DreINT0140627 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000016464 | si:ch211-89p3.3
Description
si:ch211-89p3.3 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-041014-372]
Coordinates
chr20:35229079-35240028:+
Coord C1 exon
chr20:35229079-35229170
Coord A exon
chr20:35229171-35239944
Coord C2 exon
chr20:35239945-35240028
Length
10774 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTATGT
5' ss Score
9.81
3' ss Seq
TGTTTTTGTCTCTCTTCCAGGTT
3' ss Score
12.93
Exon sequences
Seq C1 exon
CCAAACCTTTCACATCAAAGGTCAAACAGATGCGCTTACACAAGGAGGACTTTGAGATCCTGAAGGTGATTGGACGGGGAGCTTTTGGAGAG
Seq A exon
GTATGTATTGTTCGTGTTTCTATATTCGATATTTTATTTTTCTGTGATCAATATTGCGATATGAATATGTTTTCAAAGGATAGTTTAAATAGCACTATAGAGTCTAACATTATTCAGGTACAGAAATAGAATTACCAAATGTTTAAAAAATGCTTTTATTTTTTACTTTGTCATGTTTTTAGTCTGTTTTGTTTTCAACTGAAGAGTTTTCCTTAAAACAAGTAAAAAATTTTGCCAGTGGGGTAAGTAAAAAATAATGTTTTCACTTTGAAATGTAGATATTTAGACTTGAAACAAGACAGCAATTCTAAAAAAAAAAAAATAATAAAAAAAAAAAACATTTTTTTGTATACAATTATATAAACTCATATAAATAAAGTATTAAAGACAATTTCTGTATTTTCTGTTCAACTATAAATCAGACTCAACATTACATATCTTGCAATGTGAACAATGCAGCATCAGTGCTGCAACAATATATTGTGCAGGTCTAATAGGAACATTCAAGTTGTTTTACATGCTACAACAGTCCCATTTCGCATCATTTAATGAGTTAGTGTACTGATTTTCCATAAGCGTGTTGCAGAGTAAGGACATTCTTCATGCAGTATTTTAAAGAGCCCGAGGTGGTTGATGTTCTTTTGTAATGACAGATGTGTGATGTAGTCACTGGGGAATGTGTGGTGCACAGGTAGGCCAGGAAACCAGCACTATTAAATTTCCTAGTAATCCCTGGCTGGTCAGAATGGGCCATGAAGTGGGAACATTGGTCTGGAGTAATGTTTTAAAACCCGGCAAATGGTTTATGGAATTTGTACACAGGTTTTATTTGACAGGGTCAACGTTTTGTTGAAGGAAAAGTTACATAAAAATAAATATTGCGCAATTATTTACTGTCATTTTATAACCTGTGTAACTTCTTGAGGACTATTGGATGTCATACAGACTACTTTTAAAACCTTTATGTAGTTCCTATTTCATCCTTATTATAGCTTTAAAGCTTTTTTGAAGAGATTGTGCGCCCAAAACGGAAAATTCTGTCATAATTTTCTCAGACTTCAAATGTCACAAACCTGTTTGAGTTTATTTTTCTATTGAACACAAAAGAAGTTTTTCCTACTTGTATGGAAGTCAAGGCTTACGGGTTTCCAACATTCTTCCAAATATCTTCTGTGTTCAACAGTTTAAAGAAACTCATTAAGGTTAGGAAGTTGGAACCACTTAAGGGAATGTAAATAGTGAGTAAACTCATTTTTGGTTGAACTATCCACTTTAGGTTCATTCTCAAAAGGTATCAGTTCCAGAATAATTTTCTTTTCTCCTAATAGCTGATAAAAGCTTTCAGAATTCATCTTGGTTTAAAGCGCAACATTTAAAGTGACGCAACGTTTTATTGTGCAATCGTTTGCCCTAATCTTGTGATTGTTATTGTGACATTGGTAGTTATCATTTTTGATGTGAACACATACATGGTTTTTCGAGTGAAAGGACTTTAAAAAAAAATCCATTGAAGTTTCATGTACTGTACATACAGTTAGCATTTCTGTGTGGAGTTTGCATGCTCTCCCCGTGTTCACGTGGATTTCCTCTGGGTGCTCCGAATTTGGCCCACAGTCCAAAACCATGCGCTATAGGTGAATTGAATGAGCTAAAAATTGGCTATAGCGTATACATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAATGCGAGAGTGTATGGGTGTTTCCCATTACTAGGTTGCAGTTGGAAGGACATCGCTGTGTAAAGCATATGCTATAATAGTTGGCAGTTCATTCCACTGTGGCAACCCCTGATAAATAAGGGACTAAGGCGAATGAAAATGAATGAATGAACTAATAAATCAGGTTTGTCCATATTTAACCCAATTTGGACTGAAATTACCCAACAGAGTGTTTAGAGTAAACACTTAATGCGTATGTACATAATGTTACACAATTTTCACAAAGACAATAGCTGTGTCCGAAATCGCCTACTGCTCAGTAGGTACTGCATTAGAAATAGGGCTGGGCGATTAGTCGAAAAATAATCTAAATTGATGTTCATAACCTATAATCGATCAAATTTTTCCAGGTCAATTTTTTTAGATTACTTTCCCTACCGAGTGTGGATTCACATGACCCCTCTCTGTTAAAGCTGATTTATACTTATTATGTTTTAAACTTACTATATTATTCTGATATCATACTTCTGCCAAGCGCTCACATACAGTCCAGCGCAACCTTCACATACAGTACCTGCGCACCTCTCAAAAAAATTTAACTACACGTCATAACGACGCATTGAGGAAAGTTTGTGATTGGTCAGTTTGGAAGCAGTGACGAGGGTGGTTGGTATGAAGAGTCGTGCTTTAGACAATGTGTGTTTTAATTTCAGTTGTTCAACATTGATGTTCAGTAAAACAGTGGTTCTCAAAGTGGGGGTCGGGACCCCTTGAGGGGTCGCGGAACAATGAAGGGGGGTCACCTGGTGATTTCCAAAAATCGACTTATTATTATTAGACCATAAGAATTACCATATTTTTATCCATAACCAACTGATGAGAAAAAAACAGCCGTTTATAGTTACTATAGTAGCTTATTTACTTGTTCTATTGGATTTTGACCCTGGGGTAAATACATTATTTTAAAGACAGCATTAGCGTCAGATGCAGCAGATTGATTTTATAACACCAGGTTAAACTTTCTAGCCCATTTACAGCACTGAAATACATAAAAAAAAATTAAACGAAGAATAGACTTTGGTCTATTGGTGTGTGTGTGCGCCATTGCATGCAAGTTTTCTGTATTTATAACCACCTCAGGGGATATTGGGGGTCGCGAGTCACTGGTATTGTTATTTTAGGGGTCGCGTGCTGAAAAGTTTGGGAACCCCTGCAGTAAAACATCGTAGATAATAGATAGTATGTGTTTCTTTCAACTATTTTAAAATCAAGTAACACACCCTACATTTAAAAATCTCTCACTTGTAATATGTGAGCATATTTACTGTACAAAACTTGTTAGTGAACTATAAGTGCGAAAAAATGAATCAAATAAATAAATAAAATAATCGTTTAATAATTGCAATCGAGTTAAAATGTTCAATTAATGGATTTTGATTTTAGGCCAAATCGCCCAGCCCTAGTTTGAATTTAAATGTACTACTCGACCGTTAGAAAAGTGTTACTGTGTCACATTTCAGAGGCTGTATCCTCCGAAGGATGCAGACTTCAAAGGTGAGTCCTTTTGAAGTCTACACAGTCCGAACTGAGCATTTTGAAAAGAGACGATCAAGACTTCAGGATCTAGACTAGGACAGATCTCTCAGCTGCCGTTAATAAGTGGTAATAAAATTTGTAATTATTTTTTTTTCTCAAAATGATTTTAAAACTTATTGAAAGCGATCTAAAGGCAAAGCGAGGTATACATAAGCGGGAAATATATTTCCTTTGATCCATACATGTAGACATAAACGTAAACTGTCTATAAAATCACTCTTTCGTAAGACATGTCATACTCTTTTTGTTTTTTAACATGTGTTTACATATGCACATAAAATAAACCTAATTTGTACATTTAATCCAGAGTTTTGTTTTAAAAACATCCTGCCGTTATCAGTGTTCAATGAATCTTGAGCCATTCGAGGCCGCGAAGGATCCACCAGTTGTGTCCTTTATTACCTGAGAAACAAATGACACATTTGGAGGCTGCCTTTAAAGGAGCTTTGAATGTTTTTGAAATGAGATGGCCTTTGGCATGCCGAATATCCTGCAGGGCATCATATTGTAGCGTAGCGTCTGTCCGATGCCCACTTTAGAATCTTGCTTGAAGTAGTAGATCATCCGGGTACTTCTTGCATACTTATTTTTGAATTCTCTGCATGGACTCATCTATGGATTTTAATTTACTATATAATATGGAAGTATGCGGTTTTGAACACAGCCATTGATTATCGTTTTCCAAAACTTGCAAAATTTTTCAGAAAGTTTCAGGCCACCCACCATGCTTATGTGATTTAAACTAATGGACAAAATGTTTTATTGAAATTTCTACATGGAAACAATGAAATGATACCGCTTTCTAAATGTAACCACATATTCCTGTAGCTAATCTTTCTATCATACAGATCTAATTGAAACAAATTCCTGGGAAATCAAGAGGCTTACATTTTCCAAGAAGTAAAATGCATTAACAACTGTGTCTGCAAAAAGACAAAAAAAAAAAAAAGAAAAGAAACTGAAACGCATTTATTAGATTTTGTGGAATGGAAATACATCAAAGATTCTTGGGATTAAAGTGGATTTTAAAGGGCAGTATGTGTCAGTCGTTGAGTTTTCCTCCACTTGTCAGCGTCTGGTGAGCTGTGATTCATTGGCTCCCGCCTCAGTGGGAACGTTTTTGGTCTGACACGCCACTCAACAGGGTTTCCGGCCTGCGTCTGCTTACTTCAGGCCAGCTGGAATCAACAGCTCACGGAAACCTAGCAGAAAGTCGGTTCTGCTTGATGGAAGCCTGTTTCCAAAATAACACCAGAAAGGAAACCACGCAGCTGTGAGAAAACGTGCAAAGGAATAGATTGAGGATCAGTCACACACTTTTATCTCCTGACACATACAGATACACAAGAAAACGAAGGGCCAATGATATCACTTCCTGTGGAGGCTGATATACAGAATCTTAAATTTGAAGATGCTGCGTCATCATTTTCAAACCTTTTCAATTCCACTCATTGTGATGTATTTTTTAAATAAAGTGCTTAAATATTATGAATCTAAAATGCATAAGAGGCATATTTGATATTCAGAATTTAATTCATATGGATTTAAAAAAAAGGTTCAGACAGTGTGCAAATGTGTTATTACTCATAAAAAGTAAATCTTATTTTTTTTCAGAATTATTATTTTTTTAAGCATCAAAACAAAGAAAGTATAATACAGCTTTTGAATTTCTCTCATACATTCAATTCAGAGCTTTTTTGATCACAACATAACTAGCCACTCACCATTTTCACCAGCTACAATGTTGTTGGGAAATATATCTTTAATATGCATAAATTTGACTTTGACGTGCTAAAATGACTTGGTTTTAGGTTTTGTTATATGTCCACATGCATTTCACTTGTGACCTTGCTCAATGTGTATGAGCAATGGGTTGTGGATTCATAGTGTCACACTGTAATTAGTTTTTATTTCACATGACTTTCAGGGCTCAAATTAAGGATTTACCAAATTCATCTCTGACCACACCCAAAATAAAAAAAATATTTTTTAGCCATACATTTTAAATAAAGTGTCAAAACAAGCAAAATATTGTTGTATACATGCTCTTCATTCAACAAAACTTTTCTAAAAAAAACAAAAACAAAATTGACATTTTAAAAACAATTATTGTCATGTATCTAAAACAATGCATAGTCTGAGTCCTGGCTAAAGGTCTCAGATCACCAGTTAACTAAATGGGGAGTTAATCTCCTAATAATGCAATCTTATTGTAATACATAAAATATATTAACAAAAATGATGTATTATATTATATTAATATTATAAATTGATATAATTATTATAATTATATATAAAATATATATTAACAAAAAATAACACTAAGCAAAAGAAAGCAGGTGAAAAACATACTGTGAACGATAATGAAAGGATGATGGCATTAACATTAGCCCTGTTAATAGTCAGGTCAAAGAATGGGTAAATCGAAAGCAGATGGACATTAACTTAAATCATTTTGGCCTTAATAATATATTTCATTAATAATATATTTTTATTTTTACAATCAATTTAAAAATTGAATAATATACTGACATTGTTTGAGAATTTCTTCCAGACTGTTTCATAATTTCACACCACATACAGACATACACAAATGTTTAAAAGTTGTCCTTGTTTTCAACCTCCTTAGATTTTATTCTTCTCTCAGATTATATCCCCATTGTCTTTCTTCAAAAAACTTTTGTATGCATTTTAGAAGTAATTTATTCCTAACTTTAAACACAAGTTGTGCTGTTTGAAATTTAACCAAATCATTAACCTTAAGTATCTTCAATTTAAGAAAATAAAGAATTCTTATGCTCTAAATACCCCACATTTTCTATCATTTGAATGTGAATAGACGCACACATCTCTGTGCTGCATGTCTTAGCAGTTAAACTGGCCTTTGTTTGTGAGTTGATGTGTAGGGTGTGGAAAGGGGAATCTCTGAGCATGTCATCACATTCTTGATGGCAGAAAGTGAAGAGCAAACAACTGAAGGAGTCTCCTCTATTTCCTCTATCAGCGAAGTCGGGGCCAAGAACAGTTTGCTCCTTCACAGCTATGTCACTGAGCACTGTTTTGTACAGGCCGTCGTTTAATAGAGTGATGACATCACACATCTGACAGCCTGATGCTTTATTTTTCCTCTTCAGGGCAGATGCTTGATAAGATCATTGGCTTGCACTACAAGGACTATTATCTGATGGCATTCAGAGTCATATGTTTTTCAGGGTATTTAAAGTGTGTTGATTGTAGTCTTACAAAGATGCCATTTGCAGCATATTGTTACAAATAACTGTCCAATTAGTCAGAATAGACTGTCTGAATGCCATTTATAATGTTCTACTTTAAATATATGCTGTTTTTGTGCTGTGTCCTGAAGAAACTTTTATCATGGCGTTGTTCTACAAAAAAAAGAGAAAAAATTAAGCTTCATAACTAATAAAAATGATAGTAGTAATGTTTGTTGAGCACCATATCTGCACATTAAAATAATTTCTGAGAGAACGTTTTCAGATGAAAAGATTATATTTATTTTTAATGTAAAAAACAAACTAATTGAACCATACAAAACATTGGAGTAATTTGAAGTAAACAGTTAAATAGTTAATTTAAATGTTGCCAGATCTTTTATTAGAGACTAATTATTTGGCTTTCTTTCCCTTTATTATGACAGGGTTGAGGAAAGTTTGTTCTAAAGGGGAACTATTATGCAAAAATCACTTTTTTAAGGGCTACTTTTTAAACAGTTGTGTGGCAACAATGTGTAAATATAGCCAGCCTCTAATAACAGGGCTTGAAATTGCGACCATTTTGGTCACATATGCGCCCGAAATTTTATCTTTGCGACCTCCAAATATTTCAGTTTTTACTGAAAAATTTTCAACACATGCGCAGATTTAGGAGACATTCACGCAGAATGCAATATGCACCCGCAATGCTTGCCACGCCTTCGCGCTCTTCTTATTCGCCCACTGCTCTAGAACTGACCACGAATGGATTGGTTAATATCAATCACTCAGTCAATGCCTTCTGGCTTGGGATGACAGGGAAAGCTCCAACCGCGAAAATGTTAAGCGCTGAAGATGAAAATTAAAATAACACTGACAGATATTGCTTTAGAACCCATCTAAAGTTACAAATAGTGACACATCTTAGTAGTGATAATGTGTTGAATGTTAGTCCACCATCTATACTTTTCGAAGAGTGGAAAAAAGACTTCCATTGGCTTCAAGTCCGCTATAAAAAGTCTGTGGGATGGAATTTTCAGGTAAATGTTTGCCACATCTAGCACGAGAGCTTCTGTTTAATCTTTTATTTAATTGCCAGATGCTGTCCGCCGTGCAAGTGGCAGCTATATGTAAAATTAAACCCCACGTACACCATCGGAAATGGGCTTGCACTGAGTAAACTAATATTGCTACTCATGAAAAGACCGGTTTTGCTATTAACATGACGTATCCATATAATAAGGTACAGTAAATGTCAAAAGCATCAGTGCAATATCAGACAGCACCCGTGAGAGCAGCACAGTTATATTGTTAACTGATTCATTCATGTCAAGTAGTACGTGCAGGGCCGGTGAGCTGTCCGTGTATCTTTTAGTCACTCAGTTATGTTATAAAAAAATGTATTTCTTGTGATAACAGGATTTCGTTGAGACATATTTTCCTCACGCAGGCATATTTTTTTGCTTGTTAGTTTGATTAGTGTTGATTTCAAATGCAATAAATCTGTTTGATTAAAACTAGTATAATTGGTGTGTGCGACAAAATTTTGGCTGATGTGCCTACATTTTTAATACAAGTTAGGAGCACCGGTGCTACCAAGCAAAAAGGTTCATTTCGAGCCCTGAATAATAATAGTTATAAAATTCACATTTCATAAAAACAGTCTGTAAAAACACTTTGATTGACAGTAGAGTCTTCACGTGCTCAAGATAATGTCAGCAACTAAGAAGATTTTAAATGTGGAGTTTTAGGATGCACAAACGCACACTGTAGTCTCTATAGACTGTGTTCTTCTGAGAAAATTCTTTTCACATTTCAGTTTTTCACACAGATAACGTTAGTCCTGTTTTGAATCTGCCTCTGTGCTGACACATAGCCCTTTTTTAAGGGGTGAACTAAAAACTTTTTTAGGGCTGGGAGCACAATCTCAGTTGAATTTAAAGGGACAGTCACCCAAACAGCACAGATTTGGATTAAAGAGTTTTTAAAGAGTTATTTGAAAATTATTTGTGGGGTATGTTGAGCTAAACTTTTACATACACACTCTAGGGACACTTTACACACACTCTAGCCTTTTAAAAGTGGTGTTTATTACAATATTAAATAAATTTTTTTAAAGAAAGTCACTAAATGTGTTACTCTGATATTTTGAAGGAAAGTAATGTGTTGAATTATGTTAGTTTTGCTTTTTTTCATCTCGGCTGGGCATAAGATTATATAATATAATACTTTTAAAAGTAGATCCCCCAACACGGATTATGACAGAACAGTAGCTAGACTCTAAGTGATGAACTTGGAGAAGGGTAGCCAGGGGTCTAGAACTCAAACTTGGCAAATGGAAGTGGCTCTATATGTCAGTGCACTGCTTGTCGACACATAAATGTTGCCAGATCTTGAGTATTCATTCATTTATTTTCCTTTGGCTTAGTTTCTATTTCAGAGGTTGCCACAGTGGATTAAACCACCAACTATTCCAAACACCCTTACACACTCATTCATACGCTCTCTCATACACTATGGCTAATTTAGTCTATTCAATTCACCTATGGCGCATGTCTTTGGATTGTGGGAAAAACTGGAGCACACTTGGAGGAAACCTCCACACAGAAATGCCAACTGGCCCTGCCTGGGCTCAAACCAGTGACCTTATTGCTGTGAGGCGACAGTGCTAACCACTTAGCCACCGTGCTGCCTAGATCTTGAATTAAAAAAACAAAAAACAAAAAAAACATAAACTTAAACCCAAACACTTTAACTCAGAAATGAATAGGGCACATTTAAATATATTCACCCCCACCCCCCCTGGCAACATGGCAACAATTACTGAACACACTGAAATCATATGTGTTCTTATTTATATTTACTCCGAAACCTTAACAATGTTTATGTAAAGGTTATAGAGAACAATGGTACTTACATCAAAAGAAAACAAATTTCTGCTGTAATCTTTCATTTTCTTTACTGATTGCTGAATGACCACGCTTTTCTGGTAATAATATTTTGCTTCTAAGTAACACTTTTGTGTGAATAACAATAAAAAAACACACTCTTGAATTGTTTATGACCACATAAAGCTAAAGATCACGTGTAAGATCCAGTGGTGTAAAGTAACAAACTACAAATACTCAAATTACTGTAATTGAGTAGTTTTTCTCAGGAATTATAATTAACTAAGTAGTTTTAAAAATGTTCACTTTTACTTTCCCTTGAGTACATTTTTAGTGATGTATTAGTACTTTTAATCCCCTACTTTTCTTCAACCTGCAGTCGCTACTTTATTTTTTTTTAAATTAGATTAACTTAAATCACTTCATAATGAAATACCTCAAGACATGGATATTTATAATTGCAGCAAACTTTTCGGAAGCATTAAAAGTGACCAAGAAAATATACAAAATCGCTACACGCAGTGACCTAGAGACTGTTTAGATACATGTCACTGATACGAAGATGATATATGTTTATTGTATGATGACCGAAATTGCCTTAAACACTCAGCAGGCAACATGAAGTCAGATTGACGTTGTACCTTAACATGGTGGGGACGTTGCATTTTGTCTGGAAATGAAAATCGTGTTGACGTTAGAACTCAATGTCAGGCCGACGTCAATGTCCAACCTGAAATCAACCAAATATCAACGTCTAATGATGTTACAGCTTGACGTTGTGTGGACGTTACCACTATAATGTCAATCAGATGTTGGGTTTGGTTGCCATACCTGACGAATAAATGTCAGTATTTAAGGTCAATGTGACGTTGATTTAAAATGTTGAAGTTGGATTTTGGTCACTTTCTAACCTGAAATCAACCAAATATCAGCATCATTTTACATCATTACTGGACATCAAAATAATGTTGCCCTTAGACACTGGCTAGACATTGAATTTAGGCCACCTGACATCATAACCTAAATCTAACCTATCATTAACGTCTTATGACGTTGTGTGCCTGCTGGACAATACCTACATGCACTACAGAATGTTACGTTTACACACAAGTAAATTACATGTAAATGCATCAGCTTTTTACAGTGTAATACTCACTACTCACTACTCTTGAGTACTTTTAAAATGTCTACTTTTTACTCATACTTTGAGTAATATTTACAACAGATACTTTTACTGTACTTGCGCTACATTTTTGGGCAAGTAATGGTACTTTTTCTTGAGTATGATTTTTCAATACTCTTTCCATCACTGGTAAGCTCACATCAGGACTGTTTTTGTCTCTCTTCCAG
Seq C2 exon
GTTGCAGTAGTAAAAGTGAAAAACACAGACAAAGTATTTGCCATGAAGATTCTCAACAAATGGGAAATGCTCAAAAGGGCTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000016464:ENSDART00000040456:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006920=Pkinase=PU(4.9=41.9)
A:
NA
C2:
PF0006920=Pkinase=FE(10.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]