HsaINT0038865 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000168542 | COL3A1
Description
collagen type III alpha 1 chain [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2201]
Coordinates
chr2:188974320-188984962:+
Coord C1 exon
chr2:188974320-188974568
Coord A exon
chr2:188974569-188984759
Coord C2 exon
chr2:188984760-188984962
Length
10191 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
TCATCTAACTTGTTTTTCAGCTG
3' ss Score
9
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGAGGGAAGCCAAACTTTTTCCTATTTAAGGCCAAAGCAAAGGAATCTCAGTGGCTGAGTTTTATGACGGGCCCGGTGCTGAAGGGCAGGGAACAACTTGATGGTGCTACTTTGAACTGCTTTTCTTTTCTCCTTTTTGCACAAAGAGTCTCATGTCTGATATTTAGACATGATGAGCTTTGTGCAAAAGGGGAGCTGGCTACTTCTCGCTCTGCTTCATCCCACTATTATTTTGGCACAACAGGAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
CTGTTGAAGGAGGATGTTCCCATCTTGGTCAGTCCTATGCGGATAGAGATGTCTGGAAGCCAGAACCATGCCAAATATGTGTCTGTGACTCAGGATCCGTTCTCTGCGATGACATAATATGTGACGATCAAGAATTAGACTGCCCCAACCCAGAAATTCCATTTGGAGAATGTTGTGCAGTTTGCCCACAGCCTCCAACTGCT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000168542:ENST00000304636:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.022
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0009313=VWC=WD(100=83.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development