGTGGTGGTGGAGGTCACCTGTGATCCTGTCACTAAGGATGCACATCCTTGGCTACATAGTAAAGTTAAGGATAACCTGAGCTAAGGATTGGGGATTTAGCTCAGTGGTAGAGCACTTGCCTAGCAAGCGCAAGGCCCTGGGTTCAGTCCTCAGCTCCGGGGGAACAAAAAAGGATAACCTGGGCTAACATGAGATTCTGTCTCAAAAAATAAAAAATCTGTAAGTAGTTATTTCCCTGGAAAAGAGGAAGCAGGCTCAAGTGGCTTCTGTCGGTTGAGAAAGAAACAAAGAAATGAGGTGATGCTCGTTGATCTTTTTAAGAAGCCACTGACAACTTTTCTCCCTGTTGACTGAGTTATGTTGTGAATCTTTAGATTAGGTTTGCCATCCATGACTCTGCACCTCTAGAAGAGCCTGTTGTCAGTGTTTGGCTTAAATACCTTTCTAGCTCCTGTTGGGATCTAGGGCAGCAGTTCTCAACCTGTGGGTTTCCATCCCTAAGACCATGGGAAAAAACTGGTTTTTACTCTTCATAACAGTAGCAAAATTCGAGTTATGAAGTAGCAGTAAAGTAACTTTATGGTTGAGGGGAACTATGTTAAAGGCTCTCCGCATTTGGAAGGCTGAGAACCACTGCTCTAGGTGTTGGGAATAAGGCAGAGAATGAAACAGACAAATCTTGCCTTTATGAAACTTTTGTTATAGTCTAAGGCAGAGAAAAGAGAGCAGCCTGTCTCTATAGATGAATTGGCAGCTGGTGAATCTAGTGTGACTTTTGCAACACTGGGCTCCAGCTGTTTCACCTGGGTTGGTTAAACTGCCTCAGTTGTATTACTTCTAGAAATTTCCATTTTACAGATGCACTTAGGGCTTTATTTGAAAATGGCCTGGATGGGGTTGGGGATTTAGCTCAGTGGTAGAGCGCTTGCCTAGCAAGCGCAAGGCCCTGGGTTCGGTCCCCAACTCCGAAAAAAAGAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAGAAAAGAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAATGGCCTGGGATGTTAAACAAGGATCTCTAGTGCCAGCGTGTTCTCACCATACCCTCCCCGCCAACATACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACCTTTATAAAGAATGTGGGTAGGTGAAGGAAGAATCTTTCCAACACCTATGTAGACTGTAAAAGGTGTGGAAATTCCCTGTTGACAGCCTTGCTCCTCCATCTGCTCATTGGTTGTTAGGAAAGGAATCAAGTTATGAATGCGTGCTGGCAAAGCTGCCCCCCTGCTGTGTTGGTCTTGTGTTGGGGAAGCCACCTCGGTTCCTGGTCTTTTTTTCAAGGGAGTTCATCCATACAGGAGAGTACAGCAGGAAGTGACTGGACATTGTACCTTGTCAGGACACTGCCCTGTCTGCATTCTCTCAGTGAGTGCAGAGTGGAGCTTCTGGAGGGACATTGTTCTTGATGACAGTGCACTCTGGACAAGCTGTTTGTAGTGCACGCACCTTTACCCTTAGTACCTAGGTCTTGTGTGGCATAGTGATTACTTTTATCTTCTTACCAGTACCTCGTTCTAATCAGTCTTTGTAAAACTTTCCAACCTCAAACTATTGTGTAATTTCTGCCTCCTAATGGGTTTCTGATTTTCATCTTTGTTTCTCATTTTTTTTCCTCCCCCAGCAATTTCTTAAAAGCAAGTCTTTGTTACTACAGATTTAGGGTGAACAGATGTTTCTGAGCTTTTGATGTTGGGACACAACATGTCATCTACAACATTCATGCTCAGAATTACATGGTCAGTTTTACCAAAAAACAAAAGTAAAAAAAAAAAAACTTCATAGTATTTTAAATAAGTTTATGGCTTTTGTGCTGGGTCTCATCACAGAATTGATATGCCTACCAGACCTAGACTTGGTAAGGCTAAGTGATAATTTGAATATGAGATGTTTGTGTTTTCCAACTTTTTGTGATTCATAGAGATAGAAGGTCTTTAAATGATGGTTACTTTTAATTTTTTTGATGAATTTACCAAGTAGTAGTCAGATAGATATAGACTTAGACAACCAGTGGACTAGTAGGCTGCCTGGGTGTGTCGAAGAAAATGAAGGAGGAAGGAGCCTTGGACAAGAAGTGTTTTTATGACAAACTACTGATTGGTAAGGTAGAGTCCAGGTCAAATTCTGAATCCCAGCAGAGAATGATGGTGGTGTTTGGGCTTTCCTGAGTGCAGAAGTACTGTGGGAAAGGCCTTCTAAATGAAGTCATACAAAACAGCAATTGCAGTGATTCACAAGTGCCAAGGAGTTGAAATGGCCAAAGTCTGATTGACATCTGTCCTCCGTCATCACCTACCTCCTATTATGCTATATTGTATGCTCTGTGGAGTATGTGACTTTGTAAGCACATTGTAAGGAGGAATTCTAACACTGCAGATTTACATTCTCTGTAGAGCGTTGTTATGTCTGGTAATGAGCACAGAGTGCAGAGACCGTAAGGATGTGCGGGAGTTGGTTTAGTACTAGAACGTCTGTGGATGATCTAATTCTACCTTGGGAATACACTGGCTTGTCACTATTGTGGTGGCACCGCACACACACAACTCTGTCTTACTGTTGCAGTCCTCGTTATGACTCAAACGCCCTGCCTTTGATTTAGGAAGCCACCGAAACAGCCATTGATACTGTAAGCGCATTCCCCTCTAGTGGTTGGAGTGAATTCAGTGTGTGGACATGAGGATGTGTGGGGAGGTGATCCACTGGATTACAGACTCTTCTCTACATTGAACTTTGTGTGTCCACTTAACACAGACACCCACACCCAGCCTGTGGCTCTTTGGAGAGGTTTTTTGCACATGCTTGATTTACATTTCTTCTCCTTCTTCTTCGTCGTCGTCGTCTTCTTCTTCTTCTCCTTCTTCTCCTTCTCCTTCTCCTCCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTCTTTCTTGAAATGTCATGATAGCCTTTTATGGTACAATAGCTTACATTCCCTCTGTTTATATTTTTAGTAGTCTCAGTTGGGGTATGTATTTATGTATTTGGTGGTGGTGTAGGACTTGGTTAATTTTGTAAAGTTAAGCACAAGAGCAGTGTCACCAGATTGGAGAATGGTGCTAGCAAAATTAAGTGGAAAGTCGGTGGGGTAATCTGGAGACTAGGTCCATTGACCAGCTGTCTGGGTTTAGTGTGCAGCCAAGAAAGGAATTAGGCGTTTAGGATTAAGACACTTACCCTTTGCCACAGTCATCCCTTCTCACCTTGTCCCCAGTGATGTAACCTCCATTTTCCTATCTGCTTTACCAGCAGGGGCATAGAAGGACATGTGGCCTTCAAGGCTTCTAACTTCCGGTGTCCCAGCACCTTCTTACCTTTCCTGCTCACCTGTTAGGACTTCCCTCATTCCCAGTCTTGTGGAACATAACATGGTTCTCTTGGGGAGCTAAATCTTTTATCTAGCTGTCTGTTTTTCCATTTTGAGTAGTTAAAAACTTTACATTGTGCCTCCAGGTACAGGGTCATACATTGTATCATCCACCATACACTCCCACCCCTGGATTTTGTTGTTGGGTTTTTTCTAGACACTCTATCCTTTCTTTAGCTTGTATCCTGAGAAAATGAAATTTTTGTGATGTGAGCCTCTTCCCCTCTGCCTTACTTTAGCATCTGTTGCTTTGATAGTGGTTCTGCTCAGGATGCTTGCTTGTCCTGCTCAGCATGTGGCCAGGTGCGACCTCCCTCCCCCACCCCCCTCTCACCCCCCTACGCTTTCTTAGGTATTTTTGATGTAGATAATCCTTTCTGGGAGCTAAAAAAAAGTAGTGTTTTAGAATCAGAACATAAGTCCTTGAAGGCCTCACTAAAGATCACAAAACAAAAGCAAAGAACCGAAACTTGTGTCCAAACTATAGGATGGGGTTTAACGGGGAAAGGTATTGTTTTAGAAACCAGGTAGGTTTCCTGCCAGTGTCTCCTCTTATTCAGTGTATGTTTAGAAACTCAATTTAGAATGTCATTGGAAAGACAGTTTTTTTTAAAACAATTATCACGCGGGGTCATACCCTGTTTAACAGAAAGCTGTGTTCATTTCAGCTGCCTTTTCCCTGCTGACCAAGATGGTTCCAAGGGACCCTCTTTAAAACTCAGATTCATCTTGTGAGGCGAAAGGATTTATCACCACTGAGAACTTTTACCATGGTGTACCTCAGGCTCTGGAAGCAAGAATGACAAAGCATTTGAGAAGCAATAGCACTGCGACATTGCCTGCTCATAACGTCCGGATGTGATTAAGGGCTGTGCAAACAGATAACGTGTTGTCATCTGTAGACACATTGTTCACACACACATCCGTGCTTAAGTCATTGCTTATGTCATTTCACATAGACTCTTGTATTTTTTATTACTTTTGGACGGGTCCTGTTTAGTCTGTAAAGTTTCAAGAACACCATTCCTTTCATTGATGATTATAAATGTGTTTTGTTTCTGAGCACTAGAAGTTTTCCTAAATTTTGACGGGTAGCTAATCATGAGGGTGGTACAAAATGTACTCCTTCAAGTTAGAATTAAGCTGGTATTTAAGAAATACCAGCTAGCTAGCTTGTTTTAAAACTGAGCCTCACTCTGCAATGTTTGCTGTGTAAACTGTGCTAGCCTGGAACTCACCTGCCTCTGCCTCTGCAGTGGTGTGATTAAAGAAGTGTGCCATCACATCCAGTCCAAGGAGGCTTTAACTTAAAATGAGTGTTCAACTAGGAAATTTTCTTTTTGCTTTAATACATGTGTAGATGCTTGTATTAACAGAACAGAAGATAGCATACACCAGCAAATAGGGAATGCTTACATTTGCAAGTAAAATTAGAAAGTTCCACTTGTGCTAGTTAGAAACTTATCTGGAAGAAAGGCTTCCTAGCTGAACTCAGTTACCTGGTCCTGATGCAGATGTGGCCCCACCGTGAAGTACACTCATGGTCATGAAGCCTGTTGGAATCCCACATTACTCAAGAGTTTTCTGATTTTAATTCAGCCATAAAATATACTTTCCTCTGATGAGATTGGTCATTGTTGACTTACTATAATAACACTAAAAATAAATATAATATGTAATTATATATTAATATATACATATGTGTGTGTATATCTGTGTATATATCTATAATGCAGCTGTTAGGTTGGTAGTGAATGTAGCTTGTAAGTGTTAAGCCTGGGTTAGGGAGCCTATACTCAGCCAGTTGAGTTTGTTTTGTGTTTTGAAATAGTGTCTTACCACATTGCCTGGTCCAGCCTGGTGCCTGGAACTTGGGATCTTCCTGTTCACCACTCAAGTGTCTGGAACCTCAGCCGTGGCCACCATTCCTAGCTTGTCAAGCTCCTTCAAAATATATGTCTTTATTGTACTTGCTGGTGTTCTTCTGTGGTACTCATTTTTATGTGTAACTCTCTCTGAGGTTGTGGACTCAGGGGTAGTAGCAGGATTGAGTTTGCAGACTCATGAGATATAAATTTACTGTTACCCATGGAACAAACTCTTCTTTTTCTCCTTCCTGTTCACGTTTCACGTGGACATGCCCAAGGGAAGCCTGCACTTCCACACTCTGAATTCAGTAGCTCAGATCATTTGTAATGGTTGTGACCATATTTGGGGGTCCTTCGCTGAGTGTAGACTTCCTTAGGCCTAGAAAAAGAGGGTGCTTCCGACTGCCTGGAGAGACTGTTGGAAAGATGAGAGTTGTCCATGTAGAATAACAGCACGCTCCTTGCTTGTTGAAGTATTCTTTTGAGTTCTTAGAAGGCTAAAGAGTGCTAATTGCTGACTTATACAGAGTAAAGTATGGGATCTGTGTGTGTGTTGTAAGTCTCTGCTGGTTTTTATTTCAG
Seq C2 exon
AGCACAAAGTTATTATTGTTGGGCTGGACAATGCCGGGAAGACTACCATCCTTTACCAGTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000006839:ENSRNOT00000009181:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0002516=Arf=PU(6.4=68.8)
A:
NA
C2:
PF0002516=Arf=FE(11.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]