BtaINT0044507 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000005784 | CSMD2
Description
CUB and Sushi multiple domains 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:19290]
Coordinates
chr3:112628235-112656285:+
Coord C1 exon
chr3:112628235-112628417
Coord A exon
chr3:112628418-112655958
Coord C2 exon
chr3:112655959-112656285
Length
27541 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGTGTAAGT
5' ss Score
7.65
3' ss Seq
CCATGGCTCTTCTCTTGCAGTTT
3' ss Score
9.07
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]