BtaINT0034804 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000001182 | CDC10
Description
Bos taurus septin 7 (SEPT7), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001001168]
Coordinates
chr4:61619377-61624073:-
Coord C1 exon
chr4:61623948-61624073
Coord A exon
chr4:61619513-61623947
Coord C2 exon
chr4:61619377-61619512
Length
4435 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAAGTAAGT
5' ss Score
8.07
3' ss Seq
ATCTTTAATGTTCATAATAGGAG
3' ss Score
5.75
Exon sequences
Seq C1 exon
AACACATATGCAGGACTTGAAAGATGTCACTAATAATGTACACTATGAGAACTACCGGAGCAGAAAACTGGCAGCTGTGACTTATAATGGAGTTGATAATAACAAGAATAAAGGGCAACTTACTAA
Seq A exon
GTAAGTATATATCAATTCCTGCCATGAATGGCATTATTTATTTAGTAAAAAATCATATTATTTCGTTGCCATCAAATTCCTCTTGGCTACTCAATAGAAAATTGGAATAGTGTTCTTTATGGGCTTCCCTAGTGGCTCAGATGATAAAGAATCTGCCTGCAATGCAGGAGTCCCAGGTTTGATCCCTGTGTTGGGAAGGTCCCCTGGAGAAGGGAATGGCTACCCACTCCAGTATTCTTGTCTGGAGAATTCCATAGAGGAGCCTGGTGAGCTACAGTCCGTGGGTCACAAGGAGTCGGATATAACCGAGTGACTAACACTTTTACTTTTTCATACATTATTTTTTTTTAGACATAATGCTATTGCACATCTAATAAAGTATAGTATAAACATAACTTACATGCCCTGGGAAGCCAAAAAACTTGTGTGATTCACTCTATTTCTGTATTTGTTTTGCTTTATTGAGATGGTTAAGTTGTGGTTACCTTTTTCCCATATGTTAATTTTATTTTTGTTTTCTATAGCCTTCTCCATCTGTATCAATAACTGAATTCATAGAAATGGCTGAAAATACAGGTTTCCAAAGGGTAATCCTCATAACTCCTTTGGTACATGACAAAGTTTTCATTGATCTAAAGATACATAAAGACAGTTTTCTGAAATCCCCTCCCCTTTTTTTTTAAATTACATCTTTTATTCATGTGTCCTTTCATGAAAATATGATGATGGTATTGTTTTATTTATGTTTAGTTTTAACACTCTCACTTGGCAAAATAAAATGTTAGTAACTATTGTTTCCCAAAATGTTTGGAAACTTTTGTTGCTCTTTGAAATCCTTAATTTAACTGAAATTCTGTTGGATAATGCTGTATGAAAATTGCTACATGTTTATATACATAGTGACCTGCCAAACCACCAAACTAAGAAGCAAAAGTATGTAAATGTACTTGCTTAATGAGTTCTTCAGGAAAGACCACATATAATTTAAATGAAATTTGGTTCTTTTCGTTTGCTCAAAATGTAATACATTTGAGCATTTATACGTTTATACAACCAAAATGTAGGTTGTATAACACAACCACAGTAGGGTCTTAGGTCAGCCTTAAATGTGGTCCTTGCTGTGATTCTGTTATTGGTCACATGAAAAGGGTAAGTCATTTATCAGGATCTCCTTGAAAAGATCCCTAAAAGAAGCTAAGTTGCATCTTTGAGGATTTAATATGATGTTCAGGTTATGTTGGCCTGTTTTTTTAAAAATCTTTTACCGGGTCTTTTTATTTTTTTGATTGAGTTACATTGAATTTCTCTAACAAGTTTAAGTTTATAAGCTTTAGCTGGTTTATGTGTGTCAACAAGCATTTTCATTAAAAAGTGGGCAGACAATGAAATAATTTAAATGGTTTTTCTAGCTATCTAATGAAGTTTCATTTGAAAAAAAGTGATGACAAAAAGTTATCCTTTTTCCTGTTTTCTGCATTATAAACACATTTTTGTATTACGGTTTTCTAAATAGCACTTTAATAAAGATGACTAGATTGAGATGCTAATTAATTTAACAATTAGATTTACAAAATCATTTTGACTGGTAAGAGTCTTCAAAAAATTAATTTTTTATATGTGTGACTATTTTCTTATAACACTGAAATATCACTCTTAGTTAGAGGCAAGTATTTTTACAAGGTTGAAAGACAAAGTACAAAGTACCTCAAGTGTGAAATATTGAACATCTTTTTAAAAGTATGCATATGTAAATAGGTTTAGAAATTTGAGCAGACTGTCAGAAGATAGTTGCATAGCATATTTACTTTGATAATGATTTGGTATAGGGATTAGTAACAGAATTTGGAAAAGAAATTAACTATCTTCAACAAATTTGGCCATAAACTTTTGTTTTAGGAACATGAAAGTGAAAGTTGCTCAGTTGTGACCGACTCTTTGCGACCCCACAGACTATAGTCCATGGAATTCTCCAGGCCACAGTCCTGGAGTGGGTAGGATCCTTTCCCTTTCCCTTCTCCAGGGGATCATCCCAACCCGGGGATTGAACCCAGGTCTCCTGCATTGCAGGTGGATTCTTTACCAGCTGAGCCCCTTAATTGTAAAATCTGTGGATTTGCTTTTAATTGCTGTTTTTATTGTGGTTTACTGTAAGTGCGTTTTGTTGATGTTTAGTCACTTAAGTTATGTCCCACTTCTGTGACCACATGGACTGTAGCCCTCCAGGCTCTTCTGTCCATGAGATTTCCCAGGCAAGAATACTGGAGAGGGTTACCTTTTTCTTCTCCATTTATGTGTGCTAATAAGTCTCTGTATTTTTTGTTCTTTTAGATATGGCACACTTGAAGACATTTCATTTGTTTTTCCAAAGACATAAGCAGTTTTAGTATGTAAAGATTTTTAATATTTAAAAACAAATTTTAAAACATCAAAGCTCTACAGTCTTCTGTTTTCCTCCAAGAGTTATTTAAATGATAATTTAGGTGACAGTGTTCCACTCTTAGTAAGGTGGTAGGTAGCCTTTTCATGTGCAAAGTATACTACAAATTCTTTACATTTATATGGATTGGCTTATTCCTCCCAAGGATGAAATTAAAGAGTATTATATAGATAGGTTATTATTAGTGAGAATATATATTTAACTTTAAAATCACAATTCCATCTGAATTTTAATTTTTTAAAATTTTAGTGTTTACTTATAATTTATTTAATGTTTACAATATATTTTCAAGTTGCAACAGTGTTGTTGGGTAGTCTTAAGTTGCTTAACATATTCAGTTATTTAAGATGGCCAATTCAAAAATCGTTTTTATGAGTATTTTTTTCCTAGAGCCTAAAAGTGTTTTGGAGAATGGCAGAAGTGAGTTTTATAGAAATCAAACAAAAGCTTTGATCCCTATTACTAGAAAAAATGCTTGTATGAACACACAACACACACACACACGTTTGTTGTATGATTTCAGGACATTGATTGACACTCTGCCCAAGAGATCTGAGGCACCTATATTAAAAATACCTGCCATAAATATATCAGCTTTTAGTGAAATAATGGTATTTACACTTTAAAATTTGTTCCAGTTTACCTGGCTTTTTGAATGTTGATTCTCCTAAGTTAATGTTTGGTTTATTTTCGTTTTCAGAACTTCTGATTAATTGTTTAATTATTAAAACATACTGCAGGTTTGTTATTTTGATGAAGAAATATCCTTTAGTTAAGTAACATTTTGTTCTAACTTACACTAATTGCAAAAACAAATCCTCTTGGTCACAATGGTACATCACATTTTTGTCTTTCCTTTTTGCTAAGAAAAATCAGTAAGGCAGTGTTCTTTCTGTCCTGTTGTTCATTTAATACATTCCATCTTGGTCTCTTGTTCTCCTCCTTGATAGGGAAGAATAGTGCTATGATGGTCAGAAATATTCAGCCTCATAAGGAGAGAAGTCACCATAATCAGAGTGTGTCAAATCAAGATTAAAGTGACTAGCCTTGAAGTTATAGATGAAATACAAAGCCTGATTTTGTTTTTAAGCCACAATTTAACTTTTTTAACCACTTTATTCATTTAGGTTTGCAATTAAATGGTCAAAGTTTGTTTTTTTGGAAGCACAATATATGTGTTTTATCAACAAAGTCAGAAAAGGAAGGGCCTGCCTCTTTTAAGCTGTCCCAGTGTATTGGAATAGGTTTTTAGAGATCCTGAAGGCTACAGAGCCCACTTTTCTCTCTTCTCTGGGACTGTAGTAGGTTGCTGCTACTTTGCCATTCTCTTTTCTCTAAAAGTATACTAGCTTTCACATAAAGCATATTTGTAGTATTTTTCAACATAAAATTTTGGAAAACATTGTGCAGAGATTTGAGTCTGTGGACTTTAATAGAGTGAACTACTTTTTAATGTCTGTTTTCTGGCATTTCAGAAATGTCAGGATATCATTTGCTTCTGATGCTCTCTTTTTCTGCCTCCCTTCCTCCTCCTCCATTAACTCAATACCATTTTTTCATATTAAAATTTTGTTTAAAAATTAATTTTCTTCTAGTTTTTCTTTTTGAGAATGTATTTAGGAAATGTGTCTTTTCCATTTTCCTTATACAGTCTGTTTTATGTGTTTTCTTTAGATTTGATATGCATTAGGTTTGGGGAGACTTCAGGTTATGAAACTTCATGGAAGGAAGTTCTAGATTGTAAATATTTATTCATTTTAAAAGTTTCTGAAGAATTTTTTCATATGTTCATACATAAAACTTCAAATCTGTGTTCTATGTTATTTAAGGTGGTGTCAGAATAATTAAAAGCTTCTTTTGAAGCTTGTTTTCAAAAAACAGAAAGCAGAGAATTTAGTAATGGCATACAGCAGCTCATTTGTTTTCATCACTTTCAGAGTTTTATATTACACTTTTCATTTTTAGACATTTAATGATTATCTTTAATGTTCATAATAG
Seq C2 exon
GAGCCCTCTTGCACAAATGGAAGAAGAAAGAAGGGAACATGTAGCTAAAATGAAGAAGATGGAGATGGAGATGGAACAGGTGTTTGAGATGAAGGTCAAAGAAAAAGTTCAAAAACTGAAGGACTCTGAAGCTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000001182:ENSBTAT00000046363:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.465 A=NA C2=0.652
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0073513=Septin=PD(11.6=74.4)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]