HsaINT0012409 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000162980 | ARL5A
Description
ADP-ribosylation factor-like 5A [Source:HGNC Symbol;Acc:696]
Coordinates
chr2:152671653-152685009:-
Coord C1 exon
chr2:152684645-152685009
Coord A exon
chr2:152671714-152684644
Coord C2 exon
chr2:152671653-152671713
Length
12931 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTGAGG
5' ss Score
7.13
3' ss Seq
TGGTGTTTTCTCTATTTCAGAGC
3' ss Score
11.38
Exon sequences
Seq C1 exon
CCCGCCCGCGTGGTCGTCGCCACCGCAGCCGCCCGAGAGGAGCTGGGGGAGGACGGTGGCCCGCGAGGCTCGTCGCAGACAACGCGGCGGCGATGTCCGCGAGCCAGGCGAGTGCCGCGGCGGCAGCGGCGGGGCCTTGCGCGCGGCAGGGCGGCCTGGGCTTCGGCCTCCCTCCGGTTCCCTGGAAGCGGGCCCGCGACCAGCGCGGGAGCAGCAGCAGAGGCGGAGGCTCCAGCGCGTCTCTCTCCTCCCCCTCAGCCTGAGCCGGGGGAAGCCAGGCGGCCCGGGTGTCTGGAGGGGGGGGGTCCGCTGCCCGAGAATGGGAATTCTCTTCACTAGAATATGGAGACTGTTCAATCACCAGG
Seq A exon
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Seq C2 exon
AGCACAAAGTTATCATTGTTGGGCTGGATAATGCAGGGAAAACTACCATTCTTTACCAATT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000162980-ARL5A:NM_012097:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0002516=Arf=PU(6.4=68.8)
A:
NA
C2:
PF0002516=Arf=FE(11.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)