RnoINT0039652 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000003357 | Col3a1
Description
collagen type III alpha 1 chain [Source:RGD Symbol;Acc:71029]
Coordinates
chr9:52023295-52032707:+
Coord C1 exon
chr9:52023295-52023483
Coord A exon
chr9:52023484-52032507
Coord C2 exon
chr9:52032508-52032707
Length
9024 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAAGT
5' ss Score
9.66
3' ss Seq
TCTCATTTATTTTCCCACAGATG
3' ss Score
11.77
Exon sequences
Seq C1 exon
ACGGGCCCGGTGCTGAAGGGCAGGGAACAACTGATGGTGCTACTGTGAGCTGCTTCTTCCTCTCTCCTCTTTTGCACAAAGAGTCTCATGTCTGATATTTAGACATGATGAGCTTTGTGCAATGTGGGACCTGGTTTCTTCTCACCCTGCTTCACCCCTCTCTTATTTTGGCACAGCAGTCCAATGTAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
ATGAATTGGGATGCAACTACCTTGGTCAGTCCTATGAGTCTAGAGATGTCTGGAAGCCAGAACCATGTCAAATATGTGTCTGCGACTCGGGATCTGTCCTCTGTGATGACATAATGTGTGATGATGAGCCACTAGACTGCCCCAACCCAGAGATCCCATTTGGAGAATGTTGTGCAATATGTCCACAGCCTTCTACACCT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000003357:ENSRNOT00000004956:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0009313=VWC=WD(100=85.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]