MmuINT0042156 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000022521 | Crebbp
Description
CREB binding protein [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1098280]
Coordinates
chr16:4128444-4137479:-
Coord C1 exon
chr16:4137366-4137479
Coord A exon
chr16:4128687-4137365
Coord C2 exon
chr16:4128444-4128686
Length
8679 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTAAGT
5' ss Score
9.72
3' ss Seq
CTGTCTGTCTGTTGTTCTAGCCA
3' ss Score
9.14
Exon sequences
Seq C1 exon
TTGCCCATTGTGCATCTTCACGACAAATCATCTCTCATTGGAAGAACTGCACACGACATGACTGTCCTGTTTGCCTCCCTTTGAAAAATGCCAGTGACAAGCGAAACCAACAAA
Seq A exon
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Seq C2 exon
CCATCCTGGGATCTCCAGCTAGTGGAATTCAAAACACAATTGGTTCTGTTGGTGCAGGGCAACAGAATGCCACTTCCTTAAGTAACCCAAATCCCATAGACCCCAGTTCCATGCAGCGGGCCTATGCTGCTCTAGGACTCCCCTACATGAACCAGCCTCAGACGCAGCTGCAGCCTCAGGTTCCTGGCCAGCAACCAGCACAGCCTCCAGCCCACCAGCAGATGAGGACTCTCAATGCCCTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000022521:ENSMUST00000023165:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.179 A=NA C2=0.968
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0213511=zf-TAZ=PD(32.1=66.7)
A:
NA
C2:
PF0213511=zf-TAZ=PD(5.2=3.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types