MmuINT0032825 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000026490 | Cdc42bpa
Description
CDC42 binding protein kinase alpha [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2441841]
Coordinates
chr1:181891220-181929584:+
Coord C1 exon
chr1:181891220-181891418
Coord A exon
chr1:181891419-181929492
Coord C2 exon
chr1:181929493-181929584
Length
38074 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGGGTAAGT
5' ss Score
9.65
3' ss Seq
ATATTGCTCTTTTGTTTCAGCTA
3' ss Score
9.12
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
GTAAGTTTTCTTCTAATGCGTTGCTGGGCGTGAGCATTATTAACTATAGTGAAAATGATGTGTATAGCCTTAACAACAGAACAAACGCCTATTAGTCAAGACTTCTCTCTCCTAGTTTTTCTTAACTGTTTGCCAGGGCAAAGCGGTGCCACTTAGTTGTTGCCTGGTTGTTTGGCCTTGCTGTTTGTGAACTCACTGCGTCTGGGGGGGGGGGGGGGCGGGCAGCAGCAGGAGCTTCAGAAGGAAGGCTGGGATTGGCAGAATTGGATTATTGAGCACAGTTGTCACAACCGTTCAGTGGGAGGGTATTTGTTGGTTGGAACATTCCTTCCCAGTCTTTGAAAATCACAGGAGATTTGAGGAGATGCTGAAGTCCCTGTGTTAATTTTAGGACAACAGGAATGTGGAGGTGGTGATCAGGGGGTTTAGTCTCATCTCTGGATAGCACTGGCAAAGGAAAGTACTAAACATGGACTTTCCAAAAATCACTAGGTTCCTGAGAAATAATAGAAATTATGTGTATGTGTGTGTGTAAAAAGATGTAGTTGGAGGATGTTTGGAGGCAGCTCCACCTGCCTTAGATTTTATTCTAAATTGAATTTGTGTCTATACTGGCTAGATGTGACCCAGGTGACCTATAGTAGTGGACTAGATCAGTGATGCGGGCAAACTCTGCATGTGACCTTCAAGGCTTGTCTGAACTCCAGGAGCCTCTGATGTCACTCACTCGTGTGAGGGAAGTCTGACATCCAGCAGTGGCCATCACTGCCCAGGCTGGTAGAGAGTGGTACCATAGCTCTGGAAGGATTTAGGCCATTTAGAATTTTGAGCTGTTGAAATACTTTTAGCTAGCTAAATGATTTTTATATCGACGATCTTTATTCCCAAGTAAACCTTAATTTTTCTGAAGTAAAAAATTTAAGTGGCCGTTGTTGTTTCTGTTTTCAAATTCATTCAAAATTTGTTTCTCAAGTCAACTCCCACTTTAAGAATGCTAACATGAAGCAATTTGAATTCTCCAGTTTTCCAGTATTAGATGAGTGATTGCTAGTAGCACGATGTTTCAGGGTTTAAAAGAAAATGTACAAATGTGCATGGGATGATTTCACAAAGCAGTTTGCCATCAGCGTGCTGGGAATGTAAGGAATCTTAAATCAGTTGTCAGGCAACTTCTCGCTTGAGAGTAGGTAATTTTTATGTTGGCACTGACTTTGCATTTACCTGCCTTTTTATGTGCAGGATACAATATTTTATGAAGCATATGGAATCTTACACCCTGTGTTTCATAAACTTAGGAATTCTGTGGTGTTTCTTTTTTTGAAGACTTAAAAGGTTTCAGTACTTTTAGAGTTGGAATTTGAGTCCTTCAGTTACAGCTTCATAGTGATACTGTAGTCTGTGATTATGATTGTCATTTAATATCCTTTTCATTTGCAAAACGGTAGGAGAACTCTTTGTACATAGCAGTGGCAAATATAATTTAAAATAGTGTATTATATAAGTGAAAATGCATTTTCATGGCTTCCTGATGTGTGGTAGTTTTATGCTATGGGGTATTTTGCCATCTTATTAAAATAATCTCTGTATCTTCCATTTAGCATCCTTTCTTGGATTTTTTTTCTCTGTTTATGAAGACACTTTGCAAACACATACATACATATTTACTTATACTAAAAAGTAAAACAAAGATCAAGTGTTTGGCTACATTCACTATGTTTTTTTATTTTTTCAGAGAGAGGGTTTTATGTCACTCTTGAAGTTTCTGTGTAACTGAGACTGGCCTTGAACCTTGGCCCATCCCCCTCTATCTTTACAGTGCTGGCAGTATTGTGCATTACCATGTGCAGATTATATAGTGCTGGGAATTCAGTTCAATCCCCAGTCCAAAATCATCTTTATTCTTATTAATAATTTCATGTCTTACCTTTTTAGTTGTCTGATATATGGTATGATGAGACTCTACAGTCTCATAAACCATTACTGGTGCTTTTAAAAGGCTTATTTTTATTATTTTAAATTATCTATGTGTGAAGGTCTGGTATGTGTTGTAAGTGCAAACTCCTGAGGAGGCCCCAGACATCTGATCCCCTTGGAGCTGGATGCTGGCGGCTGTAAGGTGCCTGACATGGGGGCTGGGAATCAAACTCAGGTCCTCTGGAAGAACCATTTGCCCTCTAAGCTACCAAACCATCTCTTCAACTCCAAGAGAGAAGTTTAAAAGTTAAAAAACTCCCCCTCCTCTTCCTTCTCTTTCCCTTCTCCTTCTTCTCCTTCTCCTTCTTCTTCTTCTTTAGATTATAATAGTTATATCATTTCCCCTTCCTTTTCTTCCATCCAAACTCTTCTATAGCTCTCTTTCAAATTCATGGCTTCTGTTTTCTTTGTTTTTCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAGACACACACAGACACGGAGAGACACAGACACATACATAGACACACACACATACATATATACTCCTAAAATCATAAATACATGCTTAGTCTGCATGATGTTACTTGTATTTATGTTTTCAGGGCTGAACATTTGGGTTTGGATAACCAGTCGGTGTGCTCTTCCTGGGGAAGAGAGACTAGAACTTTTAAGGAATTATTTTGTGTACTTTAGGCTCTTAAGCCTCTGGCATGCTCTTCCCTTCATAAGAATTCGGAGTGGAAGTGTTGCAGAGATGCATCCTAAGTGGTTTCGTTTACTGTCTTTCTTTGTGGATCTTAGATTAAGAATGATGGTGTCTTTTCATTTAAGTATTGCAGTGAGTCATTCCTCCTTCATTTATTAGTCTATCACTACATTTTGGGAAATGTTCTATAATGTTCCCATTGCAAAAAATGTATAAGACTATCTAGATTAGGTTTTCAGATTATGAATTGACTGCACCTTAAATTTTCAATGAATTAGCTTTTTGGGATGGAAATTTATAAGAATATTACTAAGGTTAAATTTGACATTTTAGATTTGCTTCAAGATGTCATCTTTGGTTTGATTTTCGTCATTCAAAAAGTATTGTCTTTAAGTCTTTTAAAAGACCCAGTAGTTGAAATAGAACAGTGTAATTAAACATTCCATATTACATGTTAAATATTTGTGTTCGGCATTTGCATTATTGGAAGTACCACCTAGAGGCTCCATAGTTTTGCAAGAGATGTCTGGTTACTTTTAAACACGTAGTCAAACTTTTGTGTGTATCGCTCCATTAATTTCATTTGACTCCAAGTTATGGTCCATTTCATTTCTGTAGTGGTACAGGTAATGTTTTGTTCTTAACAGTACCACAGGAAGAAAACTTGACTATGCCAAGTCAAACATGCTGCTTTTCTTTTATAGCCTTTCTTGGTTTTGGTGCTGAGGAAGAAAAGTAGAGTAGTTGAGAGGAAAAAGGGATTAAGTCAGTGAGTGCTTGCCCGAGGGGATACAAACACTATAAGACCAGAGGTCACTTCTGAACTTAATAATGTATATTTATTTTCTAGTTACAGCAAGCAAGACTTGAAAAGCTTTCTTTCCTTTGATTGTTAAATTGTTGAAAAGATTTCTACTTATAGTCAGTAAAATTTGAAAGACTGTCTTTGATTTTTCAAGTGTTGGAAAGGTTATGGTTTCTGTTTTTGTTTATATAAAAATAATTTTGTTGTCGGTAGTGGTTATAGTCAAGTTATAGTGGAGCTATAGAAGTAAAGTAGTTGTGATGTTGGAAACTAACTTGTTAGTGATGACTGATACATTCACTATCATTACATTGTTTTTCTTCTACTTTGAAATGAGAAATATGAATGTTAAGGAATTACTAATTTATTTAAAAAGTGGATATAGGATAATACTACTCAGAACAAGAGGAACTGCCAGGATTCCCTGGATGTAGATTACTTTTCTAGACTTTCTGACCTTGATCTTATAAGATTTCATGTAAGTTATCATTAACTGATTTTATAGCTTACTCAGATTGTATGCTACACCACAGGATAGTCTGATTATTAAACTTACTGCTAGGTATATCAACAGGTATTGTAAGATAAACATTAGAAGTTAGTTAGCATGTGTATGTATGTATGTACGTACATGCGTATGTATGTATTTATTATTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCAGGAACTTGCTCTGTAAAGACCAGGGTGGTGTTGAACCTGGAGATTGGCCAGCTTCTGCCTCCTGAGTGCTGGGATCAAAGGAGTGAGCCACCAATGCCTGGCATAGAGTAGCTTTGAAGTTTATTCTTAGTTTTTTCTTGTGTGAGTTGGGGTGATGATGGCTTGATTGGAAGGAAGGACCTGAATCATTTCTAGAATACTTTACTTGTTCTGTATGTCTGCTGTTCCTCACTGTTAACTTTTCCTGAGTAGAAATATTTATCATACAGAATTGCTAAGATATTCATTGAATAAAGATTAAATTAATTTTTAAATAAACTCATTTGTGATCATTGTAAATGTGTTTAAAGTATAGGTAGGTCACTTGTTTTCTTTACACTAGTCATGAAATATTCTGTTTTAAGAATGGATGTGGTTTATCTGAGCCAGTGTTGACATGTGCCGGAAATATTCTAAATGATAGTTTACTGTTTCTCTCCCTTTTTCCTTTCTCTTCCTTCTTCCTGCTCACTTCTTCCTGAGGGAGTTGACAAATAATATTGGTTACTGTAACAACTTGCAGTATTGATTACTTGGTTAGTAAACTGTTTAAAATAACAATGCTCTGTGGATGAAAATGATGTCAAGGTTCTCATTTTAAGAATTTTAGAAGTATTTCATATGGAAACAAGGCATACTTTACTCTAGCAGTGTGAATAAATACTATAATATGTTGGAAACTTTATGAACTGTCCCATAAACCTTAGGACTTGATTACTACTACATAGTAAGTCCAATCTGCTTTAGGGCAAAAGAACCAAACTTGGCATGAGTTTCCTTGTGCTACTCAAATCTTACTACCAGGAAACTG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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0006920=Pkinase=PU(4.9=41.9)
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: