GgaINT0090253 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009158 | CDC42BPA
Description
NA
Coordinates
chr3:13183221-13228436:+
Coord C1 exon
chr3:13183221-13183398
Coord A exon
chr3:13183399-13228344
Coord C2 exon
chr3:13228345-13228436
Length
44946 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGGGTGAGT
5' ss Score
7.93
3' ss Seq
ATATTTTTCTTCTGTTTCAGCCA
3' ss Score
9.79
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CCAAACCATTTACATCTAAAGTGAAACAGATGCGACTACATAAAGAAGATTTTGAAATCCTGAAGGTGATTGGTCGGGGAGCTTTTGGTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009158:ENSGALT00000014921:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
PF0006920=Pkinase=PU(4.9=41.9)
C2:
PF0006920=Pkinase=PU(4.9=41.9)
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]