DreINT0051895 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000104609 | crebbpa
Description
CREB binding protein a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050208-439]
Coordinates
chr22:26897401-26903530:+
Coord C1 exon
chr22:26897401-26897523
Coord A exon
chr22:26897524-26903275
Coord C2 exon
chr22:26903276-26903530
Length
5752 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AACGTGAGT
5' ss Score
9.54
3' ss Seq
ATCTCTTTTTTGCATTACAGCAA
3' ss Score
8.61
Exon sequences
Seq C1 exon
TGGCTCACTGTGCTTCATCGAGGCAGATCATCTCGCACTGGAAGAACTGCACCAGACATGACTGTCCTGTCTGCCTGCCCCTGAAGAACGCCAGCGAAAACGCTAATAAACACAACCAGCAAC
Seq A exon
GTGAGTCTTTCCTCCCACAAGCATCCTCCTCTGTTGTCTTAGTTTGTTAGTTAACACTTTATTTGTCCCTTAGGTGCAATTCAATTTGTGTGCATACAAGGAGCATATAGTACAATTCATAAATACACATACATATACAGCAGGGAAATTAGGTATTGAACATGTCGTGTTTTTTCTTGGGAATAATATTTCTGAAGGAGCTGTGGACATGGAATTGAACCAGATTTTGGTAAAGACCCAAACAATACTAACATTAAAAATTAAAACAAAACAATCTGAAAAATGAGTGATGTGTAATAACAATGAAATGACACAATGAGAAAGTACTGAACAACTGAAATATTAAATACTAAGGGTGTCACGATTTTGATTTTAAATCGAAATTGATCGAAATTTATGCTCAATTTGGATTATCGAATCAAAAAATAGAATCATCGATGCTGCCACGCCCCCAATGTCACATCAGCTTGGCTTGCCAAGCGGGAAAAACAGGCTTGTTGAAGTGCTTGTTAAACTGTGCAGACGCAGGAGAACCGTCGACAGGGCTTAAACTTTCAGGGCTCGACAGTAAGGACTGCCCGATGGCCCGGGGCCAGCATGCGAGACGCTCGGGTCAGTGTACAGTGCTGCCTTGTTGCGTACCAGATCGAGCCAGAGCTGTGTGCTACGACTGTCTGTCAATTGTGTGCAAATACAATCTTACGGTGCTTTCACACATAGACGTTTGTTTTGGAATCTGTCTCGTTTCCTCCATTAGCGTGGTTTGTTTGGCATATATCCAGCAGTTGCGCTCGCATCCGCGCCAAATCAATCAGTCCGAGATCGCCTGAATGAGACGGTCTCTGTCCTATTGAGCAGATCGATTGTAGCGAGAAAACAAAACAATGCAACAAACTAACGACCCAGGCTATATCACAGTGTATTATGATTTTGTAATAGCCATATATATACAACTTTATGAAGAGAGAATGATGAGCAGGGCGAGATTCATTCTTACCGGTAGATGCGAAAGTGAAAGCATGCTGAAATATTACCGAGAGCTGTTTATCCAGCCTGATCTCGGTTTATCCGTTAGGAAAATTGACCGAAGTTACTATCTGATCATTTTTTTCATGTTTTAATCTTATAATATGTTGTGTTAGGCCAGTTGTTTTGTTCTTTCTTTCGAGCTGTCAGTGCGGAAATGATCAACATTGATCTGCTTCGCGATCTGATGCAGTCTCGGCTCATCTGCTATATATAACATGTCTCTCTATAATTTAAGCCTAAAATGCAGAATTCTAGCCAACGTTTCTTTAATAGATTGATTAATTCCATAGATAGATTTTTGGTAATTATGTGTGTAACTTACCTTTATTCATTTACTGTATGAGTTGGTTATGGGTAAAACAAAAGACCATGCAGGTCAGGTAGTTTAAACGGTAGGCTACAAATAATTAATTCGTTATTAATTAATTAATTGTTCATAATCGAAAATTGAATCAAATCATAACTTAAGAATCGAAAATGTAATCGAATCGAGGATTTGAAGTATCGTGACACCCTTATTAAATACTTTTATATAAAAGGCTTTTTGGTAATGGCAGCTTTAAGATGCCTCTCATATGGAGAATGAAATCACATGTATTGCTCAGGTGTGAATTTTTTTTTTTTTTTTTTCACAGACTTTAACAGAGTGAAAGAGTAAAAATTTAGATGGTTCTGTGGGTCTCGTCTTTTCAATCTGATCTTTAATTTGTATTGTCTATTAGATTCAAGTCAGAAGATTGGCTGGGCCATTCTACAGCTTGATTTTCTTTCTCTGAAAGCATTTGAGAGTTTCCTTGGCTGTGATTTGGGTCATTGATTTGCTGAAGTGTCCAACCTGGTTTCATCTTCATCATCCTGCTAATGAAGATGTTGTACTAAAGCAGCTAATATTAATTTATACTGACAAAGGGCAGAGCATTGTTGAATAACTACTAAGAGATTTCAGCTGCTGTCTGGGCTTTCACTGCCTTTCTACAGCTCCCTTTCTCTTATTTCATTTTATCATTTATAACTTAATTTGTAAACTACTTGGGTTTGTTTTCTTTGCATATATGGATGTCTTTGTTACCAACATCCGGGGAAAATTTCAAGTCAACAACACCTTTAGAAATATGTTTTCAGAGAAAAATGGTGACGTGTTCAATACTTATTTTCCCTGCTCTATTTATTCACATACATCTCACATTTGAGTTTGTGTATGTTTCTGTCCTACTTTTCTATCTAATCATAAACACGATGTTGAATCATGCTAGAGACATGCTATCACCACACAAAAATATATAAGCTTGCTACGTGACAAAAGATAAATGCTAAACCATGTTGGAAATGTTAAGAATGTCCATAAACGCTGTGCTAGCAGTATGTGCTATCATGTTTAAAGCATGCCAGCAACGTTAAGACATTTTTCCATTATTAAAGGCGCAATTTTGCATCATGTTTCATTAAAAACAGTGTTATATATTTTGCTGACATCTGTACTTGCTTTATCCAATAGACCCAAGATTTTATGAGGACGCTTAACCTGACCTCAGATCAGATTGACAAATTTGTAGACATTTTAATGAGACATTTGTGAATGGAAAATGAATAATAATTATTATTAGTTTAACAGAGCCCAGGATTGAACAAACAATGCATGAGCCTTCAAAATGTATAAATGAACGCGTATTATGAGAACACTTAATATTTAATGAAATCAGTCCATTTATAGGTTATACTTTCAATTTAAAGTTTGAAATGTGTTTGAAAAAGTCAATTGTAATGCCCTTTGCTTGATTTTTCTTGCTTCTCTAGCATGTGCTTTTCCTCGTTTATCCTATCACTAGTGAAACCATGGTGGAAACACAGCTCAGTTTTTATCAATCCATCCATGCATCCATCCATTCATTCACGCATCCATCCATGCATAGGCTTTAATTAAATGTTAAACTATGGTAGGCGTTCTCAAGCAGCTTTGTCTACAGACCCAGTTGAGTATCTGCATGTGTGTGTGTTTGCTCAGAGTGTGTGTAGGGGAGGTTCTGGAGAGACGAGGCAAACGCTGCGGAGCAGTGACTCATTAAAATCTCACAGTTACAGCTCCAGCAAACCTGCAAACTGCCTCTCGCTCTGCCAAGCGTCTCTCATCATGACTGCGAGTGTGCTAAAGTGTTTGTTTTTGCACTCTGGGATTTACATGCTGGAGAGTCGCCACTGAGATATTTCTTCTCATGCAAATGGCGTCTCGGGCCCCCTTGACTTCCCCTGGTTTTTCCATGTTTTATAGATGAATAGTGTGCTTTTTTTTTCCCAGACTGCAGCATTATTTGTTTTTTCATTTCTGTGTTGATGGACAGATTCTGCCAAATGTTGTAGCCAGAGTCAGGCTACTTTTACGCTAGTGTGTTTTCACTTTAAAATAACACAACTTTTGCTATAGTTACGCATCTTATCCACAATACTCCAGAGTTTTTGACCCTCAAAAGGGAGACTTAGGCAAATGCTGAATGTTCTGTTTTCGTTGTTGTCTTTCAGTGCAGTAGATGGGCCAAAACATAGACTAAAGGCTGGTTTATAATTCTGCATCGTGTAATCGCTGTGACCCATGGCACATGCTTTATGCATAGTCGTGCACTTATACTTCTGCATGCTGTTTGTGTTGCTCTGCAGAGACGTTAGCTGGGGGTTTTATATTCCTCTGTTTCGAGTTTCTTCACTGGTGTTTTGTTTTTTTCTGAACGCTACCGTAATGTACAAGTAGCTAAAACTCACTTATTCAGAGGCAGGAAACTGCGGATGTGCAAGAACTTTAATCATATGTTAAACAGAAAACAAAAGTTTCCATCTGGAGCTCCTTCACGGGACTCCACACTTGTAAACACTCGCTCCATCACAGCTCTCGGCCCCATCCACACTTGACACCATTACCAAGCTGACCAATCACTGAGCTTGTGCCATGTAGTTACATTTTTTTGAGAAATGTGCATTAGCAAGGGCTATGCATATGTGCTAAGTCTTAGTTATAAATCAGTTTTAATTGGGTGGTCTTAATCATCACATATCTTGTAATTTAAAATCCCAGCCTGCAGTCAAACAAACATATTTTATTATTTGTATAAAAGTTTGAATAGTCAGTCAGTGTTGGTTGCATTGCCAAATAATGATGCTTTATATGGATACTGCAATACGAATAGAGAAAACATCAAAGTTTTTTATCAAATTTGCAAAAAAAAAAATGGTAGCATTCCTTCTGAATGGAAAATTTTTTATTAGCCTAGTATACTCGATCTATGTAGTTCATAATGAATGCCATTATAACTTGCAATTGTCTTTAAATTTTTCCCTTTTGTCCCTTAAATTTTTTATTATATTGTTTACATCTGAATAAAAATGAACATTTGCTAACAACGTTGACATTTCTGGCAACATCATGAAGTGCTTTTAAATATGTGGTTCAATTATATGCTTCAACTGAATTTCAACCGAAACATGAAGAGATTGTGAGATATAGAGTAGCTCCTCCCTCTTTTAAGAAACATCCAATAGTTTGGTTTACATCACAACTGATTTTAGTAATACAGCATACAGCGTAATGCATTCCTAATATCAATCTGCGATATTTCAGTTTTTTTTTTTTTTTTCAATTCTTTATACAGCTAACATTTAATTAGAAGAATTTGTTACAAACTTGCCTTTTTGCTCTCTCAATGCAATTCATGAGTTGTTTAGTAGAATATTATTAAAGTAGTTTTATTTAATAATTTTATATGGACTACAATTTTTGAACTGTTGTTTTAAAACTGCTATAGTGTGGATGGAGATTCTTTCTGAAATTAGGTGAAAGCGGCAGTATGGATGAGGATTGTTTTAATTTTAAAAAGCTGTGTTAAAGCACACCTATGATGCAAAATCAACTTTTGTAAGCGTTTTGAGTAGAACTGTGTGTAGGTATAAAGTGTCCACTGTCATATTAGAGTGATATAAACACAGTT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Seq C2 exon
CAATGCTGAGTCCCCCAAACGCTAGTCTACAAACCCCCATTGGGTCTGTCGGCACGGGGCAGCAGACTGCGCCCGCTCTGCCCAGCTCCACACCCATCGACCCAAGCTCCATGCGGCGGGCGTATGCTGCCCTCGGCCTCCCCTACAGCAATCAGAACCCCACACAGACCCAGTCCCCCACGCAGACACAGGGCCCCGGACAGACAACGGCACAGACACCACACCAGCAGCCAATGAGATCCATCAATGCACTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000104609:ENSDART00000158756:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.357 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0213511=zf-TAZ=PD(32.1=61.9)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]