RnoINT0032610 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000002841 | Cdc42bpa
Description
CDC42 binding protein kinase alpha [Source:RGD Symbol;Acc:621406]
Coordinates
chr13:98274752-98311909:+
Coord C1 exon
chr13:98274752-98274843
Coord A exon
chr13:98274844-98311825
Coord C2 exon
chr13:98311826-98311909
Length
36982 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGA
5' ss Score
10.06
3' ss Seq
ATTTCCATTATCTTTTCTAGGTT
3' ss Score
10.29
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTTGCTGTAGTTAAACTGAAAAATGCAGATAAAGTATTTGCCATGAAAATTCTGAACAAGTGGGAAATGCTGAAAAGAGCTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000002841:ENSRNOT00000003837:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006920=Pkinase=PU(4.9=41.9)
A:
NA
C2:
PF0006920=Pkinase=FE(10.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]