BtaINT0035016 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000022777 | CDC42BPA
Description
Bos taurus CDC42 binding protein kinase alpha (DMPK-like) (CDC42BPA), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001192937]
Coordinates
chr16:30903026-30946963:-
Coord C1 exon
chr16:30946872-30946963
Coord A exon
chr16:30903110-30946871
Coord C2 exon
chr16:30903026-30903109
Length
43762 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGA
5' ss Score
10.06
3' ss Seq
AGTTGTATTTCCTTTTCTAGGTT
3' ss Score
10.57
Exon sequences
Seq C1 exon
CTAAACCATTTACTTCTAAAGTGAAACAGATGCGATTACATAGAGAAGACTTTGAAATATTAAAGGTGATTGGTCGAGGGGCTTTTGGAGAG
Seq A exon
GTAAGAGATAAAGATTTTATAGAGATCTGATGTTTGTTTTGCAAGCTATTTTATACAGTCTTTGAAAGAATTTAATGAAATATTATTTACTTGCTTTTGTAATTGATACTATTGATCAGAAATCATTAAATTTTGAATGAAATCTTTCTACATGGATTTTTTTCCCAGTATACTTCTATTTTTTATATGTTATTGAAGTTTGAGTATGTGGACTCTTCTGTTTGTCTGTTTGTCTCTCTTGTGTCAATAGTACACTGCCTTAAATTAACTTTAGTTTGAGAAGTCTTAATATCTGGTAGTGTATTTACTGTAACTACTTCTCTCTTTGCCTCCCTTGTTAACCCTTTATATTTTCATATAATTTGGAATAAATGTTTCAGTTTGTACTTACTCTTGAAAATCCACATCTACACTCAGCACTCACATATCTGGAATTTTGATGAGGATTGCACTTAACTAGAGATTACTTTGAAGTTAATTTACATCTTAATAATATTGAGTCAACCAATCCATGAACATAGTATGTTCCTTCATTTATTTAGGGCTTTATAAATTTAACCCATGAATTATTTGTAGTTTTCTTTCAGTAGAGATAATTTATGCGTTTTTCAGCAGATTTAGTCCTAGGTATGTTATATTCTTCATGCTGTTTTAATTAGATTGTTTAAGTTTTATTTTCTAATTGTTTTTACTAGTGGTTAGAACTACAATTGAATCTTGTTTATTGACTTCATACTCAGCAACCTAGCTAATTGTACTTTTAAAATCATGAATTGTGTTGGCTTTTAATCAGTGCTTTATCAGCATCTTTCGAGACATGGCTTTTCTCCTTAATTAGTTGAGTTACATTGATGTATTTTCAAATGTGAAACTAACTTTGCATTTCTAAAATAAGCCAGCTTTGTTGGGATATATTATCCTTTTAATTTACTGCTGGACTTGGTTTACTATTAGTGTGTGTGTTTTGGATCTTTAACAGGAATTGGCCTGACATTTTCCTGCTTACCACATCCTGATCAGATTTTGGTATCTTGGTTATACTGGCCTCATAAAAAGAAGGAGGTGTTTCCTCTTTTATTGTTCCATAGAAGAGTTTGAGAAGAATATTATTTCTTCCTTAAATGCTTAGAAGATTTCATTGGTGAAGCCATTTGAGCCTGGAGGTTCCTGTAGAGAGAGTTTCAAATTATGTATTCGTTTAAAAAAATTGAATTGGACTATGCGGATTTCCTGCATAGGTGTGTCAGTTTTGCTAGGTTCATCCATGTCACCTAATTTTTCAAATTTATTACTGAATTGGTCATTAGCACTTCTCATTTTTTTCATTTGTTATGCTTTGAGGTTTATCAGTTCTGTTATTTTTTTCAGTGAATTAACTTTTGCCCTTTGAATTTTCCTATACTAGATTTGTTTTCTGTTTCATTAGTTTTTGCTCTTAAAATATTCTCTGTCTTTGGTTTTAACTTGCTGTTCTTTTTCTAACTTGTGGAGATAGAGCATTAATTTCTAGCTCTTTTCTATACTTTTTCCTCTAAGCAACTTTAGCTATAGCCAAGTTTTGATGTGTCATATTTTCATTATAATTTTCCTTAAAATACAGTGTAATTTCCAATGTGATTACAGATTTCTCTAGTGGATTTTTTTTTTAATCTTTGGTTTTAGAAGTTTATTTCTCAGTCTCTACTTGGTGCATTTTAGTTATATTTCTGCTTCTGAGTGATAATTTAATTCTAGAGCAGTCAGGGAGTATGCACTGTGTACCTTCACATCTTTGAAATTTGCTGTCTGGTGTTCTATAAATATCAGGTGAAAGATATTAATCTTGTTTAAATCTTCCATATCCTTAGTGTTTTTCCTGCTTGTTGCTTCATTTCCTGAGAGAGGATTTGCTTATTTCTTTTTTATTTTATTTCTTTCAGTTTTCACCGATAGCAGATAAACATTATTATATCTTCCTAGTTATTAACTCTTTTATCAGGATGTAATGATACCTGTTATCTCTAAGTAATAAAGTTAAACTTTACTTCATCTGATATTAGTTGAATGATTCCAGCTCTTTTTATTAGTCTTCTACATTAAACATCTTATTCCACCCTTTTAGTTTTAGTTTTCTATAACCTTGCATGTTTACCATTTAATAAAATATAGTTTTTGGTTTTTAATTTGGTCTGATAAATTTCTTATCTTTAATTGGAGTATAGTCAGTTGGCATTTAAATATAATTACATTATTCTTATTTGTTTTCTATTTGTCTTGCACATTTAGTATTATCTTTCAATTCTTGGGTTAACTGAGTATTTTAAATTATTCTTTCCCCCTTCTATTAATTTCTTAGCTGCACCTTCTTTTATTGGTTTCCTGAGATTGCTTCTTCTGTTCTTAGTAAATTTGTATTGAGTGGCCAAAAGTTTGTTTGGGTTTTTCCAGAACATCTCACAAAAAAACCTGAATGAACTTTTGGCCAATCCAATATTTTGCCATTTCCCATTTTTTATTTTTTGTCATTATTGTCTTTTAGCTCTACATGTATTTGAAACCCCCCAAAATATGATTATACTGTCCCTCTTCATTTTAGATTTACCCATGTATTTACAGTTTTTTACTCTTCGCATTCACATATTTATTTATATTTATATATTTGTTTTTGATTGGCATTTCCTTTTGACTTAAAAATGTCCTTTAGTAATATTTTGCCAGGTCTGCTGAGATAAATTATCTGCCATTTTTTTTCTGAAAATACATTTATTTTGAGGTATTAACAAATTTGTGTTATATACATACTTAGCTCAGTGAATTTGTACATTTGCATGAACTTCTGTAACCTTTATGTTGATCAAAATAGGCTTCTATTCCTGCATCTCTGTGAATAACCACCTTCTCAGTAACCATCTATTCTGACTTCTATAATTATAGGTTTATTTTGCCTGTTTTTGAATGCTATACTAGTGGAATTATATAATGTATATATATATTTCTTTCGTTTCTGGCTTCTTTTGCTCAGTATTATGCTTATATAATTCACTTTTGTTTTTTATTGATCCACAATATTCCTCTGTATGAATATACTGCTGCTGCTGCTGCTAAGTCGCTTCAGTCGTGTCTGACTCTGTGCAACCCCATGGACTGCAACCCACCAGGCTCCTCTGTCCATGGGATTCTCCAGGCAAGAACAATGGAGTGGGTTGCCATTTCCTCCTCCAGTGCGTCAAAATGAAGTCGCTCAGTCGTGTCCGACTCTTAGCGACCCCATGGACTGCAGCCTACCAGGCTCCTCCGTCCATGGGATTTTCCAGGCAAGAGTACTGGAGTGGGGTGCCATTGCCTTCTCCAATGAATATACTACAAGTACTCAAATTTATTTTTGACCATTGTTATTAATGTTGTTATGGATGTTCATATACATGTTTTTTGGGAGACAGAAGCATTCATCTCTGTTTGCTATAACCCTAGTAGAATTTGGGTCACATGGTAGGCATATTTAGATTTAGTTGGTAGTGCCAAATAATATCCCAGTTGGTTAGGTCAGATTATACTCCTGCCAACAATGTGTGAAGGTCCCAGTTGCTTCACAACATCACCAGCAGTTGGGTCAATTTTTAGACTTCAGACATTTTTTTGGTGGATGAGTAGTGGTATTGATTGTGATTTCATTTTATATTTCCTGATAACATTTAAAGTTGAGCCTATTTTCATATCACTTCATGTAACTTGGACATCCTTTTTCATAAAGTGCACATTTGGGGCCTGGGGGAGTGGGAACAGGTGACTTATTGGTATATTCTGGATACAAGTTCTTTGTTAGAGGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCACGCGTGCACGTGTGCGCACGCATGCTCATGTATTAAACAAAATCTCTTCCTGTCTGTGGCTTGACTTTTCTCTGTATAGATGCTTTTATTGAAGAAAAGATTTTAATTTTGGTGAAATCCATTTAATTAAGCTTTTCTTTATGATTAGTGTTTTTTTGTATTTGTTAAATTTTTTCTACCCTGAAAGTCATGAAGATGTTTCCTGTTATATAATCTATAAAAAATCTTTTTCATTTAGGTCTATGATCCATCTGGCATTATTTTGTGTCTTGTGAGGTATAGTCAAGGTTCATTTTATTCTTTGTGGATTTCACAGCATCATTTATTTAAAGACTACTTTTCTACATTTGACTGCAAAGGAACTTCTGTTGGTCAGGTGTTATGTGTGATACTTTTATTAATTTTTAATAGTTTTTAATGTAGAATTTTTGTTCGTGTTTCATTAAATTTATTTTTGGGTCTTTGATGTTTATTGATGAACCTATAACTGCTGCTAGACTAGAACTACAATTAATTTTTGTGTATTGATCTTGTATTTAAATCTAGTGTATTTATAAATTAAAAAAAAGTTTCATGTGCATAGTCATACCATTTCCAAATAATGACAGCTGTTTTCTTTCTTTCATTTTTCCTTTTATTTCTTTTTACGTATTATTGCAATAGAGAATATTTTTGCTTAAAACATTGAATTCAGTTGTTGAAAATAAATTTTTGTGTGGTTTGTAATTCAGGGGTAAGTATGAAGTTTGCTGCAGCTTTTTTTTTTTTAATTGTTACTCTTTTTAGGTTAAGGATGTACTCTTTTTTAGGTGAAGGAAGTTTTCCTTGCAATTCTAGTCTGTTGAGAGCTTTTACCATGCATTAGAGTTAACTTTTGTCAAAAGGTTTTCTGTATCTCTTTTGATTCCTGATTTAACTTCTATATTTGGTTAATGTGGAAGTAATATTGATTAATTTTTAAATATACCAATAGTGGATTGCTATATAAATCTGGTTGTTCCTGATGTATTCTTTTAGTATATTGTTGGTTTTGATTTGCTAATATTTTGTTTTCCATTTTTTGTTATGTGCATGAAAAAGATTGGCCTTTAATTTATCTATCTTTTAATTTCCTTATATTTTAAAAATTATGCATATCTCTTAAGACAATTTGGGAGTTATTCACAT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Other Skipping Isoforms:
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Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development