BtaINT0035006 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000022777 | CDC42BPA
Description
Bos taurus CDC42 binding protein kinase alpha (DMPK-like) (CDC42BPA), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001192937]
Coordinates
chr16:30946872-31000733:-
Coord C1 exon
chr16:31000294-31000733
Coord A exon
chr16:30946964-31000293
Coord C2 exon
chr16:30946872-30946963
Length
53330 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGGGTAAGT
5' ss Score
9.65
3' ss Seq
TTATTACGTTTTTGTTTCAGCTA
3' ss Score
9.67
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Protein Impact
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Features
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Main Inclusion Isoform:
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Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development