DreINT0133100 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000052673 | sept7b
Description
septin 7b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-37]
Coordinates
chr16:47459089-47464556:-
Coord C1 exon
chr16:47464431-47464556
Coord A exon
chr16:47459225-47464430
Coord C2 exon
chr16:47459089-47459224
Length
5206 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAAGTAAGT
5' ss Score
10.08
3' ss Seq
ACGGCTTGTGTCGCCTCCAGGAG
3' ss Score
9.45
Exon sequences
Seq C1 exon
AACTCACATGCAGGACCTCAAGGACGTAACAAATAATGTCCACTATGAAAACTACCGAAGCAGGAAGCTGGCGGCCGTCACCTGTAACGGCATCGACAACAACAAAGCCAAAGGCCAGCTCACCAA
Seq A exon
GTAAGTGGCATTGAGCAACATTGTATTAAAGTATTGAACCATTTCAAATGTCGGAGCTAAAAATGACCTCATTTGCATTCAGAAAGATATTTGCCTGTGTGGTTTTAGTGTGTTTATATATATCATAAGTGTGTGCGGAAATGACTTGGAATGACATAAGATCACATTCTTCTCTGACAAACAGGGTTCGTTGTGTAAAAATAAGTGAATGTAAATTACTACACTCAAAGCAAAATTATATTCCTGACAAGCGTCATCACAATACTTTAGTGTAGCTTTTCCTATATTTGATTATTATATTAGCGTTTATACTTCTAAATATTTGAAATGGCGTCCTACACCTGAAACAAAGCAAAAACAACACAGTCCTATTAACCTTAATGTTGAATATATTTGCATGCTGTAAACGTCAGTAGAGATTTTAATTGAGAGATTCAGTTTCTTCTTTCTTTTTGACATTTCAAATCGATTCGTGTCAGTGATGCCCAGTTGCCAAAGCACTGAAACATTTTATGTTGTATCATTTCCTGTTATCTGGGATATGCTAGAGCAAACTGTAAACCAGACTTACTTTTGTGGTGACCTACTTCTGTTTTTAATGTCACCATGAAATATAGTTTGCAAGACTTTATTTTGTCATGTAATCTTATAAATGCAATATTTTAATATTTATACAATATATGTGTGTATTGTAAGTATATATTTACAATAATGTATTGTTATCCAGTACTAAAGTATGTTGTAGTTTAAGAGTTTGAATTGTAGGTTTTTAAAATCTTTTTTTTTTTTTTTTCATCTGTCAATTTAAATTTGTCTTAATTTATTACTTTTGTAATATTTGTAAAAAAAAATATTTAAAAATGAATTCAATTATTTATTTTTATTTATTTTTATATATTGTTGCTGTCAAAATTAGCACGTGAAATATTTAACGCATTAAAAAAAAAAACGCAATCAACATGGTTGCAGTTTTTTTTATTTCCTGTTATGGCCATTGTGTGTTTGGATAAGACCAAGGAAGGACTTTTAGATAGAAGTTTCAGTATAAAATTATTAACTTCGCATCACCAGGCGTGTTTGACTTGTTTCTCCCCTAACAAGCAACTTTTTATAAAGCATCTGCTGCATGTTGCTTTCAGAATATTTGCTTTTAAAATATAGATATACTTTAAAATGCTTAGTTCAAGCAAATTTGATGAACACTGGGCTTAAAATATCCCGGCACCGTACCATGAAGGGAAAAAAATTATAAAATTTTAGAGCCTGCTCATGCTGAAAAAAAATGCTTTCCTTGCTTAGATTTTTTGTCTTGTTTCTAGTCTAAATATCTAAAATTTCTTATATCAAGAAGCATTTTCTAGACAAGCAAAACATACTGTCTTGTTTTGAGAAATAATATGCCAATATTAAGTGAGTTTTTCCTTAAAACAAGCAAAATAATCTGCCAATGGGGTAAGCAAATTAATCTGTTTTTTTTTCAAGATTATTTTGCTTACCTCACTGGCAGATTATTTTGCTTGTTTCACACCAAACTGAGGCTTTCATTTTATAGCTTATAAAACATGTATGCAAATTAATGCAATATCATATGTAAACAACAAGTCTTTGTATAACGATGGGTTGTTCTGTAGACTATCGAAAAATATATAGCTTAATGGGGCTAATAATTTTATCCCTAAATGGTTTTTAAAAAATTTAAAACTGCTTTTATATTAGCCGAAATAAAACAAATAAGACTTTCTCCAGAAGAATAAATATTATCAGACATACTGTGTGAAAATTTACTTGCTCTGTTAAACATCATTTGGGAAATATTTAAAAAAGAAAAAAAAATCAAAGGGGGCAAATAATTCTGACTTCAATTGTATACAATTTATCTGTATATGTATGTAATAGTTATCAAAAAGGGATTTAACAAAATTCAAATAAACCCCATCACATTTTCATGTCAGCTTATATATTAACTGAACTGATCTTTTTCATTACATTATCTGTTGGTCACTGTGTGTGTATATTATATTAAACCTGCCTTTTACAGCTCACTGTGCTCTCTAACACTTTATTTATGGCACAAACTCTTGACAAAAGCCCATTTGCATGATCACATGCTCACTGACAGGTTCGTGGTCACGGCCTGCAGCTTCCAGCAGTTGACAGTAACCACTAACTTGAGAAATCCTTCTGCAGGAAACCACACTGAACATCTTATAATCCAGACTAGCACTGTGTCTGATCTGCTTTCTGTTCACACATCTTTTTTTGCTCTGTTAGTGTATGATTTGCAGCATGCTAAGTGTGTGTGTGTGTTTTTGTCTTTTAGAGTTGACACGGTTGAAGGCATGTAAGTGGTCATTTACATTTTTCCAAATCCCTGTGTAGTACGGATCCTCTCCTCCTCTGGGTGTCTTTCAGTGTCCGTTTTTGTCCTCCTTTTCCAGCAGTTCCATGTGTGATTTGTTTATTTTATTTTTTTTATTCGATCTTGTGGCATCAACACAATTGTATTGATTAGATCAGGGGAAGCCAAACCCTTCCTTCTGTTTCTGGTTCTGGAGAAGCTGCTTCTCATTCACAGATGCATTCTTTTAAATCTACAACTTTAAGGGCGCGTGTACTGTCCACCAAAGGGTATTGCTTTTTGTTTTTTCTGTTGTTGTCAATGGAAGCGTTACTTTTTTTTTAAGTGACTGCCGTGCATCAAGTCACTAAACATGCATTTTACACCAATGATGTGTCCCAAATGCTACACTAAGCACTTCCACACTATACACTACCTGACAAGTCTTGTGGATCCCAGTTGTAAGAGCAATATATAACAACTTGACTTCTAGTTGATCATTTAGAAAATTGGCAGAAGGTAGATTTTTCTGATGACTCATCTGTTGATCTACATCCTAATCATCACAAATACTGCAAAAGACCTATTGGAACCCGCATGGACCAAAGGTTCTCAGAGAAATCAGTCAAGTTTGTGATGGAAAAATCATGGTTTGGGGTTACATTCAGTATGGAGGTGTGCAAGAGATCTGCAGAGTAGATGGCAACATCAACAGCCTGAGATATCAAGACATTTGTGCTGCCCATTACATTACAAACCACAGGAGAGGGCAAATTCTTCAGCAGGATAGCGCTCCTTCTCATACTTAAGCCTCCACATCAAAGTTCCTGAAAGCAAAGAAGGTCAAGATGCTCCAGGATTGGCCAGCCCAGTCACCGGATATGAACATTATTGAGCATGTTTGGAGTAAGATAAAGGAGGAAGCACTGAAGATGAATCTAAAGAATCTTGATGAACTCTGGGAGTCCTGCAGGAACGCTGTTTATGCCATTCCAGATGACTTAAGTTATTTGAGTCATTGCAGAGATGTATAGATGCAGTTCTCCAAGCTCATGGGAGTCACACACAATATTCATTCTTTTACCACTGCAGCATGACTTTATATTCTGTACTGTACATCATTTCTGTTAAGTGAGAAGACTTTTGTCTTAAAGTCAGACCTTACTGTCCTAATTAAATAATTAGTAAAATAGGATCATGCCTTGATTTTTGTGATAAAATAAGCGTAATCTAGAGGCCTTTGCCTTACACTTGCACTTCTGACACCAAATGATCAACTAGAAGTCAAGATATTGTTGTTCCTAAAATTGATGAATCATTAGGAACAGTATAAATTAAATTAATAGCTGTGAGATTCCCACTCATTTCTGTTTAACCGTCTCATTAGGGCTGTGACAATTTGGCTTAAAATCAAAATCTTTTAATCTTTTTTTTAAGATTAATTTTTGGCCTTTTTGGCTTTATTAGATAGGACAGTATTTAGACAGAAAGCGAAGTTGGAAAGGGGAGAGGGGTGAGCAGAGGCTGGTGTAGGGGGGTAGGGTACGGAAATGTCCTTGAGCTGGGATTCGAACTCGGGATGCCCTGACGTGCTACTGCACTATATGTCGGCACGCTAACCACTCGGCTATTGCGCCAACACAATTGAACATTTTTAAACAATTACGATTAATGATTGATTATTTTGCTTATTTTATATCTCACAATTCACTGACAAGTTTTGTACAGTAAATATGCTCACATATTACCAGTGAGAGATGTTTAAACTAAGGGTGCATTATTGGTTTTAAAATGATTGATGGAAACACACACTATCTACTATCTTTGATTATTTATTGAACATCAACAATGATCAACTGAAATTAAAACAAACGTTGTCTAAAACCAACAGCCACTTTTATTCTTTTAAAAAAAAGTGAAAATAAATAACTCGCACTTTTGGGGAAAAAAAACAAATTTTTTTTTTTACGTTTTTCATACTAAAAGTACAAAATATTAAGCAGTGTGTCTTCTAAATAAAATAACTTGGATATCATGCAAATAATAGTTTAAACAGCGCACTTCTTACATCATCTGTAAGCTAATATTGTAATGTAAATATTAACTTTAATGTAATGGAACATGCCGTCTCAAGGCATCTCTGGCACAGCTTCCAATCATCGTCAATGTAGTGCAAACGTGCAACATGTAGTTACATTTTAACAAAGGCTGCACTGGACCATACCTGAGCATTCGATGCAGAAAAACAGAGCAGGGTCACGTGACTCCTCGCGGGAAATAGGGGAAGTAATTGACCTGGAAAAATTCTATTGATTACAGATTTTGAATATCGATTTCGATTACTTTGTAGATTATTCACCCAGCCTTACACCTCATACATTTTTGTGTTATCCTATGCAGCTTTCCTGCTCTGCTCAGTACTTCTAATCAGCATAATCGCTTCAGCAATTAACAGCTTCCTCTGCAAACAGGATATTTGTTTGTTTGTTGTTGATCTTCTCTGCACATGGTGAGCCATGAGCGTGTTGTTTATTTCAGTGTTTCCCAACCCTGTTCATAAAAAGACAAATTATGAGTACACAGTTTCCACCTCTTCCTATTTAAACACCTGAATCAACACATTAGAAGAGACTCCCAAACCTGAAGGTAATGGTTCCGATAA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Seq C2 exon
GAGTCCTCTCGCTCAGATGGAGGAGGAGAGAAGAGAGCACGTGACTAAGATGAAGAAGATGGAGATGGAGATGGAGCAGGTCTTTGAGATGAAAGTCAAGGAGAAGGTCCAGAAGCTGAAGGATTCAGAGGGAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000052673:ENSDART00000148631:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.349 A=NA C2=0.726
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0073513=Septin=PD(11.6=74.4),PF0681810=Fez1=FE(28.0=100)
A:
NA
C2:
PF0681810=Fez1=FE(30.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]