DreINT0007441 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000101281 | CORIN
Description
corin, serine peptidase [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:19012]
Coordinates
chr23:44167988-44170071:+
Coord C1 exon
chr23:44167988-44168086
Coord A exon
chr23:44168087-44169839
Coord C2 exon
chr23:44169840-44170071
Length
1753 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCAGTGAGC
5' ss Score
3.29
3' ss Seq
TTGATGTCTGTGTTTGCCAGGCG
3' ss Score
7.7
Exon sequences
Seq C1 exon
TCCAGGGTTTGTGTCCTTCTGGCCAATCCGGCTGTTCTTCCACCTCCTGCTGTCCTGGAAACACATCATGTGACCTGCGCACCGCCGGCAACAACTGCA
Seq A exon
GTGAGCGAAACAACTGACATGGGGCCTGTACCACATAGCCGGATAATCTGGCTAGCTCGTTAAGTTTCAGTTTAGTTCACAGTAGGATTTAGCAACCTAGAAGGTAACTCTGCATCATTCGCTCTTTGTTGCCATGGAAACTTACCATGGTTAACCTTTTCTGGGACAGGTTATTTTCAGGTTATGCTCTAGCTGTGTTCAGGTTATGTTCAGGTTATGTTCTAGTTATGTTTAGGCCATGTTCAGGTAATTTTCTAACTGTGCTCATGTTATGTTCAGGTAATGTTCGAGCTATGTTCAGGTTATGTTCTTGATATGTTCAGGTAATGTTCGAGCTATGTTCAGGTTATGTTCTTGATATGTTCTGGTAATGTTCTAGCTATGTTCAGGTTATGTTCAGATTATCTTTAAACTCTATTCCGGTTATCTCCAGGTTATATTTTAACTATGTTCCGGTTGTTTATGTTATGTTCTAACCGTCTTCAGGTTATGTTTTGGTAATATTCTAGCTATGTTCAGGTTATGTTCTGGTTATATTTTAGCTATGTTCTGGTTATCTTTAAGTTTTATTTTAACTATGTTCTGGTTATGTTTAGGTTAATTTCTAACTATGTTCTGTATGTGTTCAGGTAATGTTCTAGCTATGTTCAGGTTATTTTCTGGTAATGTTCCAGCTATTTTCCGGTTATGTTCCGGGTTATGTTCTGGTAATATTCTGGTTATGTTTTTTTCTGTGTTCTGGTAGTGTTCTAGCTATGTTCAGGTTATGTTCTGGTTATTTTGAGGTTATGTTTTGTTTTTTTAGGTTATATTCTGGTTATGTTTTTGCTGTGTTCTGGTTATGTTTTTGCTGTGTTCTGGTAGTGTTCTAGCTATGTTCAGGTTATGTTCTGGTTATTTTCAGGTTATGTTTTGGTTCTTTTCAGGTTGTATTCTGGTTATGTTTTAGCTATGTTTTGGTTATCTTTAGGTTATATTCTAACTATGTTCTGGTTATGTTCAGATTATATTCTAACTATGTTTTGTATATGTTCAGGTAATGTTCTAGCCATGTTCAGGTTATGTTTTGGTAATATTCTAGCTACGTTCAGGTTATGTTCTGGTTATGCTTTTGTTATGTTCTGGTAATGTTTTAGCTATGTTCAGGTTATGTTCTGGTTATTTTTAGCTATGTTCAGGTTATGTTGTGGTTATTTTTAGGTTATGTTCTAGTTATGTTTTAGCTATGTTCTTGTTATCTTTAGGTTTTATACTAACTATGTTCTGGTTGTGTTTAGATTATATTCTAACTATGATCTGTATTTGTTCAGGTATTCTTCCAGCTATTCTCATGTTATGCTCTGTTAATGTTCTAGCTGTATTTAGATATGTTGAATTTATGTTACGGTTATTTTAATAGCTATGTTCAGATTATTTTTACGCTATGTTCAGGTTATGTTCTGGTTTAGAAATCAGAAACCAATCTACTATGAGAATAGGATTGCTTGTGAACTCAGGATCAAAGCTTGAGTTAAAATAGAAAGTTAGTGATCTGAATCCTGGTACCAACAAAACCTGACTGCACTGGATGGGTTTTGTCAGTTCAAAACTAATCCAGTGTTTGTTGAACCACCATCATAGTACAGGCCCTTGTTCTGAGTTTCCCCTGGTTAGCTCTAGATTAGTGTCGCATTTGAGTTTTAGTAGCTTTCATGCATTGAACACATTTTACTGTTTGTGTGTCATGACGGTCTTTGATGTCTGTGTTTGCCAG
Seq C2 exon
GCGACTGCGAGCCCATTTCTCTGGAGATCTGCATGAATCTGCCTTATAACACCACCCGCTTTCCCAACTATCTGGGTCACCAGTCTCAGAAGGAGACGTCCGTCAGCTGGGAGTCCTCACTCTTTCCTGCCCTCGTTCAGACCAACTGCTACAAATATCTCATGTTCTTTGCGTGTACGGTGTTGGTGCCGATGTGTGACCCTGTGACACAGCAGAGAGTGCCGCCCTGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000101281:ENSDART00000167813:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0139217=Fz=PU(64.1=96.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
CCAGGGTTTGTGTCCTTCTGG
R:
CACTCTCTGCTGTGTCACAGG
Band lengths:
319-2072
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]