GgaINT0013484 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000007762 | CREBBP
Description
NA
Coordinates
chr14:13235651-13242156:-
Coord C1 exon
chr14:13242043-13242156
Coord A exon
chr14:13235894-13242042
Coord C2 exon
chr14:13235651-13235893
Length
6149 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGCGTGAGT
5' ss Score
8.2
3' ss Seq
ATTATTCTTTCTTTTTATAGCCC
3' ss Score
9.17
Exon sequences
Seq C1 exon
TTGCTCATTGTGCATCTTCGAGACAAATCATCTCCCACTGGAAGAATTGTACTCGGCACGACTGTCCCGTGTGCCTTCCCTTGAAAAATGCCAGTGACAAGAGAAACCAACAGC
Seq A exon
GTGAGTAGTTGTTTTCTTGCTGTCACAGTGAAGCTATACTGTTAAAATGGAGTTAACCACATGTGCAATGTAAGAATAAATGAAGTTACTTTATTGTTTTTTTTCATGCTGCCAGAAATAACTTAAATCACAGAATCATAGGATGGCCTGGGTTGAAAAGGACCACAGTGATCATCTAGCTTCAACCCCCCTGCTATGTGCAGGGTCACCAACCAGCAGCCCAGGCTGCCCAGAGCCACATCCAGCCTGGCCTTGAATGCCTTCAGGGATGGGGCATCCGCAGCCTCCTTGGGCAACCTGTTCAGTGTGTCACCACCCTCTGGGTGTAAAGCTTCTTCCTAATATCCAACCTAAACCTCCCCTGTCTCAGTTTAAAACCATTCCCCCTTGTCCTCTCACTATCCACCCATGTAAACAGCCATTCTTGCTCCTGTTCATATGCTCCCTTCAAGTATTGGAAGGTCACAGTGAGGTCTCCCTGGAGCCTTCTCTTCTCCAAACTAAACAAGCCCAGTTCCCTCAACCTTTCTTCATAGGAGAGGTGCTCCAGCTCTCTGAATGTTAGCGTGTTTATCTAACAATAATTAGAAGTATTTGTAGAACTGTATTCTTACACAAGAAAAAGGTATGGTCTGGGCATCTTAATTGGCAAGCTTATGTGACGCTGGTATTGACTAGCCGAATGTCTGCAAACCATCATGTTTTTGCCTATTTTTCATTGTAGCTCATCTGTTACTGATGTTTAGGGACAGTCAGTTTCAAGGGTGTTTCTTCCCTCTTGCTCTGAAACAGAAAATACTGAACTTAGACCAATAGGTTCCTTTCGATCTGTGCTGAGGTGGAACATTTGACTGCAGAGATGCAGCAGTTTTAGAAGTCTAAGTAGTGTTGTGCCTACGTGTATTTAAACAAGGGTTAAGAAGTGGGAAATAGCTGAAGGACTTGTGCAGCTTCTACATTAGAATTGTATTGGAAGCGCTCTGCTAATTTCCATTTAGGCTGAGGCTGCAGTGAGGAAAGCTAATAAAGCTTGGAGGATAGAGAAGAGCTGTGAGGTTAGGTGAGATGGAAGGCAAAGGGGAGAAAAGCTGTTAAGTCTGTCCATCATTGTAAATTCAGGAAAGTTTTTTTTCTCTCAAAAAATATTAATAAAAATAAAAAAATTTGAAAGAAAAAAGTCATAAAAAAAAGTCATAGAGCTGCTTTGGAAGTAAGGATTTTGTTTTTGTTTTACTAAACGTCTCCTTCACAAACAAAATATTTCTTGTGTGTGATAACTAATTTGTTGCACTTGATTAGTTATCTTTGGTCTCTGAGAAATGTGCTGATAGCTTTGCTTTCCAATGTGGCATGGTCTGTGCATAACATGTCCATGCAGCACGGTTGTTATCAAACACAATAGAATTGTTTGTGGTGTTCTGTTTCTGGCTGGTTTTTTTGTTGTTGTTTTAGAAGCTTTAGTAGAAAACTGGTTTGGGTGGTATTTGCTTTTACATCATTCATAAAGCAAAAGAGTTGGCAATTTAATCAGAAAACAGTCCTTAAAAGGTAACTTGGTTGTGAGATGTAATAGGATGCGTCTCGTTTTGACTGCAATAGAATTACAATGGATAAATAAATATAGTCTTTGCTGCTCCTGTTGTATGCAGGGGAAAATAAATACAGAATCTCCCTCTCTGTTCAAGTAACCAATAATCCAACAGCAGTAGCCATGGAACTGTGCTGTTCAGTGTGCAAGTGTTGTTACCCTGAGTTATGTCAGTCCTACTTTTGGGACCTCATGGGTTGTTTGAAGACTGAAGATGAATGCTGAAACTACTTGGTTAGGTGTATTATGAAGTATAACACTTTTTAGACATCCAAGGAAGTTTAATTTACGTTAATGGGTGCATTTGAAAATGCTCTGCTTGATCAGGTGAAGCCTAACCTGAGCTATGTTAGTGTAAGAACTGAAGAGAACGTGTGTTCTCTTAGGAGCAAATAATTACAACGTCTGCTAATTGAGAGAAGAGAGAGGGATCTACGTATGGCAGAATAAGTTGGGAATATTATGTCTGCTGCTCATTTTCAGTTTGTTAGAACAGAGCTGCTTCTTCAGAGGTGTCCACTCCACATTCAGATTCTTTCAAGGGACATTTGTGTCAGTATGAGCAGTAATGCGGCTTGCTGTAGGACACACTGGGACAAGTGCAAAGGACAAGTTTGCAATGTTCTTCCTGTTCCTAATGGCTCTTTTCATGTGTACCGTGTATCTATCTGGTTAGGGTAGGGCCTAGGGAGAAACTGCCAAAAAAATGCTATTCTGCCTATGCTAAATTTAAGCTTTTCTTTAGAACAGGCTAGAGGCTGCTGTGTTTGCAAGTAATGACTTGAAATTTGGTACGCATGTTTGGGGCTTGGAGGATTGGTTTTGATAGGAAGCACTTCTTTATTACTGAGGCATTAATGAGGCATTATTGACCATGGAAAAAAAATATAAAGAAGAAGGAGAAAGATTAATTAAGAGAGTAAATGTGTGATGACCGATCTTCATCTGAAAATGCCATTTTAGAGGATACAGGGCCAGAAATTCAGAAGGTATGGACTGAGGAATGAAGGGTGGGAATGGGATGGGGGAAAAGGAATTCAGCACTCAGAGCTGAAGGAGGAGGTTATGGAGCATGGACAGAAAAAGCAAGTTGTGGATGTTGAATATCCAAGAGCTGACCTGTGGAGGGGAAGGAAGGTATTGGGTGTCTGCTCAGAGGTGATGAGCAGCAAGCAGCCTCTTCACTGTTTCCTGTGGAAGCTGGAAATGAAATCCAGTTTGCTCAAGTCGTAGTGTCAGTAACTGTAAGTTCTGCAAGCAAAATACCCTTTTCAACCCTTTTCCCTCCCCCCCCAGCTCCTTGTAGTGCTGGAAATCATATAGAATAGTGACCTACCAGCTAGCAGTTATTCCTTGCAGTTTCATCTGTTGACTAATGATGATATAATGTGAAGGCTTTTAGTTTAATGTTTAACTAAAAAAAAAAGTTTAGATGGCATTGTTGATAAAATGTAATGCTGACACTTCTTACCTGTAAGTTTCACATGTCCTCTTTATTCACCTGTGATTTGATTCATGATACAGCCTTTTTAATCCAGCGATCAGGTATGCTTACCTTTTGTACACCTGCCTCATTTTGGGTGCAGGACAGGCTGGTGCTGAGGTGAATCAAAGCAGAGGCTTTGCTCCAGCCTCTTACAAGGGATATAACGATGGGAATGAGGAGCTGCAGGACAAAGCACTTCAGCACTGCTTGAATGAGTTTTAATTCCAGAACATGGAAGCAAAGCAAACATTTTCAAACAGGCTTATCACAAATGTATTGGTGTTTTCCCTTTGGTGACATGGCCAGGTTAGAGAAGTGCTGGCCATTTGTAGTTCTGTAGGCAGGAGTGCTCGGTCATTTAGATTACATCCTAATGCATATGCCTAAGAAGGCCTCGTCAACTACTGCCTCACTTCTGCTTGTCTTCACCTTCACTGCTAAGATCCATGGACATGTGAGTTTGTAACAGAACCTCGGTTGTCTGTAAAGTATTTGAATGTGAATGGAGTTGTCTTGAACTTAGCAATGTCTGAAGCATCAGTTAAAAATCACAGTAGACATTGCTCTGTGTAGCAAGTAAGCTAATTTGATAACTCCTGTTTGTTTCACTCCTTGTATTTATTTTAATTGGCTTGATTTCCTCTGGCGTCGGACACAGAGGACTGCATTTGCACTCGATCTGTCCAGTGTGGAATTTAATACTGTCTTCCTCCATCTTGTTGGACAGATTGAGATGATGTCATGCATTCACATATATATTTATATTTAAAAAAAAAAAAGTGGAAATAAAGGAAACATCTTGAAAATCAGATTCTTTCTGTTGTGAAAATACTCTATACATTTTGTGATTGAGCTATAAGATACAGAAGTGCTGACCCCAAGCAGTCAGAGCCCTCATCTCAGCGTTACCAGCGGACCACTAGCTGTACGAACACAGGCTGTCCTGTCAGAAGCTCTTCCAGTTTGAAGCACTGGAGCAACGTTTGGCTGTTTACCAAGTTTTGGCAGTTTTGCATGCTTGAGTAGGTACGTGCACACACATGGAACTTCTTGGAAGTCATCAGTGTTTCAAACTGCGTGCTGCCTGTACTCGTCTCCCACAGCTTGGATGTCTGTCAGGTTGCCAGGACATCTTTCTTTAGGATGGTATCAGTTTTCCAAGAAAACTTTTTTTGGTTTGTTCTTTAATCTCATGGAAGAGCACGAGGAAGGAGCAGGAGGCACTTGGCTGACCTCAGCGCTGTGACTGGATGCCTTTTTCCTCTTCACAAACTTCAGCTTCACCTGTGGTCATTGTGCTCCGTCCACGGAGATGGGCCTTGGATTTACAACCAGCACTGAAAACACGTGGAGTTTTTGTCATAGCTTCCTCAAGAAATACCATCCTTTCTTCTGCTTTTCCTTACAAGCTCATTCACTAGGTCCCACATCAGCCCTGTGCAGTCACAACAGCCTCCGAAACCTCTGGAATTCCAAAGTGCCACCAGCCTTGTGTGGTTTAACCTCTTTGGGACTTGTGTTTCTTGACTTAGGTTAGAGCAAAGGCATCTTTCTCTTAGGTTGCATGAGCCCAGAGAGCACGTGCATATCCAGCAAGATTAAACAGCCTTGTGCATTTTGAGGGTTTCAGAGAGGGAGAAATCCTGGAGGGGTGCAGACCTTTTCCTGACAGAATGCCCTTTGGAGTGTTGAACTGTGCTCCTGCTTCAGGAACGCTTGCCTGAAGAACCAGAGGATCCCTTCTGCCCTCACTGAGCCTCTGTGGGACTGAGGGCAGGGAGGGGGATCAGTGACTCTACCTGCATTCCTTAGGAAAGGAGATGGAATTAGATTCCCATCTGGAGAAGGCAAACTCTGGATCTGCTGTGTGTGGCAGTTTTGGTTTTGTCATCTTTTTGCCTTTTCCTTCTCAGGCAGAAGATGAAA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Seq C2 exon
CCCTCTTAGGGTCTCCAGCTGGTGGAATGCAGAATTCCATTGGTTCAGTTGGAACAGGCCAGCAGAATAATCCATCGCTAAGTAATCCTAATCCGATTGACCCCAGCTCCATGCAACGAGCCTATGCTGCTCTTGGACTCCCATATGGCAACCAGCCTCAGACACAGTTGCAGCCCCAGGTACAAGGCCAACAGCCAGCACAGCCTCAGGCTCACCAGCAAATGAGGACCATTAATGCATTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000007762:ENSGALT00000012587:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.231 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0213511=zf-TAZ=PD(32.1=66.7)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]