MmuINT0042141 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000022521 | Crebbp
Description
CREB binding protein [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1098280]
Coordinates
chr16:4101558-4107516:-
Coord C1 exon
chr16:4107428-4107516
Coord A exon
chr16:4101639-4107427
Coord C2 exon
chr16:4101558-4101638
Length
5789 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAAGC
5' ss Score
8.89
3' ss Seq
TATGGCCTTCTTGCTGACAGGTA
3' ss Score
9.35
Exon sequences
Seq C1 exon
TATGAGTTCTCCCCACAGACTTTGTGCTGTTACGGAAAGCAGCTGTGTACAATTCCTCGTGATGCAGCCTACTACAGCTATCAGAATAG
Seq A exon
GTAAGCATCATGCAGGATCCTGCATTCCAGAGCAAATGAAGTTGTTAGGGCAAGGACTATGCATGTGGTCATAGCTTGAATGTGTTATTTATTCCCTGAAATTCCTATAAAAAGTGCTGCAGTTTCTGTACCTCTTGGTCAGTCAGGTAGCCCCTTGGTTTCCTAATTTTTAAAGCATAAATTTGCTGGGCATGGTGGTGCAGGCCTTTAATTCCAGCACTTGGAGGCAGAGACTCTATGAGTTTGAGGCCAGCCTAGTCTACGTAGTGAGTTCCAGGACAGCCAAGGTTATTTTGAGATACCCTGTCTGGGTTGGCAAACATCTATAATGAAAAATTGTAATCTTAATTTAGTCTGAGGCTGTAGCTCTGTAGTAATTACCTAAAATAGAATACTGTAACCAAGAAGCTAAAGTTGAAACTAACTTTGGAAAAACCCAAAATGACTTTTTAAGATACTCATAAAATAGAAATTATATTTTATTCTACAGCAAATGCATATCTACATCACTTGGCCTTGCTGGTCTGGTAGAAAAAGTTATTAGTTGAAAAAGAAAAGCAGAACACAAGAATGCACTTTTCTAACACTGTATCTTTAGGAAGGGCTGGTGTTCTTTATTGAGTTCAAGAATAACTCCCCTGTTGGGCTTGTTTGTAAACCTGATACCCTAGCAGGTGGTAGGTTGGGCAGGAAGAAGAATTTTGAGTGTGAGCATGGCAAGGCCCTGATTTTGTGTTGTATTTTGTTTGTTTGAGATACTATTGTCAAGGCTTTGAGAGTGGTAGGCCTACCTGAAAAATAGTTGCTATCCTTTTGGAATTTGAAGGTGATTAGACTAGAGTAGATCTCCTTTCTCAGGGAACAGTGAAATAATAATAATAATCCACACATAACTCTGTAGTTTGGATCTTATTTTGAAAATTAAATTTCTACTCACTTAACCTGGTTTTTTGCTAAGATGAAGTTGAAATTAAATTCCTTTCCGTCAGTTCTTTTAGGAGACCTTCATGGCTGAAGCCTAAGTTATGACTTAACACTGAAGTCAGCACTGTTGAGCTAGAAATGAGAACCTCTCTGTGATCAAGAGGGAGCTTCATGTGTGTTCACTGTCTTAGGCTTAAGCATTGTAGCAGGGTTTACTGCTGTGGATATTTATCCCTTTTTTTTTTAAATTTGGGCCATAATAAAAAAAAAAAGCAGGCTGTTCTATTTGTTCAGAGTATGTATATAGGCCTGACAAGTTTGAAATTTTGAAGTGTCTTTTGAGTTACGCTCATTATCTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTTTTCTTTCTTAGTATAGAGTTTCTTCATGGCCTGGGGAGGGGAGTTGAGAGGGTAGCAGAGACAAAGAAAGTAAGTAGAGTAGTAGAGCCGGCCATGAACGGGGGTGGGGGTGGGTGGGTGCAGAAGACAGAGGGAGAGCAATGCTTATAATTATCAAAGAACATATAACTATTTCCATGATGGCTCCTATGCAAATGTTTTCCCCCAGAAAAGAAGTTGATGTTGTTAGAGCATTTGTTGTCAAGTTTGATGACCAAGCAGAGTTTAGTCTCCACTCTTCCGTGGTAGAAGGAGACTACTAACTCCCTTAAGTTGCCCTCAGATCTCCAATGCACATATGGACACACAAATAAATTAAAAATTTTTTAAAGGAAGACTCTTAAGCCTTGTATGACTGACCAGTCTGCTGTTCTCCCTCCTGACTTAGGGTCATCTCTATTAGAAGTGCAGTGTGAACAAACTGTGCTGCTGAATACTCAACATATAGCTGGGATTCTATCAAAACACTCCCCCTCTTAAATCCAATGTTGAGGGGTAGGGTGGTGAAGATCTTGTTTTATCTTGTGGTCTGTGGTGGGGGGTGGGTTTAGTGCTATGAATAGGATCCAGGACGTTGCTCATGCAGTGCCACCCTCAGTCTTTCAGTAGAAACATTTTAAGACAAAATTGAAAAGAATACCATAACCCCCATAATGGGATTCTCCCACAGTGACCGTGTATTATTATACAGGAGTTCTGTCCCCTCTTAGCACGCTTATCTCATGAAGTATCAAATTTAACCTTGTCCAAGATACAGGCTCAATAGCATCTTCCCTAACAGGCTCATGTCCTATCTTCAATGGAACAGTACATAGGAGTACAATGGAATGTACTTTGAAGACCATTGTGATCTGTATAAAGTTGTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTGAGACAGGGTATCACTGTAGCTGCAGATGGCCTCAGTCTCCTGAGTGCTAGGATTACAGGCAAAGACCATAACACCCGGCTTTAGAGTTACAAGATTGTATGGATTAGTATTAATTATGCCCTGAAAAATACTGTGCCTGATACTTTTTTAGCTAGCATAATTTTGATCTAGAAAGAAGACAAGAAGCTACCCACTTTCTGTACATGTTTGGGCTCTTGCATTGCTTGACTGTGACTGAGCTTAGCAGATGCTGCTCCTGATGACTTACACAGGCCTGAGCCCAGTCCACTGAGTATAATTAAAGGTTAATTGAACTGATAGCTATGATCAGGAAAAGTTCAGTGGGAAAGGACAAACACCAGAATGATTCTGTAAGTCTTAGAACGCCCACTTTTATTTTTGTGTAAAACTCTTTTACTGAACAAAGGTGATATATTTTTCTTAAATGAAAATATAGGAGTCGTATCCTGTATTTGATACATTTCAAAAGCTTTTACCATTCCTTCTGTGTTCTTAGAATGAAGAATATAAATTAATACTACATAATTCTAAGAAAGGAGTGGCCAAGTTTTGTGATGAACGTTCTAACTAATTGCTTTTAATTTTTTTCAAATAAACTGTGAACACTGTTGTGTTCCAAAAAATAACTGTTTTTGTCACTTGTGCTAAAGTTTTAGACACTTAAATCAGTAAAACATTCTACTTGCCATTTAAACAAGTGAAATTCTTAATGTTTATGCTAGTGTATGGTTACATTTTCACTTGTTTCTACCCTTTTAAAATTTGAAAGGAAGTTACTTTTAGCAAACTTACAGCTTTTCTAATAATTATCTGAAGATAATGTGGAAATTAGCTATAGATCACTAAATACTGATAGAGTTCTTTAAACAGTCTGCATTTGAAAAAGTCATACATTGAGCTACCCTCACAGCTAAATCATATAGTTTACATGTGCCAACTTAGCAACCCAGATTTTGCATTATCATTGGATTACATGAAATATTTCTCCTTGGTGTTTCCATATCATCACACTACTTCCTTCACACCAGACAAAATGTTATCCAGACTATTAGTGGTTAAAAGTGAACCTCTGAACCTTTAGTTTTAGGGAGAATCAAGTGTAAACTGTCAAAATACGGCAGTCTGCGTTGGCATCTGTTATCCAAGACCAGACTTCTTTCCTGGTCTTTAGAAAGATGCCTGTTCTGCACTGTCCTCCTCTCAGTGAAGCTTGATAAAGTGAGGTCATGGGCTGCCTTCTCACCTTAATGAACAGGCTTGATTATCTGTAATTTCACTGCTAGTGCTTTGGGACAGATGCAAGATTCTTAACACCATCCCTTAAATGTTGTGATCTTGAGATTCTCAGGAGTGAGACTTGGTCACATACCTTAGAGAGCTTAGGTTTCCTTGGCCGCTCTTAGAGCTTTGACTCTCAGTCATCAGTGCCTCTTTCTGCATTAGTTTCCACCACTGGGAAATGATGGGTTCGTATTCTTGTGTCCTGGATGTTGCTAGGTTTTAATGACTGACTAAAATAGCTATTTTTCCAGGTTTTTAAACTTGAGACTCAGTTGTGACTCTGGTGGTTTCATTCCACACTGCTGAGTCCTTGCTGGACCACAGTAGGACGTTTGCTTATAGAATGAATGGATTGCTTTGTTTTTAACAGTGCAATTCTTGGCTTGAGGGAATGTCTGCTCTGTACCATGTCCTGCTGTATGTGGAGGGTTTTCTTGAGGATCTGTAAGAATATTTACAAAATAGTAAATGACACAGACAATACTATGGTTTATTTAAAAATTTACAAAACTGCTATCTGTCTGTTCCTACTCAATTTTTAATCGTGTCCTGACCAAGAAATTATTATTGCCCAGTTATCTGTAATGAATCTGCCCTGTTTATCAACAGAATGAAAAATTGGATAACTTTGAGATATGACTACTCTGAGTGAAGCTTTATGTTTTAAATTGGCTGCATGTTAGTGAAGTCTGTAGACAAAATGCTCTATTCTCTAATGACAATGAAAACTGGGACTTGTGGGGGCCTCTCCTCATGGCTCATTCTATAGCTGAGTGAGTGGTTAAAGGAGTGTATGAGCATGCCGGTGAGTGGTGAATGAGGCATTGAGTGAGCACAGTTACTGCATCTCACTCTGCACTGGGGCTCAGCTCAGCACTCTTAAGTCTCATCAGTGTCTCTAATACTAATCCTCCTTGGCACCTTGTAGATGTAGTAGTTTTGAGCTAACCCTGCATTTGATTGTACTGCTGCTGCTAGCTTATGCTCATCTTTTTCCTGTGTAATTTACCTCCACTCAGCTTGTTTATTTTATAGTATTTTTGTGTGCTCATCTTGTTTTATGGAGAATCCACCTGCTTTTTGTTAACTTCTCATTCATGTCCTTTCCAAACATTTAATAGTCTTTATTTTTAATTGTATTCACTTACCAGCATGAGCCCAGGCTCTATATTATTATCATATAAGAAATTGGGATGATGGAGAATTTTTCAAATGCAGATTGTGCTATTTAAAGATTAACTCTCTAAATTTGCTTAACTTGGGTTGTTACCAAGTCAGAACAGTCATTCGCCATTATCTCAAGATGAATGATTGGTCCCAGTACCAACATTCATATCAAAGCTTAGAAATGAATCAAAACATTTCAAAATTGTTTGTGGGTTTGTATATATTGTATTGTTTATAC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Seq C2 exon
GTATCATTTCTGTGAGAAGTGTTTCACAGAGATCCAGGGCGAGAATGTGACCCTGGGTGACGACCCTTCCCAACCTCAGAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000022521:ENSMUST00000023165:19
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.332
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF060018=DUF902=PD(66.7=93.3)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types