HsaINT0038865 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000168542 | COL3A1
Description
collagen, type III, alpha 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:2201]
Coordinates
chr2:189839099-189849688:+
Coord C1 exon
chr2:189839099-189839294
Coord A exon
chr2:189839295-189849485
Coord C2 exon
chr2:189849486-189849688
Length
10191 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
TCATCTAACTTGTTTTTCAGCTG
3' ss Score
9
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCTGAGTTTTATGACGGGCCCGGTGCTGAAGGGCAGGGAACAACTTGATGGTGCTACTTTGAACTGCTTTTCTTTTCTCCTTTTTGCACAAAGAGTCTCATGTCTGATATTTAGACATGATGAGCTTTGTGCAAAAGGGGAGCTGGCTACTTCTCGCTCTGCTTCATCCCACTATTATTTTGGCACAACAGGAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000168542-COL3A1:NM_000090:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.029
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0009313=VWC=WD(100=83.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)