BtaINT0041594 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000021466 | COL3A1
Description
collagen alpha-1(III) chain precursor [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001070299]
Coordinates
chr2:7346143-7356937:-
Coord C1 exon
chr2:7356751-7356937
Coord A exon
chr2:7346346-7356750
Coord C2 exon
chr2:7346143-7346345
Length
10405 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
ATCTCTCTCCTATTTTCCAGCTG
3' ss Score
10.21
Exon sequences
Seq C1 exon
TTTATGACGGGCCCGGTGCTGAAGGGCAGGGAACAACTGATGGTGCTACTCTGACCTGCTTTTCTTTTCTCCTTTTTGCACAAAGAGTCTCATGTCTGACATTTAGACATGATGAGCTTTGTGCAAAAGGGGACCTGGTTACTTTTCGCTCTGCTTCATCCCACTGTTATTTTGGCACAACAGGAAG
Seq A exon
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CCCCTGAATTTCTCAACTAGGTTAATAAAATCCAGAAAGTCTTCAGAGTTAGTGACAGAACCATCTTTATAGTTTAATGCTTCCATCTATAGCTAAAGCAAAGAATAGCAATTAGAAAAACTTCTTTTCAATTGCACAATTAATACATAAATGCTTAAGTGAGCATGGGATTTCCACTGGTGTTAAATTCTTACTACAAGCAAAATTAAAATATCTACTGGCCCTAAGGCAGTTTTATCTTGGTGTGCTAGTTTGATGTTAATAAACAGATTTGGTATTTTAATTATTACTACATAATTAAGACTACTTAGCAAATTATGTAGGGAGAACATAATATTCTTGGTAGTTTAATTTTTGGATTTTTTTTAATGTGAAATATCACACCATCTCTCTCCTATTTTCCAG
Seq C2 exon
CTGTTGACGGAGGATGCTCCCATCTCGGTCAGTCTTATGCAGATAGAGATGTATGGAAACCAGAACCGTGCCAAATATGCGTCTGTGACTCAGGATCCGTTCTCTGTGATGACATAATATGTGACGACCAAGAATTAGACTGCCCCAACCCTGAAATCCCGTTTGGAGAATGTTGTGCAGTTTGCCCACAGCCTCCAACAGCT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000021466:ENSBTAT00000028617:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.074
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0009313=VWC=WD(100=83.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]