BtaINT0043798 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000026403 | CREBBP
Description
Bos taurus CREB binding protein (CREBBP), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001164022]
Coordinates
chr25:3067299-3072845:-
Coord C1 exon
chr25:3072757-3072845
Coord A exon
chr25:3067380-3072756
Coord C2 exon
chr25:3067299-3067379
Length
5377 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAAGC
5' ss Score
8.89
3' ss Seq
TATGGCCTTCTTGCTGACAGGTA
3' ss Score
9.35
Exon sequences
Seq C1 exon
TATGAGTTTTCCCCACAGACTCTGTGCTGCTATGGGAAGCAGCTGTGTACAATTCCTCGAGATGCTGCCTACTACAGCTATCAGAATAG
Seq A exon
GTAAGCACTGAGCAGTTTTCTGAATTACGGGACAAAAAGGTCGTCTTAGGGCAAGGCAGGCTCATCTGATTGCAGCTTGGTTACATTATTTCTTTCGTGAAGTTTCAGTGAAGTAGGCTGAAGTTACATTGTTTCTCTCTTCCCAGTCACTCAGTTAGGCCCAGGGTCTCTTAACTTAAAAGCATGCTTGTATAGTATAGAATTTCAACTCAAAGCTGCTTGCTGCACTGCACTCTTTGGATTAGGAACATTCGTTAAGCCATAATGTCACCATATGAGAAAGAGTCTAAGTTGAAGTTAACTCTAACAAAGGTTGATGGGCCTTTTTCAAGATACTAATAAAGTTGAAGCATTGTATTTTACCAGTCTGACTGTAAATATTTGCCTAGCTAAATTGACCTGCACAGCCTGATGGAAAGACTTGTGTTTGTGCTGATTCATTAAAGAATTGAGTTTATGAATGACTCCGTGTCAGGAGGTGGCCTTTTCAGGGCTTAGCGAGTGACAGGGATGCTTGAGAAATCTTGGTTCTAATCTTGAAATGTGGAGACGGCCAAAGAGTAGATCTCTTGTCTTAAGTAGAAGGAGAATGAAAATAATTTTTGTTGTTGATCCCCTTACCTAAATATGGCTTCCTGGTTTGGGGACTTGTCTTGAAAATTAAGCTCCAAGGTATCCATGGCTCTAAGTATCCATAGCATGAGGGCATCCTGCCTTGAAACGGGTGGTATTTCTTGGTCATATTCAGTTACCTTGCCTCCATTTCATGAACTGACAACTGAATTCTTTTTGTGACCAAGATGAAACTTCATGCCTGTTCTTTGTCTTTAGGTTCAGGTATTAAATGTCAGCTTTTGGGTCTGATGTTTTGATTATTTTTATCTTACTTGCTTGTAGTAATTGCATATGTTTTAACACTTCAAAGAAGATAAGTACGAGGCTTTTTATTTATTCAAAGGTACATGCAGAGGCCTGAATGATTTGGAATGTTGCAGTTATTTTTCTTCCAATTACGTTTTTTTAAATTATTCTTTAAAAAAATATGTAGGGAATTCCCTGGCAGTCCAATGGTTAGGATTCAGGGCTTTCACTGTGGTGGCCTAGGTTCAATCCTTGGTCAGGAAACTAGGGTCCTACAAGCCGCATGGCACAGTTGGGGGGAAAAAAAAAAGGTTAAAATTTAAAAAATCTAACCATATTTAAGTTCATTAACAGCTCCCATCAAAATGCTATTGGGAGGTGGGGGGGGTGGGGAACTGTTGACCTAAAAATATCTTAAGACAAGGTTTCTAAGCCTAGTCTGGCTCACTATCCCAGTGAGATGCTGGTTCCAGGGAAAGAAGCGAGTCCCCAGCAGGCATCTCTAGCAGAAGTGCTGCTGACACAGCTGTCCTGATGAAAATATTTCAACAGTTAGAATTTAATTTCTCCTTTAACGTGCTCTTCTATCCCTGGAAGCATTTTAATACTAAAAGTTTGAAATGATATCATAGCCTTCGTAGTGGAGTCTCTCCACAGTGGCAAGTGTTGTTTTGGGAGTTCTGGCCCCTCCTTTTACAGTTTTAGCCCAGAGACCTTTGACATAGCCCAGAACCTGCTTGTCGATGGAGTGGGCACAGTAACACCCCCAGTTGACACCCTTAGCTGTCAGTCTCCAATGAGACAATGAGTAGGAACTCACTTTGGGAGCTGATAGGTGCCAAACAAAGCAAAGTTATGAATTTTTAAGGAAATAGGTTAAAATGAACTCTGAAAAATGCCCCCACTAATTAAGTGCACAGCATAGTTTGGGTCTAGAAGGAAAAGCAGACAGCGGATTGCTCACCACCATCTCTCCAGTTCGGGGCCTTTTCCTTGTGGGCTTCACTGTTCTGGGTCCTGTGGCCCCCCCTTTGCTGAGGTGCACAGGCTTTGGCCATATTTAAGTGGAGAGCGGTTGTAGTTCAGTAGGACAGGTAGCGTCAGCGTCCACTACTGCCCCCCAGAGGGCGGTGTTGATGGGAGGATTCTGTTGAAAGTTCTGAAATGTCCAATTAGATTTCTGTGTAGCATTTAATTTTTACTGAACAAAAGTGATGTATTTTCCTTAAGAGTAGAAACATAAATAAAGGAGTTCTTTTTTACACATAAGACGTTTTAAGAGTGTGAGCACACCGCTCCTCAGCTGAGTCTCACGAGGTGTGCTTCCTGGAATACGGACATGGAAGCGACGCCGCGTTGAGTCTGAAAGCAGCGGTCTCGTTCTGTGATGGACATTTCAACTGCTTCCACTTTTATTCTCAGCCTTGACTGTTTAAGAGAACGCTGTGGTGTTCTTTTGAATAATTGTTTTGGCATTTATAGTTCTAAACTGTTGGGCACTTAGAATAGGAAATTCTATGGACCGTTTAAACAAGTGAAACTAATTTATAAGCTAGTGTATGGTTACATTTTCACTTGTTTCCATCATACTTCGAAATTTTGAAAGTAAGTCATGTTGGGAAAACCATTCTATAGATTTTTCCAGTTATTACTGATAGATGAGAATAGATATCTATTATCCCAGTTATTTGTGTATACTTATATGGTACTTAAAACAATCTGCATTTGAAAATTTACTCCATACATTCAGTTACCCTTACCGATGAACTATGCAGTGACACTTACCGACTTTAGGTGCCCAGATATACATCGTCATCAGGTTCTGTGAAGCGTTTCTCCTTTACAATTCCATATTCATCAGACTGCTTCCTTGTGTCAGGCGGAAAGGCTCTTACGGCTGGAAAGAACCATTATGTATTTCCAGGGTGAATAAAGATGGGGCAGGCTGGCATTAACATCTGCCACCTGCTGATTCCCAAAGTGGTTCCCACCTGCTGGACCAGATGGGTGGCTATGCCCACTCTGTGAGCTATCATCATCTCAGAAGGGTGCTCCAGGGAGGCCCAGACCCTTCCCCCGTCCTCTCCCCATCCACCTGAGGAGGTTTGATTCTCCAGCATCTCTGCTCTGGCTCTTGGACAGGCACTCTGTCCCTTCCAGTTTCTGAACCTGAGGTTTTTAGGGATGGGAGTTAGTTATATGCAGACTGTAGGTTTCTGCAGCCACCTGGGGGCTGCCATTCAGCCACCAGTGCTCTGTTCTGGGCCAGTTTCCTCCAGTGGAAATGATGGGTTTATGATTCCTGTTCTGTAGATGTTGCTAGGTGTCTTGTCCTGCTTGACTAAAAGCAGTGAGTTGTCCAGGATTTTAAAACCATTTAGACTCGCGTGTAATTATTGTGGCAATTTCATTTCAAAATGTGTTCAATAGTACTCTTCGAGCTAGCCCACTATGGCCGGATGTTTGCTCATAATGAATTGGAACACTCATTCATTTTAAAAGGGACACAATTTGGCTTTGAAGAGATAACATTTTTACATATTGTTCTGATTGTTGCATAATTGGTTTACAGTATCTATATTTTAATTCTTTCTTGCTAGTTATGATTATGCCCTCCTACACATGAAAATTCCTTTTATTACATGATTTCAAGGCTCTGTAAAAATATTTACAAAATAGCGAATAACCAGAGTGTTACTATAGTTCATTCAGAGAAAGAGATACGAGATACATAGTTTTTAAAAACAGCATTGTTAGTCTGTTTATTCCTGGTCAGTTTTTAATCTTGGTAGACTTTGTTAATTGAATTAGTTCTAAATAAACTGGTCCCAGCAGGAAACTCCCAGTTGCTACACACAGTGAATCTGTCATGTTCATCAACAGTCTGAAAAATTGGATAATCTTGAAATGCATGCATGCTAAAGTTTTATACTTTTAATTCACTGTATGTGTTTAGTCAGTGAAATATGGCAGACAACAATGCTCACTCAGTGTGTTTAATTAAGGTTAGGATTAGAACTTGTGGGGATCTGTTTTAGGGGTAATGGAGACAAGCTGGCCAGGCAGTGGCCTGAACCTCAGTCATTTGTAGCTACACGTGTGTGTGTGTGTGCGCATGTGTGGCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAGCTGCAAGCTGCTACATCTCCTCCTGCCTGTGTGGTTCCGTGTGGCGCTCCAGTCTCGTCACAGTGTCTTTAACACTAATCCTCTTGGCATCTTGTAGATGTACTTTTGAGCACTAAAACCACATTTTATTGTGCTGCCGTTGCTACCATATATTCATCCTTTTCGCTTGTGCAGTTCACCTCATTCGGCTTGTTTACTTCTGCGGTATTCCTCTGTGCCCATCTTGTTTTTTGCAGCATCACATGCATTTTTGTTGATTTCTCATTTGTGTCCTTTCCAAACATTTAATAGTTTTTATTTAAACTAATCTTATTTGGTAGCTTGAGCCCAGGCTCTATATTATAAGAAATTGGGGTGATGGATAATTTCTCAAATGCAGATTGTGCTTTAAAGATTAACTCTAAATTTGCTTAACTTGGATTGTTCCCAAGTCAGAGCAATCATTGAGTATTCAGATTGATGAATGATTGGTTCCAGTACCAAAAAGTTTAAAGTCAAAGCATAGAATTGAATTTTAAGATTGTTCATGGATTTACATATATTGTATTGCTTATACAATATATCATAGTTTGTTCTCTGTATATTCTTACTGATAAATGGCTGGAAAGTCTTTGACCCCGATTGCATTTCTGTTAAGTGTTTGTCTAGAGTATGGATTTGGTTTCATTTCTGTTGTAACTCAATTAACTAAGTGAGTAACATGAGAAAAATAACAGGAGAAAATTAAAACCAGTTCTGGGTGCTCAGCATTTTCATACCTTTAAAGATCTGGCTTAATATCGGAAATAAAATCTGTGAATTGCTGTCAAGCATAAATTTCCCATTTTGAAAAATAAAACTATTTCAGTTTAAATTGCTTTTTTAAGGACTTTTGTCAGAATGTTTTGTTCAAAGTAAATTTTTTCCATCTCAAACCCTGGAGTTACGTTTGGTTTTCTCTAAGTAAGAACAAAATCCAAACTCCTAAATGTAGGCTCCTTGC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Seq C2 exon
GTATCACTTCTGTGAGAAGTGTTTCACAGAGATCCAGGGGGAGAATGTTACCCTGGGTGACGACCCTTCACAACCCCAGAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000026403:ENSBTAT00000005092:19
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.321
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF060018=DUF902=PD(66.7=93.3)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]