GgaINT0090707 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000012138 | F1NIP9_CHICK
Description
NA
Coordinates
chr2:46960103-46967512:-
Coord C1 exon
chr2:46967387-46967512
Coord A exon
chr2:46960239-46967386
Coord C2 exon
chr2:46960103-46960238
Length
7148 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTAAGT
5' ss Score
9.72
3' ss Seq
TTCTTCTGTATTTATGGCAGGAG
3' ss Score
7.05
Exon sequences
Seq C1 exon
AACTCATATGCAGGACCTGAAGGATGTCACTAACAATGTACATTATGAGAACTACAGAAGCAGAAAACTGGCAGCTGTTACATACAACGGTGTTGACAACAATAAAAATAAAGGGCAGCTAACAAA
Seq A exon
GTAAGTTCTTGTTACAGGTGTATTGCTCTTTAATCTGTTTGCTCTTTTTTGTTGCTGTTATTGGTTTTATTGTGGGAGTTTTTTATTTTGCTTCTTTTATTCTTCAACCAGTTACTTCTTAGTTGCGTCCTGGTCTGAACACTGTGCACTTCTGGCTTACTCATCATCTGGTTTTGTTTTGATCACGAAGATCTGTACTAGTCTAACTGAATAGGTTAAAAAACATGAGTTTTAGTTGGAATTAGCTCTGAAGAGGAAACATTTTCACTGTTTCTGTTCGTAAGTTATGTGTCACTGGTGTGTAATTGAAAGTTTTACTGCCTTACTGTTTCTGTTTTTGAATATATACTACGTTGGGCATTATTGGCTCTTAGGAATGCTGAATCGTCAATATGGGGAATGCTTCTGAGAGAAGAGTGGGTTAATACTTTGTTTAGAAACTTCAATATAAAAATCGTTGTCTTTGACATTCGATGACACTGTTGTTTTTATTGAATGACAGCCCTGGCTGCTTCTAGGGGTGCTTATGGTGACAGTGAAATTATTGCAACATCTTTATCTTTTGTGGAAGTAAAGTTGCAGTGCAGGTGGTGGTGGCTGTTGCTTTCTAACCCTTGTAAGTCATCTTGATAGCCTCTGACAGCAAGTTGTTTGCCAACCTGATGAAATCGTTCGAAGATATAAAAGCAAGCTTTCTTGTATTCTTCATGTACGATGCTATTTAAAAATAGCCACATTTTTAAGTATAAGCACTTTCTCAGTTCTACATGAATCAGCAATAATTAATGATTAAATTATTACTAATTAGTGATGCTCTTCTTTCCTGTGATGTATTTAGATATAAATTTCTCAACCAAATTACAGGATGCTCTTCTGTTCGGCCCGTGATATGCTAAATTACAGCTGTTTTTCCTGGAAGGAAAAAAGAAAAGCTACCCACCATTAACATGGAGATAGCTGTTATTTTCATCTGTGTGAACACTACAAAGCAATTCTTTCAGTAAAACGCTTTCTACTTGACAGTATCTTCATGCTTTGAAAGTTACTGTGAGAAAGATTTAAGTGGGCACAGTGTAGTTGCATGTAGAATGACAGAATGTGAGGCTTCCTTGCTTAGCCTTAACAGAAATAGGATGGAATATGTCAGTTAAATCAACTCTCCAAAAAAAGTACTGAAATTCGGGTCAAGTTGGTAGTGAAGTCAAATCTTAGAATAGTCTGTAACCCAGTGATAACTTCTCACTGCCATCTTAGTACTGATTTGCAGCTCAAAGCTCCTGGAGACGTGTAGCCAAGTGTGTTAGAGTTTTCTCAAGCTATTCATAGCAGTGCAGTGTTAGGGCTGAGAGGGGAGGAGCTCTCTGAACTAAAATTACTAAATGAGGTAGTCATTGTGGAAAAAAATTGGGGCGGATGTAAGGCAGCATTGCACATTTGAGAGCAAAGTAGCGCTGCAGGGAAGGAAGCACACTTGAGTGCAAGAACTGCAGCTTACTTTCTCTTTGCTGAGGTGATAACGTGTTAATGACAATACAGAATGAGAAATTCTTTGTTTCCTCAGGATCTATCAAACTTGCTGTTATTACATTTTTTTTTTCTGCTTGCTATCCCTGTACTGAAAAGGGAAACATCTTCGATTGCAGTTTTGGATATCAGAGAAAATTGTTTTGATGTTCTTATTTGTATGGTGTTTAATAGCATTTTGTCTCCTTTTCCCAATCTCAGTAGCTTGTTTAGATTTAGAAAAATCTTGGCTTTGGTAAGAATGTTTACCATTTCTTGTGTTTGGGGCCTGCTTGTATTTTTGTTAGTCTGTACCTATGAACTTCATCTGTTGCTCATATCTGAGGTACTGTGTGTTTAAAAAAAGAAAGTTTTTTATTCCCAGACTGTGAACGTGAGATGCATTTCTGCATGAATACTTATCCCAAACAATTTCAAAACTATTTGCATCATCCATCTTTGCCAACCAGTTACTGAGGTCATCACTGTACCTTTTTTTCCATTGGTGCTTATGCTCCAAATATCTGGAACTGCTCTGCTTTCAGAAGCATGCTTTAGCTTGGAGAAGAGAAGGCTCTGGGGAGACCTCATTGTGGCCTTCCAGTACTTGAAAGGAGCATATAAACAGGAGGGGGAATGGCTGTTTACGAGGGTGGACAGTGATAGGGCAAGGGGGAATGGCTTTAAACTGGGACAGGGGAGGTTTAGGTTGGATATTAGGAAGAAGCTTTTCACACAGAGGGTGGTGACACACTGGAACAGGCTGCCCAAGGAGGTTGTGGATGCCTCATCCCTGGAGGCATTCAAGGCCAGGCTGGATGTGGCTCTGGGCAGCCTGGTCTGGTGGTTGGTGACCCTGCACATAGCAGGGGGGTTGAAACTCGATGATCATTGTGGTCCTTTTCAACCCAGGCCATTTGGTGATTCTATGATTAGTTGCTGTCTCGATCACTGTGCTGTCCCACCAAAATGTTTATAGTTAAAAATGCCTTTTGAAACCAGTTTTCTCACTGGGAGCACTGTGGCACTGAATCTCTGAAGTGAACAAATACAACTGGCACATGTAGCCATTGGGTTTAGGTTTTTTCTTTTCCTTCAGTAAATAATTTATCAGTTTGATTCATCCATCTGAAAGACAGCAAAGTCTGTTGCAAACCTGTAACAGGTATTTTGAACCTTTCAGTAGAAATTTTCTTCAAACTCTGGGTGACTTTTTAATTTAAAAGTATCATGAGTGCACATAGTGGTTATGAAGCAGCTGATGCAATTCTCCTCGTGCTGCCTTATCCATATGTTTAGTTACCAGCCTTTGGTTTTTTTTTTTTGAGCTTTAATGTGCTTCTTTTGGCTTTGATGTGTTTTCGTACATTTGAATCTATGATAGTTGATACAGCATGAAGAAAACTTTCCTAGTAACCATGTGTGTCTTCCTGGAAATTAATTACAAGGAGGAAGAGCAAATATTAATGCTTTATCTGTGCATCCCTGAGGAATGCTGTTTGCTTGCTTTTTGAAAGAACTGTCTGCCTCAAAATGGAGTAATATTTAACTTGCTCTCTGGAAATCTGATTCTTTAATGGGAGACAGATCCTGTGTCTCTATCTGAGGATGGAGACTGGCTCTGCTGCTGTCTGGCTGTATTACAAGCATCCTGTTAAACACAGATACAAACTCTGGCTCTGGAAACTCCCATGCTGCTGTCCTTTTTGTAAACTGTGAGAGTATATGTAAGAGATGGTGTGAGCTGTGGTGCCTGGACTTCTCCAAAAGCATCTCCTCCTGGCAGCTGGTGAAGACTGGATTGACCTTTTCACCTTAGAAATAGATTAAGAGCTTAAGAGATCTTTATTTTTCATGCAACCGTTAACTATTCTTTTTAAACAAAAGTACAGATGTGAAAATGAGTGAAGTACACCGTTTGAGTTTTAGCAGTGTTGTGTGGATGACTTGAAGCAACACATTCCATGCAGTTTTCTTTTACTTCTTTCCTTTGCTTTGATGAAACTGTAATCAACTGTTTTACAGGCGACACATTGACCTAAGAGCAGTCTGAAGCATGCACATGATGATGTTACCTTTTTGTATTTAGTGTCTGATTTCTTCAAATTGTTGAGATAAATCTGTCTTAATTAAAAAAAACAATCATCAAGGGTAATCTTCAGGTATATAAATAACTTAATACTCTGCAGTAATTGTACATGAGCACTCTATGTGCCACGTGCTGAAATTTGCCTTTGCTCTGAAATTTACAGTTCTCAGTTGGATGAATCTTTACAGTTTGCTATATGAGGTTGATACTTTCAGTGGGTTTAAAGTCATGTTGTACACTGTAAAGATGATCCTTATCTGGTTACTCCTCTGTTCAATCAACTGGCACATTGGGTCACAAAATACACAATGCACAGATTCTTCTAACTGCCTAGCTTAGATGACTACTAACTCCTTTGACCATATTCTGAATATTTTGATAGCCTTATTGAAACACTAAGATTCTCTGCTTCCTTTTCACCAGAGAGAAGGAAAGGTAGGGTGAAGCATCATGCTGGGAGGAAGTAACAGCAGCAGTGAAGCAGAGCTGAGCACAACCTCCTGTGAGACCTCTGCTGGCCATTGACTGAAGTGCTCTTTTTGCAGCACAGGAACATTAGAGTTTGATTTTAATACCTTTACTAGATGACAATCTTTTAACGAGTATATAAGCCTCAATATGGCTTTGGGTTCATAGAGCTTGTTTAGAGCAAGTGGTTATTCATATCACTAAAACATTTAAAATTGCTTTAAAAGCATTACGTATTGTAGGTAAACTATTCCTGAAAATATCTGCACATCAAATCTGCATTAATATTGACGTGGTATAGTGACTTACTAACTGAATTTTAAATATAATAAGCTTTAACTAACACTTTCCTTTCAGTGTGAAAAATTTGCTTTTGTGGGAGCACATAATTAGCTTTAGGAATCTATTAATAATGAATTTACTTTTTAAATTACTGCTTTTTGGTTTTGTGTTTTTATTTAAATATTATTAGCATGCTAAGCTAAGCCTCTGTATTTTTTGTTTTTTAGATTTGACACAGTTGAAGGCATGTAAGTGGTCATTTAAATTTTTCCAAAAAAATTTAGACAAAAATTCTTTAAACACAAAAAGGATTTTACTGTTTAATGGTTCAAATTTAAAGCAGTTTTCTGTTGTCCAACTCTTGGCACTGTTTTTCTCCCTAGCTGTTTTTTGTTGTTCTAAAGCTATGCTAATATAAACTTTAAGAAGTTATAAATATTTTCAGTGACAAATATCTCTGTAAAGCTCTTTCTCTTTAGAAACTTCTTGGCTAAGCCTCAAAACAAATATGGTCAAATTTTAATGAGTAGAGGGCTGTTTCAGCTCATAAATTATGAAATTCTTCCAGTTTCCATCTAAAGATCCATCTTATTAATATAGATGCTAATAAAGAATGAGTGGAATTTTCATACTTAACTATAAATTTACCCATCTTCAT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Seq C2 exon
GAGCCCGCTGGCACAGATGGAGGAGGAGAGGAGAGAGCATGTAGCCAAAATGAAAAAAATGGAGATGGAAATGGAACAGGTGTTTGAGATGAAAGTTAAAGAAAAAGTACAGAAACTGAAGGACTCTGAAGCTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000012138:ENSGALT00000019830:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.442 A=NA C2=0.652
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0073513=Septin=PD(11.6=74.4)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]