MmuINT0032825 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000026490 | Cdc42bpa
Description
CDC42 binding protein kinase alpha [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2441841]
Coordinates
chr1:179960585-179999453:+
Coord C1 exon
chr1:179960585-179961287
Coord A exon
chr1:179961288-179999361
Coord C2 exon
chr1:179999362-179999453
Length
38074 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGGGTAAGT
5' ss Score
9.65
3' ss Seq
ATATTGCTCTTTTGTTTCAGCTA
3' ss Score
9.12
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Vast-tools module Information
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Protein Impact
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Features
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A:
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Main Inclusion Isoform:
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Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types