HsaINT0147800 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000122545 | SEPT7
Description
septin 7 [Source:HGNC Symbol;Acc:1717]
Coordinates
chr7:35930278-35937993:+
Coord C1 exon
chr7:35930278-35930403
Coord A exon
chr7:35930404-35937857
Coord C2 exon
chr7:35937858-35937993
Length
7454 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAAGTAAGT
5' ss Score
8.07
3' ss Seq
ACCCTTAATATTCGTGACAGGAG
3' ss Score
5.24
Exon sequences
Seq C1 exon
AACACACATGCAGGACTTGAAAGATGTTACTAATAATGTCCACTATGAGAACTACAGAAGCAGAAAACTTGCAGCTGTGACTTATAATGGAGTTGATAACAACAAGAATAAAGGGCAGCTGACTAA
Seq A exon
GTAAGTATATATTTTTTTCTCCAAAAAGGTATTATTTCTGTAGTCAATAATCATATTGTTTCATTTTCATTAAATTTCTTCTGGCTACTCAGTAGAAAATTTGGATAATGTTCTTTATGCACAGCAGCATAAATTTATATTGTTATGCTTTGTTAATAGTAGAAGCTTTTTTGAATGAACCATTTTGATAGTTTTCACTTACAAATTATGTGGAAACAAAGGACAGGCTTTAACAAAAGGAATATTTAGATGAATTTGTTCTTGGTTACCTTCTCTATTCCTATTCCAGGGAGTAAATTAGCTGGAGTTTCGTTTTCTTCTTTTGGTTGTTAGAGTGGTGTAAGTGACTACCAAGTGTGTAGCTTTGCCCTGTTGAGCTTATATCTCAAGCTGTGGTGGTTTCATGTTGGGTTCGAAAAAAGAGATGTGTGAGGAAGCTGGTAACCATGTCTGTGCCCTACTTTTTAAAAATCTGTCATTATTGAAAATCATAATTACATCATATGTCACTTAACAGTGGGGATACATTTCTGAGAAATGTGTCATTGGGCTATTTTGTCATTTTGTAAACATCATAGAGTATCTACACAAACCTAGATGGTAGAGCCTTCTACACACCTAGGTTATGTGGTCTAGCTATTCCTTGCAGGCTATAAACCTATACAGCATGTTACTGTACTGAATGTTATAGACAGTTGTAACATAATGTCAAGTATTTGTGTATCTAAACATAGAAAAGGTGCAGTAAAAATACAGTGTAAAAGATTAAAAATGGTATATCTGTATAGGGCACTTGGTTTGAATGGAGTTTGCAGGACTGGAGATTGATTGCTCTGGATGAGTCAGTGAGTGTGCAGTGAGTGAACGTGAAGACCTAGGACATTACTGTACACTACTGTGGACTTTATGAACACTGTACACTTAGGCTATACTAAATTTATTTTTTAAATTTCTCTTCAATAATCTTACTTTGCTGTAACTTTATTTTATAATAACTTAAATTTTAAAAAACTTTTTGGTTCTTTTGTAGTAACACTTAGCTTAAAACACAAACACATTGAACAGATGTAGAAAGATATTATCTTTATAATCTTTATAAGCTTTTTTCTATTTTAAAAGTTCTTTCTTTTTTCATTTATACCTTTTTTTGTTGTTGTTAAAAACAAAGACATAAACTTACACATTAGCCTAGGCCTACTCAGGGTCAAGATCATCAAGATGCCACTGGGCAGTAGGAATCTATGGGCCACCATCATATATGCCATCCCTTGTTTACTGAAATGTCATTATGCAGTACATAGCTATATTGCAAAACCATTTTAAATAATGTGCATTTGTAGCTAGGTGTTATCTACAATTAGACGATAATCCTGAAGGATCAACTATATAAATACGAAAGACAAGTTCTCAAAATAGCTATAGTATTTTCCATAGTGGTTAACATGCCTTATAATGGAATAGAAAAATGTCCCTTCTTAAATATTTAAAATACAAGATTCTGTTTGAGGTAAGCCTCAATATGTGAACAAAAGGAAGGCTTTTTATCTCTTTTGAGCAAAATGTTTATTGAGTAACTTTGGCACAAAAATGTAAGGACCCATCATAGTGAATATTGTTCATAAAATCCTAATTCACTTTAAACTTATCATTAACGATGCACTTTTTAACTCATTAAAAGAAACGCATACACAAAGCTACTGATAATTTTGTATGTTAAAGTACTAGTACATATTTTTTGTTAAATATATGTACTTATTCAATATATTTTTTAAAACATTTGTTAAGTTGTAGATAAAAGGAATTATTTATTTGTTCCCATGTCTCAAATATAAGGCTTTTTAAAGTAGTGCTGTTGGATGCAGGTAAGATAATTCATGGAAAAATAGAAAACTTTACAGTATCATTAAGTTTCTTTCTGCATATACAAAATTCTACTGTGTGGATACATGAGTTAAACTATATCCCAGGTGAAAACATAATTAGTAGAATTCTACTGGAAATATATCTCTTAAAGAGAGGAATCATGACCATACTTTGCCTATGCAAATAAAAAAAGAAATGTTTGCATTGCTAAAAAGCAAATTGGCCCAGGAGCTAGCATAATATTTTATTTTATGTTAATAATAAATAGGAATTAGACTGTTACTACTTCATTGAATAACGCATACTGAACCTGAAAGAAATCGCTTAGAAGTTTTATCTATTAGTTGTATCTGACATTGTCTTGAAAATGTTAGCAATTTCAAAAAATATTTTTGTTAAATTTTTCTTTAAAAGTCATTAACAACTTATGGTGCTTTAGCTGATGTAAGGTGCTTTTCCTCATAGCTCAGTACATATCCATGAATAACTGAAAAGAAAGACTAATGTTTAAATAAGTGAAGTAGGTGTGAGTTTAGGCTTCTTTTAATGTTCTTTTTGTATTGCTCTCATGTGACTCTATAGCAACGTATTCTTTGACAGTGGTAGTGGGGAGGGGTTGAGAGTTGCAAGAATTTTGGAATGGAAGGTGAACCTATTGAAAATTTATAGTTAAATTGATCTTTGGCAATGTATGTTTCACAAAGTGCTAATCACACTTTGGTTTTAGAATATAAGCTAAACTTTTTAAAGATGTTAGACATTGAATAGTAAAATACATTCATGTGCCACATAATGATGTTTCAGTCAATGACCGACTGCATATACAAGATCCCATAATATCGTGTGTCTATACCATAGAGCCTAAGTGTGTAGTAGGTTATACTATCTAAGGTTGTGTAAGTACACTATGTTGTTGAACCGATGACAAGTGAATTTCTCAGAATGTATCCCCGTTGTTAAGCAGTGCATGACTGTGAATCAATTTATCTTATATTTAATTTTCTGAGGTAGTTTTGGGCACACTGTAGAGTCTATTGAAACATGAAGTAAACATTAAAAATACATGTGTAGATGTCTGAAAATGTGCCTTTCTGTTACGTCAATAGCCCTAGAACAATTCTATTTCAGAGGGACTTAAAACAAGAAATAGATTGTGTGGTTTAAATCTGAAGAATAGCTGAACTTGTCCAGTCAGCTATAATTTGTCTCAAGGTTAGATCTGGAGAAGTGGATGCTGTTCTTAGCAGCTATCCAGTAATTACCTGTTTCTGACAAAGTATGGAGCCATCCAAGTACTTCTTGCATCCCTGTATGGAGGGTAATGGGTGGTTGAAAGCCACAGAAAGGGTAACCTCTCAAATCAAAGAAAATTCAGCAAGGGTTTGTAAAGGAAAGGGGAGAAGAGTTGGTCATATGCAGATTGCTGATCTCTTAAAGGAAGTGTGATCCCCAATAAGAGGAGGGCCGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTCTAAACTTCCTTCTTGAAGTTTTGTCTGCCTCCTTTTTCCTTGATCTTCCTTGTACCCTTTACTTAAAATCACATTTTATTGGTGACTCTTTTTCAGAACTGATGTCTATCATTGGTACCAATTGTGACAATAGATACCTTGCTCCAAGTTGGGGCACACCCTTGTCTCTCTTTCCCTTATGTTAATTTATTTTTCTGTTCTCTATAGCCTTCTCCATCAGTCATCTTGGGAAAACTTTATAAGTGAATGACTAAAAATACAAGTTTCAAAGGCAGATTCTCAGAATTCTTGATACATGACAGAGTTTTCATTGATCTAAATAGAAATAAAGACAATTTGCTGAAAATTTCAAGTTGTTTCAAAAAATTAAACTTAGTTATATCTTTTACTCTTTATTCAAGTGTCCTTTCATGAAATTATAATGATAGTAGTTGGAAGTTTTGTTTATGTTTGGTTTTAATACTCTCACATGGCAAAACAAAATGTTGGCAACCATTATTACTCAAAATTTTTAGAAATTTTTATTGAACTTTGAAATTATTTAAGTGAAATTCCTTTGGAAAATTTTGCACATAGTGACCTACTAACCACTGGAGCAAAAGTATGTAAATCTACTTGCTTAATTTGTTCTTTAGGAAAGACCACACACATAATTTAAATGAAACATGATTGTCTTTTATTATACTCCAAATGTGGGTCATATGTAATGCAGCAAAGTAGAACTTGACTAGGTCATCCTTATGTGGCATGGTGGCTATAATTCTCTTATTGGTCACATGAAGGGATGTGGCTTGCAGGAATTTTAACCTTATAAAGACAACCCTAGAAGGAGCTAAATCATTGGGGGTTTAGTTTCATATTCCGGTTATGTTGTAATCATTTTCTTTTTCTTGTTTTACTAGGCTTTCTTCATTTCTTTGTCTGGGTTTTTAATTTCACTGATAGGTTTATAAGCTTTACTACTATATGGGGGTGGGTAAGAGTTTCCTATTAAAAAGCAGGCAGGCAATAATACAACTTAAATGGTTTTTCCAGCCATTTAATAAAAGGTTTTACTTGGAAAAAAATAGTAAATGTGAAGATAAAAAGTGATCTCCCTACATTTTCTACATTATAAGCACAATTTTTTGTTTCGATTTTCTAAAAATAAAGATGACTAGAAGTGAGGTGTTAATATAAAAATTAAAAATTTGAAAGATCATTTTTACTGGTGAGAGACTTCAATAATTCATTTTAAATATGCATGAACATTTTTTCACAGTATTTGAGTATATTTGGTCAGATTATTTTTACAAGACTAAAAAACTTACAGTATCTTAACTGTTAAATAATTGCAAATTTCTTTTAGAAACACACATTTGCAGGTTTAAAACTTTCAAGACTTTCAGAAGATAATTGCACAGCATATTTATTTTTATAGTGATTTAGTGTAATGATTATGAACATAATTTGGGAAATAAATTAGCTTTAGCGAATTTTACTGTAAATTTTTTATTTAGGGCACATACCTTAATAATTTGTGAAAGCTATGCATTTGCCTTTAATTGCAGCTTTTAGCATGCTTTACTTTAAATGTGCCAAATCACTAATTTTTTTTCCTTTAGGTATGATACAGTTGAAGGCATGTAAGGCAGGGGATTTTAAATACTT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Seq C2 exon
GAGCCCTCTGGCACAAATGGAAGAAGAAAGAAGGGAGCATGTAGCTAAAATGAAGAAGATGGAGATGGAGATGGAGCAGGTGTTTGAGATGAAGGTCAAAGAAAAAGTTCAAAAACTGAAGGACTCTGAAGCTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000122545-SEPT7:NM_001011553:10
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.414 A=NA C2=0.615
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0073513=Septin=PD(11.6=74.4)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)