BtaINT0043813 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000026403 | CREBBP
Description
Bos taurus CREB binding protein (CREBBP), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001164022]
Coordinates
chr25:3090001-3097891:-
Coord C1 exon
chr25:3097778-3097891
Coord A exon
chr25:3090244-3097777
Coord C2 exon
chr25:3090001-3090243
Length
7534 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTAAGT
5' ss Score
9.72
3' ss Seq
TTGTCTGTTTGCTTTTATAGCCA
3' ss Score
9.17
Exon sequences
Seq C1 exon
TTGCCCATTGCGCATCTTCACGACAAATCATCTCTCATTGGAAGAACTGCACACGGCATGACTGTCCTGTTTGCCTCCCTTTGAAAAATGCCAGTGACAAGCGAAACCAACAAA
Seq A exon
GTAAGTGAGCACTGCGGGTAGAGAAGCTTGGCGATGAGACACTGAGAACGCAGAGGAATAGGCAGGGAGCAGGGCAGAAACTAGTCGCTGCACCGCGTAGTGGGAGCTGGGGCACCAGGGCGGACGCCGAGGGGGAACCCCCGCCCCGCCCCCCCGGACTCGGCCGCTGCAGAGCAGCGAGCGCAGAAGAGGGACGTCACTTGGATCAGAGAGGCGAGAGCTGACGGGATGGCTCTCTGAGTTTCTTGACAGACACTCAGCATTTGTCACTGTAATGGCAGTGACTTTGGGGTGAGGGGTGGATAGACTGGACACTTTTTGAAATCACCCTAAAGTAGTCTTGAGGACCCTTTGTTCTAGACTCAGTCAGTCAACACCACGTGCAGGTGTTGTGGAGGCGACGCGGTTCCCAGGTCTAGTTGTGTAACTAACAGTTCATTCAGCGCAGATGGAGGGTCTCTGCACCAGGATGCCGCACCCTGATCGTTGCCCTCGCTTCGTCATCTTTCCATCGGTCTGTGTGCCCTTAGCGGGTGGTTAGGCAGTGCCCCCGTAGGAGGCCTTGTGTGGCTCCCGGGGGCTCCCATGGGCATCGGAGCAGGGAAAGGATGAGCGTCTGTCCCCAAAGTTAAGTCCCTTCTGGTTGCTTTCGAGGTCCAGCTGTGCTCTCGGGGTGTGTCCCTTGGTGTGGACAGGTAGGCCATGCCCTTGGCGCTCGTGTCCTCGTGGGCTGGAGCTGCCCTCGAAACTCCAGCACCGTCTGCGTCTTCACAGCCGTATCTGGGCCATCTCGCCCCACCCGCCCTGCTTGTGGTTATGTGTCCATTGCTCTCATTCTTCTTCGGCAGACCTGTTGCTGCCTCAGAACACGTGTGCTGCTTCTCTTTCTGCTTGTTTCCAAGTGGCACTGGGAAAGGTGGTCGAGCCCGCTAGGCCCCACTCCCTCCCAAGCGCCCCCAGAGCCCCACACACAGGGGTGTCCGTGGCCCAGGAAAGTGGGCCAGGGCCACAGACCCACCCTCCCTCCCTTGCTCCCCAGTAGAAGCAGTCATACTAAGTTTCCTTTAAAAGTCACTTTCCTAAGTCAGTTAAATTATACTTTTATTAAGCAAAAAATGAATTAATACATGATTTTCTAGGACATTTCTTACATAAAGTGAAGATCTAGGAATCTGTGTCTTCTAGAAGCAGATATTTGAGACAACAGTTCTAGTGGAGTACAGTCTGAGTTTCTTCCAAGTTAGTGTAAAATGTTTTCTTTCTTACTAACATGTTGTGATGGTTATAGTTTCTTACATTTTAGGATGTATTTCAGTTATAGTCCTTTTAAGTGTCAAAATATTTATTGTCGAGTTTGTGGTTGTACAGTATTCATTCCATGAATGATGAATTAGGATAGTGTTCTTAACCTTTAATTTGGGACTGTGAATTTTCTGAGATCCTTTGGTTTTTAATATGTATTGCCATGACAGTTGTAAACTTTTGAGATTTCTCTTTTTAAGAAACACTTTGTGTGGTTTTTATTTAAAAAAAAAAAAACACAAAGAAATGAGTGTGGGTTTTTTCTACCATCTTTATAACTGCCTGCTTGTTGTAATGATTGATCCAGAGTGAGCCCTCAGAAGTGGTAAACCACAGTGTCTCTTCCAGTCATAACGTAAGGTGTTGTCAGGGTGATTTCACACTATAAAGTCATGGGGCGTGTACAGACGAACTCTGTGCAAGGTTGTAGCAAATTTTCGTGAAAGAAATGAAAGTGGGGTATTTTCCTATGTACTTTGTGTGTTTGTATATGTTTTTGTTTTTAATGCTTCTCAAGTTAGGTTTCTGCTCTGAGTGTATTCCTTTGGTTCCAGCACTGTGGTTTTGCGAGGACAAGGAGTTTGATAGGATGAGCGAGAACGTTGCAGCAGTGTCTTCTCTGTAAATGTTTGTTGCTGTTCCTCCTCTCGTGAAGCAAACTGTGCCCATCGTGTGTGAAATGTAGCAACAGTGGGAAAGTGTGGCTCTGCTCCTCCAGCAGCTGATGGACTCTGTCCAGTTGCCCCTTACACAGCTCAGGATGAGGGCGCCGATCCTTCCACACAGTCAGAGGGCCACAGCCCTCCCAGCACATAGACAGCTTGGTTCCTCCACGTCCACAGCTTTGAGCAGCGTGGACAATGTGTGGCTGTTGTATTTACTGTTGGAAAATGTCTGTGTAAGTGGGTCCATGCTGTTGAAACCTGTCTTGTTTAAGGGTCAGCTGTACGTTAAAAATAATGTGACAATGGCGTCGATCTGGGACTTCTTGCTGGTCCAGTGGTGAAGACCCTGCACTTCCACTGTAAGGGGTGCAGGTTTGATCCATGGTTCAAAGGGCACATGAGGTTCATGAGGCACATGGTTCATGAGGGCACAGTAAGATCCCTCATGCTGTGGGGTGCAGCCAGAAATAAAAAATGAGGCGACAGTGGTGTCAGTCAGAGGAGCGAGTTAGAGTCAGTGGTGTCGGCAGTCCTGGCAGGGAGGGTCAGTGTGCGTGGGAGGGGGGGCTGGGCAAAGCCCAGCTTCAATTAAGTGACAAGGGAAGAACTTTCTAGACAGCAAGGCTGACATGCCTACAAGGGGATACCTCTGATTGGACTCAGAGATTCCTATGCAAGTGAGGTTTGTAAGTGGGTGGTCAGGACCCCCAGGGATCATCTGAGACCCACCTGTGTCCACCGAGGCTGTGCTGTCCAAGCAGGTTTTCCCACAGATGCTCGCCAGGCCTGCTGCACACACCCTGCTTCTCTAACTCCTCCCCTTGATGTCTCTACTGAGAGATCCTGCCCAGGCCACCTGTGGAGCCTACCCAGGGGCCGCTGAAAGGAAACCCAGACTGCTGTGGCCTGTGTGGAGGAGACTTCGTGTAATTTTTCCCACGAGTTATTGTCCAGTCATTGATCTTGCATTATCCATCCCTTATAGAGATCGTCAGGTTTTATTGGCTAATGAGGAAATTGCAGGGCGTGTATCTAGCGTCAGTCTTGGCACCTGCCTCCCAGACCTGTGCAGGGTGGCAGTGGGTAGGCTTTGGCGGCACAGACGGGACTCCCTGTCTGAATTCATGTTGCCTCCTCAGGGGGCTTTTGCTGCTCCGTGTATGGTCTTCAGCCCAGCTGCAGGCGCACCCCTTGTTGCTTGTGAGAAACGCAGAGACTTGGACCTTCCCCCAGGCCTCTTGTGTTATTAGACTGCATCTTAACAAATTCCGCGTTTGCTGCTCTGGATGCCTCGCAGGGCAGAGCGTCGGTCCTGGAGCTCTTGAGACAGTGCGCGTGCTGCTCTGGGCAGCCACAGGTTTCCCAACTCAAGAGCAAAAGGACTGACAGAATGGGTGCTGCGGGATCAGCCCAGGGCTGCCCCAGCCTGCCCACTGCCTGCGGCTGCCTGGGTCTCCATGGGGGCGCAGTCAGCCTCCCCAGACCCCTGGCTTGAATACCTCTACTGGCCTGCCACTCACTACTTGGCCCTGCTCTGTGATCCAGCTTTGCTGCTGCTGCTAAGTCACTTCAGTCGTGTCCGACTCTGTGCAACCCCATAGACGGCAGCCCACCAGGCTCCCCCGTCCCTGGGATTCTCCAGGCAAGAACGCTGGAGTGGGTTGCCATTTGCTTCTCCAGTGCATGAAAGTGAAAAGTGAAAGTGAAGTCGCTTAGTTGTGTCCAACTCGTAGTGACCCCATGGGCTGCAGCCTACCAGGCTCCTCCGTCCCTGGGATTTTCCAGGCAGGAATACTGGAGTGGGGTGCCATTGCCTTCTCCGGTGATCCAGCTTGAGGCCCCTCTGATTGTTTGAGTTGCCTGCCTTCACGGTGTTGAGTCCTGCTTAAAACATGCCCTCCAGATGCCTACTTGGTGCTCCACAGGCACTCGCAGGCTAGGCACCTGCTTCACCTGCAGGTTCTCCAGAGACCACCAGTGCCTCTGTGACAGCCTGTAGCGGGGGCGGGGGAGGGGGTGGCGAGGCCGCCTGTGGCTCAAGTACCAGACGGCCCCCGGTGATAGCCTTCATTGGAGGAGCTTTGACCTCGCTCTTCTGGGCGGCGCCAGGTTGCCAGTTCTGAGCTCTTTGGCTTCTGAGGACACCTGCTGCAGGGTGCGCGTTCGTGCTTGGTGGTGGCTGTGATGGGGGGCCTGGCCCTCAGCTCGGTGTCCCTCTGCCCTGGTGGTGCACAGGCCCGGGACGCCCTGTGCTGTGGGAGCAGCTCTGCAGAGACGTCCCCAGGTCTGGCAGACTCAAGCTTGGCTCTCTTGGTGGGAATCCAGGTGACGACCAAGTAGTGGCTGCTAGGCCTGCCTCGTGGTGTCCCCCACCAACCTGACAAAGTTTTGGAATTCAGCGTGTCCATTTTTGTTGGCTTTCCAAATTGAGCACAGTTTTATTGAGACCAGTTGGGGGCTGGAACTTGAGGTGAGCCGCGTGTTTCACAGCAGCAATGGCTAGTGTATGTGGAGCCTGCCCATGGGCCAGTCTCTGTGCCCACGGGGGCGTGAGTCCTGGACAGAGCCAGCTGTGAAATCCGGCCCTCTTCTGTCCTTAGTAGCTGCGGCAGAAGGGGAGCAGGACCACTCTGGAGACGTGCTGGCAGCAGGAGTGCTGACTGACGTTCGGGGAGAGGGCACGCTGTGCTGAGATGCACTGAGACGCTGTGGCGGGATATCACAAAGATTGATTGTGTGTGAAACGTAGCCTTAAGCTCTGAGAAAGGAAACAAGATGTAAAAATGGTAAAAAGAACAAGAAGTGTTGGTATCTAGAGAGGTAAACGTTGGGAGTTCCCTGCGATCCGGTGCTTAGGACTCCGCACTTTCACTGGGGGGGGCCTGGGACTAAGATCCCCTAAGCCACGCAGCACGGCCAAAATAAACAAAGAGGTGACTATCAATAATGTGTAAAATTGATTCGTGCAGCAGGCTGTATTCTCAGTGACACCAGATACGTGGAGCGTTGCTGTTTTAGCACTCCTCACGTTTT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Seq C2 exon
CCATCCTGGGGTCTCCAGCTGGTGGAATTCAAAACACCATTGGTTCTGTTGGCACAGGCCAACAGAATGCCACTTCTTTAAGTAACCCAAATCCGATAGACCCCAGCTCCATGCAACGAGCGTATGCTGCTCTTGGACTCCCCTACCTGAACCAGCCCCAGACGCAGCTGCAGCCTCAGGTTCCTGGCCAGCAACCAGCACAGCCTCAAACTCACCAGCAGATGAGGAGTCTCAACCCCCTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000026403:ENSBTAT00000005092:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.179 A=NA C2=0.927
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0213511=zf-TAZ=PD(32.1=66.7)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]