BtaINT0042864 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000002199 | CORIN
Description
corin, serine peptidase [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:19012]
Coordinates
chr6:67998897-68007233:-
Coord C1 exon
chr6:68007126-68007233
Coord A exon
chr6:67999129-68007125
Coord C2 exon
chr6:67998897-67999128
Length
7997 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTAGTAAGT
5' ss Score
8.01
3' ss Seq
TTTGTTGTTGTTATTGTTAGGTC
3' ss Score
7.86
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCAGACTCTGTGTCAAGAAGGAGACCAAAGATGCCTCTACAGTTCCTGCCTTGATTCATGTGGTGGTAACTCTCTTTGTGACCCCAGCAACAGTGTGAATAATTGTA
Seq A exon
GTAAGTACAGCCTCTGACACATGCAATCACTCTGTCAGGATATGCATTCAACATTTTCCTCTCTCATTGATGTTAAAATGCTGAAGTCTGGAATCCCTCCAAAATATGTATATGCATACATTTTTTCTTTTTTTAAAAAAAAAAGGTTACATGTGGTAGCAGAAAAGAAGCAAAGTGGTCTTAATTAACTGAAATCATAAACAAATGTGTCACTGTGAATGGGCTATAAATCCATGTTGTTTAATATCATTGGCATGACTTTCCACTGAGCATCAGCTCCTATATATTATTTTCCTGGCTCCATCTATAGGCAGATGCTATCGTTCTTCCTTTTTAAAGCCCAGCTTTAAAAGTAGAAACTTTATCTGAGAAGCAGATATAAAATTAATCTAAACAACCACATAAAACTTTGGCGGTCTGTTCTTATAATAAAATGTATTCTCACCCTTCCAGGAACTTTGCTGACCTAGAATAATCTTGTGGCTCTTGTGTTCATTTGTGTTGGTGACAAGGGAAAGGCTCCAAACGGTGTAGACAGGTGGCTTTCTCCAAACTGGCTTATAAGGAGGGATAATTAGGGGAAGATGGAATGGGCAGGGTGAGCAGAAATACTCTCCCGAGGAATTTAAAATGAATCAGGAAGTCCCCAAAGACCCTGATTTCTAGTAATGGTATCTTACTTCTGGACTCTGCCTTCATAGTCTACTCCCTTCTTACACTCTTTAGACCTAATTTTTGGCCTCCTTGTCAGCTAGGGCTTAAGATTCAGAAGAGGTCTGTCAAGCTTTCAGTTGACAAGAAGGTGTGGCCTCTTAGCACTGATCCTGGCGGTGAAGGTCCTGGAGGCTGGGAGGTTGAAAAGCTGAACGGTTCAGGTCCCTGGATTTGTTCAAGTTTTTGGATCCTAATTCTACTCGTGACTTTTCTGGGTCAGCATAGAGCTTATGGGTGGGGAAAGCCCATACCCCTTAGGGGAACTTTAGGGGTGAAAACAGTGGGCTGGATAGGAGAGTGAGGGAGACAGCCACTTAATAACCCATCTGACAAGATTTTTTATTTTCATGAGCACTTAAGAACCGTTTGGCTGAAAGCACAATTCCCAGTCCTCCACTTCCCACAGGGAGAGAGCAGTGCAGATAGTTACCAGTCTGACTACTAAGACGTATTACCATTTTATTCACTCTAAACTCCATTAAATATATGTGTATGTGTGTATATGGTTAGACTTTGCTTATCTCGGACTCTTCCTTGGAACTCTTTCAGAATCTTTTTTTTTTAACTTCACTTTGAACTTGGGTTGCAGAATTTTGGAGAGTGACAGTGTTGTCTCAGACATGTGTATTTTACTAAAGTTTTGAGGGTTATCTGACATAGCATGGCACTGTTAGGTTAAAAAGCTTGAGAGAGCAATGTTAGCCCATATCACATTTAGGTGGGGACTCACTAGCTGTATGTTTTCCTGTTTTCTCTATACTTGAAATATTTTAAGATTAAAAATTTAAATATCTTTTCATCTGTCAAAAGAATTTGTAGGAAGAGCACTAGATAACTTGGCTCATATATATATTCAACCAGTACTTAGCCTGTGATGTTCCAGGGACTGTGCACTTTGATGGAAAAGAAAGGAGACATGATTTCAGCCTTCCTGGAGATTACTTTTCAGTAGGGGGATCATTTACCACCTTCCCAGTCATATATATGGTTTTGGTTTCCTTTTTATGTTCTTCAAATACGCTCACAATTTCCCTAGCATCTCACTGTCTCAGCAGCTTCCTCTTTCATCACAAATGTTTTTGCCAGGCTCTCTCCATGTATATTCAGCAGACACTTGAACACCTCCTCTTCTGAGTATCAGGCACTGGGCTAGTCACTCATCCCCATTCCTTGTGTGTGATTAAAAACAGTGTATAAGCCTAACCTCCAGTTGAGAGTAAAGATGCTACTCCTTATTTTTCAAAGAGCTTCAGAATGGTGTGTGTCTACTTGGTTCTCTATAAAAACATGGACAAGCAACATCTCCCTTCAGAAAACTCTTCATCACTTGAAAATGTGATTAATCACTTAAAAATCTTTGTTGCTACCAATAAGACACTGTTGTTATTTAGATTCTGGGGCATAAGTGAGCAACACTGTCATTCCTTGGCTTCCTGCCAGTGGAGAATATGGGTTTGGAAAATGTGGATGTTTTGTCTGGTGGAGTCAGCCTCTCTCACTGGAGTTGCTAGGAGGCTAGTTCTTAAAGGCAGTGGTTCTTGTTGTCCCATTAAAAAATTATGTAACTTCCTGATTGTCCCTGAGGATATACTGGGTGGGGCCCAGGCATCAGTATTTTTAAAACCTCCCAGGTGACCCCAGTGTGCAGTGCAAGTTGAGAATGACTGCTTTGTGGCCTGATGAAGCTGCAGAAATTAGTGACATCTTGAAAGAGGGTGTGAAAAATGTCTTCATGGTTTTTGTATTTTTCATTGGATAAGTTCCATGGTTTATCTCAGATTCCCAGAAGTGGCTACAATTTAAAAAATAAAAGCCTAAGCAATATATTTCAGATAATAATGTTCAGTGATAGGCTAGTGTCACCTTATCCACTCAAGCCCAGAATCTGTAATACGTCTGCACTCTGCTGGGAGGCAAAAGCAGATAGCTCCTTGCCTTAGGGAGTAGGAACAGGGATGTAATGTTCCCTCAGTCTGGGGTGTAGGGACTAACCCATCACTTGCACCTTGCAGCGTGCGATCCGGACAGCTGGGAAGCCTGGTGGAGGGAGCAGCTCCTGGACATGTGTCTCTCTCTGCCTCCCTGCACCCATGACCGCTGTGGCCATGCGAAGCCAGAAATGACTATCATGCCTCAGGGCCTCTCCTGAGTTTCCCATAGTGTTCCAGCAGTCTTTGGTTCTACATGTTTGCCCATGTACGTTAGCCTCCAACACTCATTTTTAATAACACAGAAGGAATGGGGACAAGTGACTAGTCCAGTGCTGGACATTCAGAAGAGGGGATGTTCAAACGTTTGCTGAATATATATGGAAAGGACCTAGCAAGAACATCTGTGATGAAAGAGGAAACTGATGAGACCGTGAGATGCTAGGGAAACTGTGCTGAATGTGTTTTAAGAACATAAAAAGAAAACCAAAATCGTATATATGAGTGGGAAGATGGCAGTATGATCCTCCCACTGAAAAGTTAAATCCAGGAAGAAGTAACAGCTTGGTTATTCAAATAATTTCTCAGGGGCATGTCAATTTTCTGGCCTCTCTTTGCAGTCTCTAGTTGGAGGAACAGAGAGTATAGAAGTGTGATCAGAGAGTCAATTGAGAAGAATGATCTCTTTCTAAAAGCATTTTCAAGGAGTAAATAAAAAGTAATTGATTGAATTAGAATATTACCATATGGTAAACAGGAGAATTAATAGGATAAGACATTGAGCATGGACATGCAGCTGTAGACATCACAAAGAGAAGTCGGTGGATGTGTCATTTGATGAAAGAACATCACAGCACCCAGAACCTTGTCCAAGTCCTGGTGAAACCTAACTAGCCTCCTGGCTTCAGGTGCCAGTGTTCAGGTAACAAGGAGTACAGGGGTACATGTTTACCTGCCTAGAGTGTTCCATTAGCAAAATCCAGACTGGCGCACTCCAAGGTCAAGTCTCCAGATTTTTCAATATTTAAATAATAAGGAAAAATAAAGAAATAGCGGGGGAACATAGCTATTATAAGAGACTTAAATAGGTTTTCAAAAATGGGTAGTCAAACTGTAGTATGTAGGTTGTGGTACACACTTAGGTAATAAAGCTATAAAGAAGAACAAGGAAGTAATGACTCTGAAACTCAGTAGTTACTTTGTGGGAGAAGGAGAAGGTTGACATATGACAGGGTATATGGAAGGGCACCTGTGATTGTCTGGTAAAGTTCAATTTCTTGACCTGAGTGGTGGTTACCAGGGTGTTCACCTTATAATAGCTCTTCAAATTATTGAAAATAATAGAAATTTAAAATGAAAAGTGAAAGTGTTAGTCACTCAGTCATGTCCAACTCTTTAGGAGTCCATGGACTGTAGCCCACCAGGTTTCTCTGTCCGTGGGATTCTCCAGGCAAGAATACTGGAGTGCGTAGTCAGTTCCTTCTCCGGGGGATCTTCTCAGCCCAGGGATCGAACCTGGGTCTCCTGCATGGTAGATGGATACTTTACTGTCTGAGCCACAAAGTTTGATGCAAAGGTGAATCTGAGGATCATATATATGCCAATGGATGTTGGACGTGACATTTTCTCATGTAAATGACCATAACCTAATACATGATTCCCAATGACTTAAGGTATTGTGTGTGTGCTAAGTCGCTTCAGTCGTGTCCGACTCCTTGCGACCCTATGGATTGTAGCCCGCCAGGTTCCTCTCTCCGTGGGATTCTCTAGGCAAGAATACTGGAGTCGGTAGCCATTTCCCCCTTCGGGGATCTTCCTGACCCAGGGATGGACTCCACGTCTCTTATGTCTCCTGCCTTGGCAGGCCGGTTCTTTACCACTATTGCCACCAAGATGTAACATTGTTTAGTTAACAATGCTGTCTGTGGGTTGAATTTAACAAATCTTGTTTAAGTTTGAAAAGTGGGCTATCATTGGGATTCCATCACGACCTTTCTTTCAACAGATATCTTTTTAAACCTCGTCTATATTCAGGATGCCCTGTTGAGCACTGAAAACATTGGAAACAGCCCCGTGGTTGCTAAACGTCCTCACATGTTTGTGACATGATCGCCCTCTAGTGGCTGTTGTAAATCAGGCTCATATGTGAGTCTAATGCTTAAGATAAAAAAAAGTTTGGTACCATAAATCCCAGAATTGGAGGTTGCCAGATATCTTGAGAGTTTATCTTGCTTAGCACTCCGTGAAGAATGCCATTATGAAGGAACAAAACACAGGATTCAATCAACCTCAACGCATTCAATAAAGATCTCAGAGTAGTATATGATCATAACTTAATCCTTTCATTTCCCTTGACACTGAAATATTTAAAGCTCGTATCTTATCCCAAATCAAAAGTGATACAGCCCCTACATATCAAAAGAGAGAAAAGTTGTCCACACGATATGTTTATTAGTTAATCTCAATGAAATGAACAGATAAGAAAGTCAAAACTTGATAGGGTGGTTGAGGAAAAGAGAAAGAAAAGGTGTCTACAGGGGAAAAAAGACTGCATCAAAATATGTGTAAATGATCCCATTTTGGGGGGTAAAATTTTAAGTATATTGAAGAAATTAGGAAAAACATAGAGGTTGAGCTGTTTCTGCTGCTTGGTCATTATAGATTATCAAGCAACAAAAACAAGTTGAAAGGTATTAGCGATAGTACAGTTATCCTTTGGCGAAAGCATAGACATATCTCTGCCTATGCGTGTAAATTCTTACGTGTATAAACATGAGCAAGTGCAAGGCCTGAAAGGATTAAAACTGTCTTTAGTTTTGAGGAAAGTTAAGAGAAAGGGAGGTGGGGAATGGAGAACTTTTCCTATATGCATCTTTTTATTGTCTTTATAACGAACATGCATTTTTTGTGTGTAATCTGAAATCAAACATTTCATGTTACTCCTCTTTCAGAAGTTGGACAAACCCCATCCGTCTTCCATCTCCTTCTCTCTACACTGTAGGCATCCTCAGGATTACACCAGCTTTAGAGAGTTACTTCTTCCCCAGTAAACTGAGTCTTATATATGTGGTCATGAGCTTTTTAATCTGATCAGTGTCAAGATTCCTATAGCATAGTCTCTGAAAAGCCCTCAGATTCTTTAAATCGAGAAATGATCCCAGAGCTGTTTTACTATTTCACTGCAGTCCTAATTGCTAATCTGTTTCCCTTCTTAGTTAAATGATTAAATTTAACTTGAATAATTACCCTTAAGGCATGAAGGCTTTGGTGGACCCGGCCTGATTCTACAAAGACACTCTGTTGATCACCTCTTTCCTCTGGGAATGAGGCATGTCTACAGCAGACAAAGGACAGAAAGCCTTGCTGCTGCTTTCCCCCAAATCTGTCCAAACTCCTTTTGTCCTGGGAAGTCTTCCCAAGCTGCTTCTGTCCACTTTGTCCCTCTGGGTTCAAGCATTTTGTCCAGTACTGCTGGCCTAACCTGTTCATGTTATATCCCTGGAGACTTAGACTGCTTCAATGGCTTGGACTATATTTTGAATTATTTTTACATTTTAAAATGCCTAGGATGGTTTCCCTGGTGGCTCAGATGGTAGAGTGTCTGCCTGCAATGCAGGAGACCCGGGTTCGATTCCTGGGTCGGGAAGATCCCCTGGAGAAGGAAATGGCACCCCACTCCAGCACTCTTGCCTGGAAAATCCCATGGACGGGGGAGCCTGATAGGCTACAGTCCACGGGGTCACAAAGAGTCGGACATGACTGAGTGACTTCACTTTCAGGATGGTTTCTGACACTTTTCTTCCTCCTTTCCTCCCTTAATTCTCACACTATGCTTGGTGCAGACTATGAGATCAAGAAATAAGGTCTCCAGGGAACTATATTTAATATCTTATAATAAACTATAATGGAAAAGAATCTGAAAAAGAATTCATTTTAATTATGTATGTAAAACTGAATCACTTTGCTATACACCAGAAGCTAACACAACATTGTAAATGAGCTATACTTCAATTTTTAAAAAAAGAAAGTCTCATTTCACAGAAGTCTCAGAATTGTGTGGGGAAGACAAGTAAGTAAGTGAATAGAGCAGAGGGCCATGTGGGCATGGCAGGTATGTCCTGGAGATACTCTGGTGCTCCTTCTGGGAGTGGAAGAGGGAGAGTGGTTGGCCAGGAAGGCTTCCTGGTAGAGATGTTTGTGCTGCGTGCTGCAGACCAAGGAGAAATTAGCTTGGTGAGGAGGATGGGAAAGGATTATTCCAGGAAGCAAGTGCTGACAGGTAGAAACATGATTGCATCTGAGGGGTGATTACAAGTGTGTGAAGGAAAGAAAGAGATAAAAACTAACAGGAATCATGAAGTCATGCAATTCTTAAAATGTCTGGTGTCATCAAGCAAATATTGCTGATGAGATAGGATGGGTGATGAGGCTAGAAAGTTAGGCTGTGGTTTGGAGTGTGAAATAGCCTTGGATGCCAAGCTAAGGGTTAGGGACCATCTCTTTGGCAATGGCTATCTAATGGACCTCAGCCTCCTCTTGCCCTGGAATTGTGTAGCTTTACACGTTGATCAGTGAATCTCTAGTAGCTCAGACAGTAAAGAATCTGCCTGAAATGCAGGAAACCTGGGTTTAATCCCTGGATTGGGAAGAGTCCTTAGATAATGGAATGGCTAAATGGCTACTCACTCCAGTATTCTTGCCGGGAGAACTCCGTGGACAGAGGAGCCTGGCATGTTACAGTCCATGGGGTTGCGAAGAGTCGGACACGAATGAGTGACTTTCACTTTTCACTTTCATATGTTTATTAACCACAAAACACATAGGAAAAAGTCATCTACTTGCCTCCTCAGCTAAATTCATTAATTTTTAAAAGTGGCTCACAGGGTGATAGGGAATGCATTAGTTTAGAAGTAATGGATAAATCAGAAGATGACAAATTAAAGTAAAGGAAGCAGGAAAAGGAGTCACTTTCAGATAAGTGAAACCAAGGGGAAAATGAGGAAGACTTTCTGAAATATTCATTCAGGGCAGTGTGCTGGCAGATGCATATACAGAAATGAATCTTGGCTTGTCAAGACACCTCATGAACCACACTATCTTTTGATGGCAACCTCATGTACTGCTTACGTTCTAGTCTTAAATACTTTTAAGAAAGATTCTAAAATAGACTTTAATTTTGTAAGTTGTTTTACATGTGGAAGAAAGTTGTTTTTACATTATTTATATTATTTTAATATAATATATTATATATTTTACATTATATTTATATTATAAATATAAACAAAATGAAATGTTATAAATAAAAATATATAATATGTATCTGTATGTGTGGCTTTTTGTTGTTGTTATTGTTAG
Seq C2 exon
GTCAGTGTGAACCAATTACGTTGGAACTCTGCTTGAATTTGCCCTACAACCATACAAATTTTCCGAATTACCTTGGCCACAGGACTCAAAAGGAAGCATCCATCAGCTGGGAGTCTTCTCTTTTCCCTGCACTTGTTCAAACCAACTGTTACAAATACCTCATGTTCTTTGCTTGCACCATCTTGGTACCAAAGTGTGACGAGGATACACAGCAGCGTATCCCGCCTTGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000002199:ENSBTAT00000002847:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0139217=Fz=PU(64.1=96.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]